Εντοπισμός πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων σε μικροβιακές αλληλουχίες, μέσω της ανάλυσης συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών ενοτήτων

Διδακτορική Διατριβή uoadl:1308868 395 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Τομέας Βοτανικής
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2016-01-15
Έτος εκπόνησης:
2016
Συγγραφέας:
Ντάνος Βασίλειος
Στοιχεία επταμελούς επιτροπής:
Α. Καραγκούνη Καθηγήτρια
Πρωτότυπος Τίτλος:
Εντοπισμός πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων σε μικροβιακές αλληλουχίες, μέσω της ανάλυσης συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών ενοτήτων
Γλώσσες διατριβής:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Detection of protein-protein interactions in microbial sequences based on domain fusion analysis
Περίληψη:
Στη συγκεκριμένη έρευνα έγινε προσπάθεια να επιτευχθούν τρεις στόχοι: η
ανάπτυξη αλγοριθμικής μεθοδολογίας για τον εντοπισμό πρωτεϊνικών
αλληλεπιδράσεων, μέσω γεγονότων συγχώνευσης σε πρωτεωμικές αλληλουχίες, η
υλοποίηση φιλικής προς τον ερευνητή εφαρμογής για την αυτοματοποίηση αυτής της
διαδικασίας και τέλος, η ανάλυση των πρωτεωμάτων 24 βακτηρίων με σκοπό τη
μελέτη γεγονότων συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών ενοτήτων σε αυτά. Η μέθοδος
που κατασκευάστηκε είχε σαν αποτέλεσμα των εντοπισμό 175 αρχικά γεγονότων
συγχώνευσης στα 24 βακτηριακά πρωτεώματα, από τα οποία τα 104 (59%)
επιβεβαιώθηκαν ως αληθώς θετικά στη βάση δεδομένων STRING. Η ακρίβεια της
μεθόδου έγινε ακόμα μεγαλύτερη, φτάνοντας το ποσοστό επιτυχημένων προβλέψεων
στο 70%, όταν από τα αποτελέσματα αφαιρέθηκαν οι δομικές ενότητες που τείνουν
να αλληλεπιδρούν με μεγάλο αριθμό άλλων δομικών ενοτήτων στα κύτταρα
(promiscuous domains).
Η διατριβή αυτή προτείνει μια αυτοματοποιημένη μέθοδο εντοπισμού γεγονότων
συγχώνευσης σε πρωτεωμικές αλληλουχίες, η οποία μπορεί να εφαρμοστεί σε
οποιοδήποτε πρωτέωμα, είτε Αρχαίων είτε Βακτηρίων είτε φυσικά και Ευκαρυωτών αν
και η οριστική επιβεβαίωση πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων γίνεται πάντοτε
πειραματικά.
Λέξεις-κλειδιά:
Υπολογιστική, Βιολογία, Δομικών περιοχών, Συγχώνευση, Ανάλυση
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
53
Αριθμός σελίδων:
186

document.pdf
8 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.