Συσχέτιση Γονιδιακών Μεταλλάξεων με την Λειτουργικότητα και τις Δομικές Αλλαγές που Προκύπτουν σε Πρωτεΐνες που Σχετίζονται με Αυτοάνοσα Νοσήματα με Μεθόδους Μοριακής Δυναμικής

Διπλωματική Εργασία uoadl:2711395 132 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2018-03-20
Έτος εκπόνησης:
2018
Συγγραφέας:
Λεσγίδου Ναστάζια-Λεμονιά
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ηλίας Ηλιόπουλος, Καθηγητής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιου Αθηνών
Μεταξία Βλάσση, Ερευνήτρια Α, Ινστιτούτου Βιοεπιστημών και Εφαρμογών, Ε.Κ.Ε.Φ.Ε Δημόκριτος
Πρωτότυπος Τίτλος:
Συσχέτιση Γονιδιακών Μεταλλάξεων με την Λειτουργικότητα και τις Δομικές Αλλαγές που Προκύπτουν σε Πρωτεΐνες που Σχετίζονται με Αυτοάνοσα Νοσήματα με Μεθόδους Μοριακής Δυναμικής
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Συσχέτιση Γονιδιακών Μεταλλάξεων με την Λειτουργικότητα και τις Δομικές Αλλαγές που Προκύπτουν σε Πρωτεΐνες που Σχετίζονται με Αυτοάνοσα Νοσήματα με Μεθόδους Μοριακής Δυναμικής
Περίληψη:
Η ΤΥΚ2 είναι μια ΑΤΡ εξαρτώμενη κινάση Τυροσίνης που ανήκει στην οικογένεια
Janus Kinase (JAKS) και φαίνεται να παίζει πολύ σημαντικό ρόλο στην σηματοδότηση
του μονοπατιού I IFN. Η δομή της ΤΥΚ2 μπορεί να χωριστεί σε δύο δομικά αυτοτελείς
περιοχές, τον Ν-αμινοτελικό (κατάλοιπα: 889-979) και τον C-καρβοξυτελικό τερματικό
λοβό (κατάλοιπα: 985-1176). Ο βρόχος ενεργοποίησης (κατάλοιπα 1047-1060) που ε-
ντοπίζεται στην αρχή του C- τερματικού λοβού, και περιέχει δύο διαδοχικές Τυροσίνες
(Υ1054, Υ1055) που φωσφορυλιώνονται, έχει βρεθεί ότι παίζει σημαντικό ρόλο στην
ενεργοποίηση της ΤΥΚ2.
Σε πολλές πρόσφατες κλινικές μελέτες και μετα-αναλύσεις αναφέρεται ότι ένας συ-
γκεκριμένος νουκλεοτιδικός πολυμορφισμός (SNP) της κινάσης ΤΥΚ2 (rs34536443),
που δημιουργείται όταν η Προλίνη 1104 αλλάζει σε Αλανίνη (Ρ1104Α), επηρεάζει την
καταλυτική δραστηριότητα της ΤΥΚ2 και δρα σαν προστατευτική παραλλαγή ως προς
αυτοάνοσα νοσήματα όπως συστημικός λύκος, ρευματοειδή αρθρίτιδα, ενδομητρίωση
και υπογονιμότητα, και σκλήρυνση κατά πλάκας.
Στόχος της παρούσας διπλωματικής εργασίας είναι να διερευνηθούν οι δομικές αλλα-
γές και οι σχέσεις δομής-λειτουργίας που συνδέονται με την παρουσία της παραλλαγής
Ρ1104Α στην ΤΥΚ2. Για τον σκοπό αυτό συνδυάσαμε 3D μοντελοποίηση και προ-
σομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής για την σύγκριση της φυσικής (wildtype) μορφής
της κινάσης και της μορφής με την παραλλαγή Ρ1104Α (mutant) σε όλες τις μορφές
της κινάσης κατά τον καταλυτικό της κύκλο (ΑΡΟ μορφή, παρουσία ΑΤΡ, παρουσία
ADP).
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
Προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής, Αυτοάνοσα νοσήματα, ΤΥΚ2, μεταλλάξη,
Ευρετήριο:
Ναι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
16
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
30
Αριθμός σελίδων:
85