Πρωτεωμική προσέγγιση στην ανάλυση ρυθμιστικών σηματοδοτικών πορειών: ερυθροειδικοί μεταγραφικοί παράγοντες

Διδακτορική Διατριβή uoadl:1309315 125 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Τομέας ΙΙ [Οργανική Χημεία – Οργανική Χημική Τεχνολογία – Χημεία Τροφίμων]
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2013-07-22
Έτος εκπόνησης:
2013
Συγγραφέας:
Παπαγεωργίου Δημήτριος
Στοιχεία επταμελούς επιτροπής:
Καθηγήτρια Αθανασία Σιαφάκα-Καπάδαη (Επιβλέπουσα), Δρ. Ιώαννης Στρουμπούλης Ερευνητής Β΄, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Μαίρη Μαυρή
Πρωτότυπος Τίτλος:
Πρωτεωμική προσέγγιση στην ανάλυση ρυθμιστικών σηματοδοτικών πορειών: ερυθροειδικοί μεταγραφικοί παράγοντες
Γλώσσες διατριβής:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Proteomic approach for the analysis of regulatory signaling pathways: erythroid transcriptions factors
Περίληψη:
Στόχος της παρούσας διδακτορικής διατριβής ήταν η ταυτοποίηση και ο
χαρακτηρισμός νέων πρωτεϊνικών συμπλόκων του ερυθροποιητικού μεταγραφικού
παράγοντα GATA-1, μέσω της εφαρμογής της μεθόδου in vivo βιοτινυλίωσης σε
σύζευξη με φασματομετρία μάζας. Προκειμένου να γίνει ο χαρακτηρισμός των νέων
πρωτεϊνικών συμπλόκων, βελτιώσαμε τη μέθοδο της in vivo βιοτινυλίωσης η οποία
περιλαμβάνει την ομοιοπολική πρόσδεση βιοτίνης σε μια βραχεία αμινοξική
αλληλουχία (15-23 αα) συζευγμένη με την υπό μελέτη πρωτεΐνη και την μετέπειτα
κατακρήμνιση της βιοτινυλιωμένης πρωτεΐνης από σφαιρίδια στρεπταβιδίνης. Η
βελτιωμένη μέθοδος οδήγησε στην ταυτοποίηση νέων αλληλεπιδρωσών πρωτεϊνών με τη
GATA-1 όπως και ένα αριθμό πρωτεϊνών που κατακρημνίζονται μη ειδικά εξαιτίας
της ύπαρξης νουκλεϊκών οξέων στα πυρηνικά εκχυλίσματα και οι οποίες είναι
ικανές να οδηγήσουν στη ταυτοποίηση ψευδών θετικών αλληλεπιδράσεων. Ως ένα
τέτοιο παράδειγμα ψευδούς θετικής αλληλεπίδρασης, παρουσιάζεται η αλληλεπίδραση
της GATA-1 με τις πρωτεΐνες TAF, ενώ παρουσιάζονται και αποτελέσματα που
δείχνουν ότι η χρήση ειδικών νουκλεασών για την διάσπαση των νουκλεϊκών οξέων
σε πυρηνικά εκχυλίσματα μειώνει αισθητά τις μη ειδικές πρωτεϊνικές
αλληλεπιδράσεις. Επίσης, από τα αποτελέσματα της φασματομετρίας μάζας
αναγνωρίσθηκε η DNA μεθυλοτρανσφεράση Ι ως αλληλεπιδρώσα με τη GATA-1 πρωτεΐνη
μαζί με τους μεταγραφικούς παράγοντες ZBP-89 και ZNF143. Η ύπαρξη του
συγκεκριμένου συμπλόκου επιβεβαιώθηκε από σειρά πειραμάτων ανοσοκατακρήμνισης.
Με τη χρήση απαλειπτικών μεταλλάξεων της DNMT-1 βρέθηκε η περιοχή PBD ως
υπεύθυνη για την αλληλεπίδραση με το σύμπλοκο GATA-1/ZBP-89/ZNF143. Ο
χαρακτηρισμός της περιοχής που είναι απαραίτητη για την αλληλεπίδραση επιτρέπει
τη διατάραξη του πρωτεϊνικού συμπλόκου με σκοπό τη διασαφήνιση της
λειτουργικής σημασίας του πρωτεϊνικού συμπλόκου και του σκοπού που επιτελεί
στην ερυθροποίηση.
Λέξεις-κλειδιά:
Ερυθροποίηση, In vivo βιοτινυλίωση, Μεταγραφικοί Παράγοντες, Πρωτεϊνικές Αληλεπιδράσεις, Φασματομετρία Μάζας
Ευρετήριο:
Ναι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
1-7
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
195
Αριθμός σελίδων:
204