Λειτουργική ανάλυση της HUTth πρωτεΐνης από το θερμόφιλο βακτήριο Thermus thermophilus και in silico ανάλυση ομόλογων HU πρωτεϊνών

Διπλωματική Εργασία uoadl:1318200 480 Αναγνώσεις

Μονάδα:
ΠΜΣ Μικροβιακή Βιοτεχνολογία
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2014-11-07
Έτος εκπόνησης:
2014
Συγγραφέας:
Παπαγεωργίου Άννα
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Κων/νος Βοργιάς Καθηγητής (Επιβλέπων), Γεώργιος Διαλλινάς Καθηγητής, Δημήτριος Χατζηνικολάου Επίκ. Καθηγητής
Πρωτότυπος Τίτλος:
Λειτουργική ανάλυση της HUTth πρωτεΐνης από το θερμόφιλο βακτήριο Thermus thermophilus και in silico ανάλυση ομόλογων HU πρωτεϊνών
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Functional studies of the HUTth protein from Thermus thermophilus and in silico analyses of HU homologs
Περίληψη:
Οι μηχανισμοί σταθερότητας πρωτεϊνών είναι πολύπλοκοι και τα μέχρι στιγμής
αποτελέσματα δεν είναι σε θέση να μας οδηγήσουν σε κανόνες. Η πρωτεΐνη μας
μοντέλο ανήκει στην οικογένεια των προκαρυωτικών πρωτεϊνών που έχουν βιολογική
δράση παρόμοια με αυτή των ευκαρυωτικών ιστονών. Η οικογένεια των πρωτεϊνών HU
είναι πολύ συντηρημένη και τα μέλη της έχουν την ίδια βιολογική ενεργότητα, να
αλληλεπιδρούν με το DNA και να ρυθμίζουν λειτουργίες του. Ως εκ τούτου, οι
διαφορές στην πρωτοταγή δομή των πρωτεϊνών αυτών είναι πολύ πιθανό να
αντικατοπτρίζουν την εξελικτική προσαρμογή τους στο θερμικό περιβάλλον στο
οποίο επιβιώνουν τα βακτήρια στα οποία λειτουργούν. Για να πραγματοποιηθεί η
συγκεκριμένη μελέτη απομονώσαμε και ενισχύσαμε το γονίδιο hutth από το γενωμικό
DNA του T. thermophilus. Υπερεκφράσαμε το γονίδιο hutth σε E. coli και
επιτύχαμε σημαντικά επίπεδα παραγωγής ανασυνδιασμένης HUTth πρωτεΐνης. Με τη
χρήση χρωματογραφίας συγγένειας καθαρίσαμε την ανασυνδυασμένη πρωτεΐνη τόσο σε
υψηλή καθαρότητα όσο και σε μεγάλες ποσότητες, ικανές να προχωρήσουμε σε
περαιτέρω βιοχημική, βιοφυσική και δομική ανάλυση. Με εκτενή βιοπληροφορική και
φυλογενετική ανάλυση, προσδιορίσαμε τους παράγοντες που επηρεάζουν τη
θερμοσταθερότητα της πρωτεΐνης HU και αναλύσαμε τις στρατηγικές που επιλέγουν
τα θερμόφιλα βακτήρια ώστε να αντιμετωπίσουν το πρόβλημα της θερμικής
σταθερότητας για την πρωτεΐνη αυτή οικογένεια.
Λέξεις-κλειδιά:
Πρωτεϊνική θερμοσταθερότητα, Βακτηριακές ιστόνες, Ανασύσταση προγονικών ακολουθιών, Thermus thermophilus, HU
Ευρετήριο:
Ναι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
6
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
165
Αριθμός σελίδων:
173