Ανάπτυξη μεθοδολογιών για την ανίχνευση σημειακών πολυμορφισμών (SNPS) του γονιδίου LOXL1 σχετιζομένων με το ψευδοαπολιδωτικό γλαύκωμα και σύνδρομο.

Διπλωματική Εργασία uoadl:1316063 110 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Τομέας Ι [Θεωρητική Χημεία – Φυσικοχημεία – Ανόργανη Ανάλυση – Ενόργανη Ανάλυση – Οργανολογία – Χημική Μηχανική (Εφαρμ. Φυσικοχημεία)]
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2012-03-19
Έτος εκπόνησης:
2012
Συγγραφέας:
Τζίκα Κωνσταντίνα
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Χρήστος Κρούπης Επίκ. Καθηγ.
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ανάπτυξη μεθοδολογιών για την ανίχνευση σημειακών πολυμορφισμών (SNPS) του γονιδίου LOXL1 σχετιζομένων με το ψευδοαπολιδωτικό γλαύκωμα και σύνδρομο.
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Περίληψη:
Το ψευδοαποφολιδωτικό σύνδρομο (Ψ/Α.Σ) αποτελεί μία εκτεταμένη εκφυλιστική
πάθηση η οποία παρουσιάζεται σε άτομα ηλικίας άνω των 40-50 ετών.
Χαρακτηρίζεται από την παραγωγή και την προοδευτική συγκέντρωση ενός ινώδους
υλικού, που ονομάζεται ψευδοαποφολιδωτικό υλικό (Ψ/Α υλικό), στους οφθαλμικούς
ιστούς, στο δέρμα και στον συνδετικό ιστό διαφόρων σπλαχνικών οργάνων. Το Ψ/Α.Σ
αποτελεί τo πιο συχνά προσδιορισμένο αίτιο μίας υποκατηγορίας χρόνιου
γλαυκώματος ανοικτής γωνίας, το ψευδοαποφολιδωτικό γλαύκωμα (Ψ/Α.Γ) και το
οποίο έχει κακή πρόγνωση.
Σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν η αξιολόγηση σε Ελληνικό πληθυσμό (Ήπειρος)
δύο γνωστών σημειακών πολυμορφισμών (G153D και R141L) στο γονίδιο οξειδάση της
λυσίνης-1 (LOXL1), οι οποίοι έχουν αναφερθεί πρόσφατα στη βιβλιογραφία ότι
συσχετίζονται με το Ψ/Α.Σ-Ψ/Α.Γ. Σ’ αυτή τη μελέτη, εξετάσθηκαν 291 δείγματα
DNA περιφερικού αίματος γλαυκωματικών ασθενών και υγιών μαρτύρων ίδιας
ηλικιακής κατανομής. Για τη γονοτύπωση αναπτύχθηκε και βελτιστοποιήθηκε
μεθοδολογία PCR πραγματικού χρόνου και ανάλυση καμπύλων τήξης για τους
προαναφερθέντες πολυμορφισμούς του γονιδίου LOXL1 χρησιμοποιώντας δύο
διαφορετικά κανάλια του οργάνου LightCycler (Roche), εξετάζοντας ξεχωριστά κάθε
πολυμορφισμό. H μεθοδολογία ήταν ταχεία και αξιόπιστη, επιδεικνύοντας καλή
απόδοση και επαναληψιμότητα στην ποσοτικοποίηση (αναπαραγωγιμότητα Cq CV<2,5%)
και αξιοπιστία στη γονοτύπωση (CV Tm<2,5%). Επίσης, ήταν ακριβής καθώς σε
επιλεγμένα δείγματα έγινε σύγκριση με τη μέθοδο αναφοράς DNA sequencing (100%
συμφωνία). Στη συνέχεια έγινε προσπάθεια ανάπτυξης οικονομικότερης μεθοδολογίας
που να εξετάζει ταυτόχρονα και τους δύο πολυμορφισμούς καθώς είναι κοντινοί και
μπορεί να χρησιμοποιηθεί το ίδιο PCR προϊόν: σε περιπτώσεις αμφιβολίας στην
καμπύλη τήξης, επαναλήφθηκε ξεχωριστά ο κάθε πολυμορφισμός. Από τα αποτελέσματα
επιβεβαιώνεται η σύνδεση του LOXL1 με το Ψ/Α.Σ-Ψ/Α.Γ σε Ελληνικό πληθυσμό. Η
σύνδεση του Ψ/Α.Σ-Ψ/Α.Γ με τον G153D φάνηκε να είναι λιγότερο ισχυρή στον
πληθυσμό που μελετήθηκε (Ψ/Α.Σ: OR=2,035, p=0,011, Ψ/Α.Γ: OR=2,630, p=0,003) σε
σχέση με άλλους πληθυσμούς σε διάφορες μελέτες. Ενώ για τον πολυμορφισμό R141L
η σύνδεση αποδείχθηκε μόνο για το Ψ/Α.Γ (OR=3,529, p=0,000).
Λέξεις-κλειδιά:
Ψ/Α.Σ, Ψ/Α.Γ, LOXL1, Real Time PCR, SNPs
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
188
Αριθμός σελίδων:
XIX, 172