Τομέας Βιολογίας Κυττάρου Και Βιοφυσικής
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

2012-01-09

2010

Πουρνάρας Ευθύμιος

Καθηγητής Σ. Χαμόδρακας (επιβλέπων), Επικ. Καθηγητής Π. Μπάγκος, Λέκτωρ Β. Οικονομίδου

Υπολογισμός της Μέσης Πυκνότητας Πακεταρίσματος των 20 βασικών αμινοξικών καταλοίπων σε σετ διαμεμβρανικών πρωτεϊνών με ομολογία <30%

Ελληνικά

Η έρευνα μας εστιάστηκε στον υπολογισμό της «Μέσης Πυκνότητας Πακεταρίσματος»
για κάθε ένα εκ των 20 βασικών αμινοξικών καταλοίπων ενός σετ διαμεμβρανικών
πρωτεϊνών με ομολογία <30%. Ο στόχος ήταν η σύγκριση των αποτελεσμάτων με τα
αντίστοιχα που προέκυψαν από ένα σετ σφαιρικών υδατοδιαλυτών πρωτεϊνών με
ομολογία <25%, ώστε να βρεθούν ομοιότητες και να εντοπιστούν άγνωστες διαφορές
που πιθανώς να φανούν χρήσιμες σε προγνωστικούς αλγορίθμους πέραν της
αμυλοειδογόνου τάσης (που προβλέπει το 2ο σετ).
Το πρωτεϊνικό σετ λήφθηκε από την βάση δεδομένων PDB-TM (ενημέρωση Μαΐου 2009)
και η <30% ομολογία επετεύχθη με τη χρήση του δικτυακού μας εργαλείου NON-RED.
Απαρτίζεται από 143 διαμεμβρανικές πρωτεϊνικές αλυσίδες (107 α-ελικοειδείς και
36 β-βαρελοειδείς).
Ο αλγόριθμος θεωρεί δύο αμινοξικά κατάλοιπα ως «κοντινούς» γείτονες όταν
οποιοδήποτε ζεύγος από τα βαριά τους άτομα βρίσκεται σε απόσταση <=8.0
Angstroms (δεν λαμβάνονται υπόψη τα ±1 κατάλοιπα που συνδέονται μεταξύ τους με
πεπτιδικό δεσμό). Η Μέση Πυκνότητα Πακεταρίσματος ανά κατάλοιπο υπολογίστηκες,
από τις 3Δ πρωτεϊνικές δομές, ως το άθροισμα των παρατηρούμενων κοντινών
γειτόνων του διά του πληθάριθμου του συγκεκριμένου καταλοίπου στο σετ.
Τα αποτελέσματα ίσως φανούν χρήσιμα, μελλοντικά, σε αλγορίθμους αναγνώρισης α-
ελίκων και β-κλώνων στις διαμεμβρανικές πρωτεΐνες.

Αμυλοειδή, Πακετάρισμα, Πυκνότητα, Διαμεμβρανική, Πρωτεΐνη

Ναι

iv-vi

Ναι

17

VII, 174

Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.

https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/1320561