Υπολογιστικές μέθοδοι βελτιστοποίησης τυχαίων περιπάτων σε γονιδιακά δίκτυα

Διπλωματική Εργασία uoadl:1326043 365 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική
Πληροφορική
Ημερομηνία κατάθεσης:
2016-12-21
Έτος εκπόνησης:
2016
Συγγραφέας:
Σάββα Δημητριανός
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Γεώργιος Σπύρου, Ειδικός Λειτουργικός Επιστήμονας Α ́, Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών, Ακαδημίας Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Υπολογιστικές μέθοδοι βελτιστοποίησης τυχαίων περιπάτων σε γονιδιακά δίκτυα
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Υπολογιστικές μέθοδοι βελτιστοποίησης τυχαίων περιπάτων σε γονιδιακά δίκτυα
Περίληψη:
Τα τελευταία χρόνια τα διαθέσιμα βιολογικά δίκτυα έχουν πολλαπλασιαστεί λόγω των αυξανόμενων δυνατοτήτων που προσφέρουν οι νέες τεχνολογίες που αναπτύσσονται καθημερινά. Λόγω του μεγάλου όγκου πληροφορίας, πολλές συστημικές προσεγγίσεις έχουν αναπτυχθεί με σκοπό την αποσαφήνιση και εκμετάλλευση των πληροφοριών που κρύβονται πίσω από τα βιολογικά δίκτυα αυτά. Μεταξύ αυτών των προσεγγίσεων, μέθοδοι ομαδοποίησης καθώς και μέθοδοι που βασίζονται στους τυχαίους περιπάτους, έχουν δείξει ελπιδοφόρα αποτελέσματα στην ανάδειξη και ιεράρχηση σημαντικών γονιδίων και γονιδιακών συσχετίσεων για διάφορες ασθένειες. Ωστόσο, λόγω της πολυπλοκότητας και του μεγέθους των βιολογικών δικτύων, υπάρχει η ανάγκη για βελτιστοποίηση των προσεγγίσεων αυτών, με σκοπό τη μείωση του υπολογιστικού χρόνου και κόστους ώστε να υπάρχει η δυνατότητα βαθύτερης εξερεύνησης των βιολογικών δικτύων.
Στη παρούσα μελέτη αναπτύχθηκε το XInfoWalk, ένα λογισμικό για την εφαρμογή μοντέλου τυχαίων περιπάτων με πληροφόρηση. Πιο συγκεκριμένα στόχος του λογισμικού αυτού ήταν η μείωση του υπολογιστικού χρόνου του αλγορίθμου Informed Walks, με την εισαγωγή αποδοτικών τεχνικών βελτιστοποίησης. Το μοντέλο Informed Walks χρησιμοποιεί πληροφορημένη αναζήτηση σε βιολογικά δίκτυα με τη χρήση τυχαίων περιπάτων και έχει χρησιμοποιηθεί για την ανάδειξη σημαντικών γονιδίων και γονιδιακών συσχετίσεων σε 7 τύπους καρκίνου. Το XInfoWalk χρησιμοποιήθηκε σε δεδομένα μικροσυστοιχιών από ασθενείς με έμφραγμα του μυοκαρδίου για την ανάδειξη σημαντικών γονιδίων και γονιδιακών σχέσεων. Τέλος διερευνήθηκε η ικανότητα των γονιδίων αυτών στην ανάδειξη υποψήφιων φαρμάκων και μοριακών μηχανισμών.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
βελτιστοποίηση τυχαίων περιπάτων, βιολογικά δίκτυα, επανατοποθέτηση φαρμάκων, βιολογικοί μηχανισμοί, στατιστική ανάλυση
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
31
Αριθμός σελίδων:
87

MasterThesisDimitrianosSavva_v3.pdf
3 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2021-12-13.