TY - JOUR
TI - Imputation and subset-based association analysis across different cancer
types identifies multiple independent risk loci in the TERT-CLPTM1L
region on chromosome 5p15.33
AU - Wang, Zhaoming
AU - Zhu, Bin
AU - Zhang, Mingfeng
AU - Parikh, Hemang and
AU - Jia, Jinping
AU - Chung, Charles C.
AU - Sampson, Joshua N.
AU - Hoskins,
AU - Jason W.
AU - Hutchinson, Amy
AU - Burdette, Laurie
AU - Ibrahim, Abdisamad
AU - and Hautman, Christopher
AU - Raj, Preethi S.
AU - Abnet, Christian C. and
AU - Adjei, Andrew A.
AU - Ahlbom, Anders
AU - Albanes, Demetrius
AU - Allen,
AU - Naomi E.
AU - Ambrosone, Christine B.
AU - Aldrich, Melinda
AU - Amiano,
AU - Pilar
AU - Amos, Christopher
AU - Andersson, Ulrika
AU - Andriole, Jr.,
AU - Gerald
AU - Andrulis, Irene L.
AU - Arici, Cecilia
AU - Arslan, Alan A. and
AU - Austin, Melissa A.
AU - Baris, Dalsu
AU - Barkauskas, Donald A. and
AU - Bassig, Bryan A.
AU - Freeman, Laura E. Beane
AU - Berg, Christine D. and
AU - Berndt, Sonja I.
AU - Bertazzi, Pier Alberto
AU - Biritwum, Richard B. and
AU - Black, Amanda
AU - Blot, William
AU - Boeing, Heiner
AU - Boffetta, Paolo
AU - and Bolton, Kelly
AU - Boutron-Ruault, Marie-Christine
AU - Bracci, Paige
AU - M.
AU - Brennan, Paul
AU - Brinton, Louise A.
AU - Brotzman, Michelle and
AU - Bueno-de-Mesquita, H. Bas
AU - Buring, Julie E.
AU - Butler, Mary Ann and
AU - Cai, Qiuyin
AU - Cancel-Tassin, Geraldine
AU - Canzian, Federico
AU - Cao,
AU - Guangwen
AU - Caporaso, Neil E.
AU - Carrato, Alfredo
AU - Carreon, Tania
AU - and Carta, Angela
AU - Chang, Gee-Chen
AU - Chang, I-Shou and
AU - Chang-Claude, Jenny
AU - Che, Xu
AU - Chen, Chien-Jen
AU - Chen, Chih-Yi
AU - and Chen, Chung-Hsing
AU - Chen, Constance
AU - Chen, Kuan-Yu
AU - Chen,
AU - Yuh-Min
AU - Chokkalingam, Anand P.
AU - Chu, Lisa W.
AU - Clavel-Chapelon,
AU - Francoise
AU - Colditz, Graham A.
AU - Colt, Joanne S.
AU - Conti, David
AU - and Cook, Michael B.
AU - Cortessis, Victoria K.
AU - Crawford, E. David
AU - and Cussenot, Olivier
AU - Davis, Faith G.
AU - De Vivo, Immaculata and
AU - Deng, Xiang
AU - Ding, Ti
AU - Dinney, Colin P.
AU - Di Stefano, Anna Luisa
AU - and Diver, W. Ryan
AU - Duell, Eric J.
AU - Elena, Joanne W.
AU - Fan,
AU - Jin-Hu
AU - Feigelson, Heather Spencer
AU - Feychting, Maria
AU - Figueroa,
AU - Jonine D.
AU - Flanagan, Adrienne M.
AU - Fraumeni, Jr., Joseph F. and
AU - Freedman, Neal D.
AU - Fridley, Brooke L.
AU - Fuchs, Charles S. and
AU - Gago-Dominguez, Manuela
AU - Gallinger, Steven
AU - Gao, Yu-Tang and
AU - Gapstur, Susan M.
AU - Garcia-Closas, Montserrat
AU - Garcia-Closas, Reina
AU - and Gastier-Foster, Julie M.
AU - Gaziano, J. Michael
AU - Gerhard,
AU - Daniela S.
AU - Giffen, Carol A.
AU - Giles, Graham G.
AU - Gillanders,
AU - Elizabeth M.
AU - Giovannucci, Edward L.
AU - Goggins, Michael
AU - Gokgoz,
AU - Nalan
AU - Goldstein, Alisa M.
AU - Gonzalez, Carlos
AU - Gorlick, Richard
AU - and Greene, Mark H.
AU - Gross, Myron
AU - Grossman, H. Barton
AU - Grubb,
AU - III, Robert
AU - Gu, Jian
AU - Guan, Peng
AU - Haiman, Christopher A. and
AU - Hallmans, Goran
AU - Hankinson, Susan E.
AU - Harris, Curtis C. and
AU - Hartge, Patricia
AU - Hattinger, Claudia
AU - Hayes, Richard B.
AU - He,
AU - Qincheng
AU - Helman, Lee
AU - Henderson, Brian E.
AU - Henriksson, Roger
AU - and Hoffman-Bolton, Judith
AU - Hohensee, Chancellor
AU - Holly, Elizabeth
AU - A.
AU - Hong, Yun-Chul
AU - Hoover, Robert N.
AU - Hosgood, H. Dean and
AU - Hsiao, Chin-Fu
AU - Hsing, Ann W.
AU - Hsiung, Chao Agnes
AU - Hu, Nan and
AU - Hu, Wei
AU - Hu, Zhibin
AU - Huang, Ming-Shyan
AU - Hunter, David J. and
AU - Inskip, Peter D.
AU - Ito, Hidemi
AU - Jacobs, Eric J.
AU - Jacobs, Kevin
AU - B.
AU - Jenab, Mazda
AU - Ji, Bu-Tian
AU - Johansen, Christoffer and
AU - Johansson, Mattias
AU - Johnson, Alison
AU - Kaaks, Rudolf
AU - Kamat,
AU - Ashish M.
AU - Kamineni, Aruna
AU - Karagas, Margaret
AU - Khanna, Chand
AU - and Khaw, Kay-Tee
AU - Kim, Christopher
AU - Kim, In-Sam
AU - Kim, Jin Hee
AU - and Kim, Yeul Hong
AU - Kim, Young-Chul
AU - Kim, Young Tae
AU - Kang,
AU - Chang Hyun
AU - Jung, Yoo Jin
AU - Kitahara, Cari M.
AU - Klein, Alison P.
AU - and Klein, Robert
AU - Kogevinas, Manolis
AU - Koh, Woon-Puay
AU - Kohno,
AU - Takashi
AU - Kolonel, Laurence N.
AU - Kooperberg, Charles
AU - Kratz,
AU - Christian P.
AU - Krogh, Vittorio
AU - Kunitoh, Hideo
AU - Kurtz, Robert C.
AU - and Kurucu, Nilgun
AU - Lan, Qing
AU - Lathrop, Mark
AU - Lau, Ching C. and
AU - Lecanda, Fernando
AU - Lee, Kyoung-Mu
AU - Lee, Maxwell P.
AU - Le
AU - Marchand, Loic
AU - Lerner, Seth P.
AU - Li, Donghui
AU - Liao, Linda M.
AU - and Lim, Wei-Yen
AU - Lin, Dongxin
AU - Lin, Jie
AU - Lindstrom, Sara and
AU - Linet, Martha S.
AU - Lissowska, Jolanta
AU - Liu, Jianjun
AU - Ljungberg,
AU - Boerje
AU - Lloreta, Josep
AU - Lu, Daru
AU - Ma, Jing
AU - Malats, Nuria
AU - and Mannisto, Satu
AU - Marina, Neyssa
AU - Mastrangelo, Giuseppe and
AU - Matsuo, Keitaro
AU - McGlynn, Katherine A.
AU - McKean-Cowdin, Roberta and
AU - McNeill, Lorna H.
AU - McWilliams, Robert R.
AU - Melin, Beatrice S. and
AU - Meltzer, Paul S.
AU - Mensah, James E.
AU - Miao, Xiaoping
AU - Michaud,
AU - Dominique S.
AU - Mondul, Alison M.
AU - Moore, Lee E.
AU - Muir, Kenneth
AU - and Niwa, Shelley
AU - Olson, Sara H.
AU - Orr, Nick
AU - Panico, Salvatore
AU - and Park, Jae Yong
AU - Patel, Alpa V.
AU - Patino-Garcia, Ana and
AU - Pavanello, Sofia
AU - Peeters, Petra H. M.
AU - Peplonska, Beata and
AU - Peters, Ulrike
AU - Petersen, Gloria M.
AU - Picci, Piero
AU - Pike,
AU - Malcolm C.
AU - Porru, Stefano
AU - Prescott, Jennifer
AU - Pu, Xia and
AU - Purdue, Mark P.
AU - Qiao, You-Lin
AU - Rajaraman, Preetha
AU - Riboli,
AU - Elio
AU - Risch, Harvey A.
AU - Rodabough, Rebecca J.
AU - Rothman,
AU - Nathaniel
AU - Ruder, Avima M.
AU - Ryu, Jeong-Seon
AU - Sanson, Marc and
AU - Schned, Alan
AU - Schumacher, Fredrick R.
AU - Schwartz, Ann G. and
AU - Schwartz, Kendra L.
AU - Schwenn, Molly
AU - Scotlandi, Katia
AU - Seow,
AU - Adeline
AU - Serra, Consol
AU - Serra, Massimo
AU - Sesso, Howard D. and
AU - Severi, Gianluca
AU - Shen, Hongbing
AU - Shen, Min
AU - Shete, Sanjay and
AU - Shiraishi, Kouya
AU - Shu, Xiao-Ou
AU - Siddiq, Afshan
AU - Sierrasesumaga,
AU - Luis
AU - Sierri, Sabina
AU - Sihoe, Alan Dart Loon
AU - Silverman, Debra
AU - T.
AU - Simon, Matthias
AU - Southey, Melissa C.
AU - Spector, Logan and
AU - Spitz, Margaret
AU - Stampfer, Meir
AU - Stattin, Par
AU - Stern, Mariana
AU - C.
AU - Stevens, Victoria L.
AU - Stolzenberg-Solomon, Rachael Z. and
AU - Stram, Daniel O.
AU - Strom, Sara S.
AU - Su, Wu-Chou
AU - Sund, Malin and
AU - Sung, Sook Whan
AU - Swerdlow, Anthony
AU - Tan, Wen
AU - Tanaka, Hideo and
AU - Tang, Wei
AU - Tang, Ze-Zhang
AU - Tardon, Adonina
AU - Tay, Evelyn and
AU - Taylor, Philip R.
AU - Tettey, Yao
AU - Thomas, David M.
AU - Tirabosco,
AU - Roberto
AU - Tjonneland, Anne
AU - Tobias, Geoffrey S.
AU - Toro, Jorge R.
AU - and Travis, Ruth C.
AU - Trichopoulos, Dimitrios
AU - Troisi, Rebecca and
AU - Truelove, Ann
AU - Tsai, Ying-Huang
AU - Tucker, Margaret A.
AU - Tumino,
AU - Rosario
AU - Van Den Berg, David
AU - Van Den Eeden, Stephen K. and
AU - Vermeulen, Roel
AU - Vineis, Paolo
AU - Visvanathan, Kala
AU - Vogel, Ulla
AU - and Wang, Chaoyu
AU - Wang, Chengfeng
AU - Wang, Junwen
AU - Wang, Sophia
AU - S.
AU - Weiderpass, Elisabete
AU - Weinstein, Stephanie J.
AU - Wentzensen,
AU - Nicolas
AU - Wheeler, William
AU - White, Emily
AU - Wiencke, John K. and
AU - Wolk, Alicja
AU - Wolpin, Brian M.
AU - Wong, Maria Pik
AU - Wrensch,
AU - Margaret
AU - Wu, Chen
AU - Wu, Tangchun
AU - Wu, Xifeng
AU - Wu, Yi-Long
AU - and Wunder, Jay S.
AU - Xiang, Yong-Bing
AU - Xu, Jun
AU - Yang, Hannah P.
AU - and Yang, Pan-Chyr
AU - Yatabe, Yasushi
AU - Ye, Yuanqing
AU - Yeboah,
AU - Edward D.
AU - Yin, Zhihua
AU - Ying, Chen
AU - Yu, Chong-Jen
AU - Yu, Kai
AU - and Yuan, Jian-Min
AU - Zanetti, Krista A.
AU - Zeleniuch-Jacquotte, Anne
AU - and Zheng, Wei
AU - Zhou, Baosen
AU - Mirabello, Lisa
AU - Savage, Sharon
AU - A.
AU - Kraft, Peter
AU - Chanock, Stephen J.
AU - Yeager, Meredith and
AU - Landi, Maria Terese
AU - Shi, Jianxin
AU - Chatterjee, Nilanjan and
AU - Amundadottir, Laufey T.
JO - Human Molecular Genetics
PY - 2014
VL - 23
TODO - 24
SP - 6616-6633
PB - Oxford University Press
SN - 0964-6906, 1460-2083
TODO - 10.1093/hmg/ddu363
TODO - null
TODO - Genome-wide association studies (GWAS) have mapped risk alleles for at
least 10 distinct cancers to a small region of 63 000 bp on chromosome
5p15.33. This region harbors the TERT and CLPTM1L genes; the former
encodes the catalytic subunit of telomerase reverse transcriptase and
the latter may play a role in apoptosis. To investigate further the
genetic architecture of common susceptibility alleles in this region, we
conducted an agnostic subset-based meta-analysis (association analysis
based on subsets) across six distinct cancers in 34 248 cases and 45 036
controls. Based on sequential conditional analysis, we identified as
many as six independent risk loci marked by common single-nucleotide
polymorphisms: five in the TERT gene (Region 1: rs7726159, P = 2.10 x
10(-39); Region 3: rs2853677, P = 3.30 x 10(-36) and P-Conditional =
2.36 x 10(-8); Region 4: rs2736098, P = 3.87 x 10(-12) and P-Conditional
= 5.19 x 10(-6), Region 5: rs13172201, P = 0.041 and P-Conditional =
2.04 x 10(-6); and Region 6: rs10069690, P = 7.49 x 10 215 and
P-Conditional = 5.35 x 10(-7)) and one in the neighboring CLPTM1L
gene(Region 2: rs451360; P = 1.90 x 10(-18) and P-Conditional = 7.06 x
10(-16)). Between three and five cancers mapped to each independent
locus with both risk-enhancing and protective effects. Allele-specific
effects on DNA methylation were seen for a subset of risk loci,
indicating that methylation and subsequent effects on gene expression
may contribute to the biology of risk variants on 5p15.33. Our results
provide strong support for extensive pleiotropy across this region of
5p15.33, to an extent not previously observed in other cancer
susceptibility loci.
ER -