Ταυτοποίηση, ανάλυση και κλινική αξιολόγηση εναλλακτικών μεταγράφων γονιδίων καθώς και μη κωδικών μορίων RNAs (ncRNAs), στο γενετικό τόπο 19q13.3-13.4, με χρήση δεδομένων αλληλούχησης νέας γενιάς, σε καρκινικά κύτταρα

Διπλωματική Εργασία uoadl:2026794 368 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Κλινική Βιοχημεία - Μοριακή Διαγνωστική
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2017-10-17
Έτος εκπόνησης:
2017
Συγγραφέας:
Ράπτης Γεώργιος
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ανδρέας Σκορίλας, Καθηγητής Κλινικής Βιοχημείας, Τμήμα Βιολογίας, Ε.Κ.Π.Α.
Δημήτριος Γουργιώτης, Καθηγητής Κλινικής Βιοχημείας, Τμήμα Ιατρικής, Ε.Κ.Π.Α.
Διαμάντης Σίδερης, Αναπληρωτής Καθηγητής Βιοχημείας Ευκαρυωτικών Οργανισμών, Τμήμα Βιολογίας, Ε.Κ.Π.Α.
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ταυτοποίηση, ανάλυση και κλινική αξιολόγηση εναλλακτικών μεταγράφων γονιδίων καθώς και μη κωδικών μορίων RNAs (ncRNAs), στο γενετικό τόπο 19q13.3-13.4, με χρήση δεδομένων αλληλούχησης νέας γενιάς, σε καρκινικά κύτταρα
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Ταυτοποίηση, ανάλυση και κλινική αξιολόγηση εναλλακτικών μεταγράφων γονιδίων καθώς και μη κωδικών μορίων RNAs (ncRNAs), στο γενετικό τόπο 19q13.3-13.4, με χρήση δεδομένων αλληλούχησης νέας γενιάς, σε καρκινικά κύτταρα
Περίληψη:
Το γονίδιο SCAF1 (SR-related CTD associated factor 1) στον άνθρωπο, αποτελεί ένα νέο μέλος της, πλούσιας σε Ser/arg, υπεροικογένειας SR παραγόντων ματίσματος του πρόδρομου mRNA, το οποίο έχει ανακαλυφθεί και κλωνοποιηθεί από μέλη της ερευνητικής μας ομάδας. Η πρωτεΐνη SCAF1 αλληλεπιδρά με την καρβοξυτελική περιοχή (CTD) της μεγάλης υπομονάδας της RNA πολυμεράσης ΙΙ (RNAP II) και εμπλέκεται στο μάτισμα του πρόδρομου mRNA. Παρόλο που βρέθηκε να εκφράζεται ευρέως σε πολλούς ανθρώπινους ιστούς, τα επίπεδα του mRNA ποικίλουν πολύ.
Η σημαντική σχέση του SCAF1 με τον καρκίνο έχει επιβεβαιωθεί από πολλές μελέτες, καθώς το μετάγραφο mRNA του SCAF1 βρέθηκε να υπερεκφράζεται σε όγκους μαστού και ωοθηκών, επιβεβαιώνοντας με αυτόν τον τρόπο τη σημαντική προγνωστική του αξία, ως καρκινικό βιοδείκτη και στις δύο αυτές κακοήθειες στον άνθρωπο.
Στη μελέτη αυτή, περιγράφεται η ανακάλυψη και η μοριακή κλωνοποίηση δεκαπέντε νέων μεταγράφων του γονιδίου SCAF1 στον άνθρωπο (SCAF1 v.2 - v.16), με χρήση εσωτερικής PCR (nested PCR) και της τεχνολογίας αλληλούχησης νέας γενιάς (next generation sequencing, NGS). Συγκεκριμένα, εκτενής βιοπληροφορική ανάλυση αποκάλυψε ότι αυτά τα νέα εναλλακτικά μετάγραφα SCAF1 περιλαμβάνουν ένα σύνολο εννέα νέων εναλλακτικών γεγονότων συρραφής μεταξύ των γνωστών εξονίων του γονιδίου, παράγοντας έτσι επτά νέα μετάγραφα SCAF1 με ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης, τα οποία προβλέπεται να κωδικοποιούν για νέες ισομορφές SCAF1, και οκτώ νέα μετάγραφα SCAF1 με πρόωρα κωδικόνια λήξης που είναι πιθανώς μη κωδικά μόρια RNAs (long non – coding RNAs, lncRNAs). Επιπροσθέτως, ανακαλύφθηκε μια νέα 3' UTR χρησιμοποιώντας 3' RACE και η επικύρωσή της πραγματοποιήθηκε με αλληλούχηση με τη μέθοδο Sanger. Προκειμένου να επικυρωθούν τα ευρήματα της αλληλούχησης νέας γενιάς καθώς και να διερευνηθεί το πρότυπο έκφρασης κάθε νέου μεταγράφου, διεξήχθησαν πειράματα RT-PCR χρησιμοποιώντας ειδικούς εκκινητές για το κάθε μετάγραφο.
Τέλος, λαμβάνοντας υπόψιν ότι το SCAF1 εμπλέκεται σε πολλές κακοήθειες στον άνθρωπο, γεγονός που το καθιστά ως δυνητικό βιοδείκτη, η ποσοτικοποίηση των νέων μεταγράφων σε ανθρώπινα δείγματα, μπορεί να έχει κλινικές εφαρμογές σε διάφορους τύπους καρκίνου.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
αλληλούχηση, εναλλακτικά μετάγραφα, μη κωδικά μόρια RNA
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
252
Αριθμός σελίδων:
134

Ερευνητική Εργασία Διπλώματος Ειδίκευσης.pdf
5 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2020-10-18.