Κατεύθυνση Βιοπληροφορική
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

2018-11-02

2018

Παύλος Απόστολος-Ευγένιος

Κωνσταντίνος Βοργιάς, Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Παντελεήμων Μπάγκος, Αναπληρωτής Καθηγητής, Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Βασιλική Οικονομίδου, Επίκουρη Καθηγήτρια, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών

ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΓΙΑ ΥΠΑΡΞΗ ΣΥΣΧΕΤΙΣΗΣ ΜΕΤΑΞΥ ΠΟΣΟΣΤΟΥ GC ΣΤΟ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑ ΚΑΙ ΘΕΡΜΟΚΡΑΣΙΑΣ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ (GOT) ΣΤΑ ΒΑΚΤΗΡΙΑ

Ελληνικά

ΔΙΕΡΕΥΝΗΣΗ ΓΙΑ ΥΠΑΡΞΗ ΣΥΣΧΕΤΙΣΗΣ ΜΕΤΑΞΥ ΠΟΣΟΣΤΟΥ GC ΣΤΟ ΓΟΝΙΔΙΩΜΑ ΚΑΙ ΘΕΡΜΟΚΡΑΣΙΑΣ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ (GOT) ΣΤΑ ΒΑΚΤΗΡΙΑ

Τις τελευταίες δεκαετίες, ένα από τα κεντρικά ζητήματα της εξελιγκτικής γονιδιωματικής είναι η εύρεση προσαρμοστικών στρατηγικών για τη σταθεροποίηση των νουκλεϊκών οξέων, κάτω από υψηλές θερμοκρασίες (Basak and Ghosh 2005; Basak et al. 2010). Όλα τα μακρομόρια, όπως το DNA και το RNA, πρέπει να είναι σταθερά και λειτουργικά σε υψηλές θερμοκρασίες ανάπτυξης. Η υπόθεση της θερμικής προσαρμογής, υποστηρίζει τη θετική συσχέτιση μεταξύ της περιεκτικότητας του γονιδιώματος σε γουανίνη και κυτοσίνη (G+C) και της βέλτιστης θερμοκρασίας ανάπτυξης (Growth Optimal Temperature, GOT) των οργανισμών, λόγω του ότι το ζεύγος βάσεων G+C έχει έναν παραπάνω υδρογονικό δεσμό σε σχέση με το ζεύγος αδενίνη-θυμίνη (A+T), κι επομένως είναι πιο σταθερό.
Η επικρατούσα άποψη είναι πως δεν υπάρχει μία καθολική γενίκευση της υπόθεσης της θερμικής προσαρμογής στους προκαρυωτικούς οργανισμούς. Όλες οι μελέτες οι οποίες έγιναν στο αντικείμενο αυτό, ήταν «περιορισμένες», με την έννοια ότι ο αριθμός των ειδών τα οποία αναλύθηκαν ήταν σχετικά μικρός ως προς το σύνολο των υπάρχοντων μικροοργανισμών.
Σκοπός της εργασίας αυτής, είναι η προσπάθεια να δούμε το πρόβλημα πιο γενικά, και συγκεκριμένα, στο σύνολο των διαθέσιμων προκαρυωτικών οργανισμών, προκειμένου να διερευνήσουμε την ύπαρξη ή μη συσχέτισης μεταξύ του GC% στο γονιδίωμα και της θερμοκρασίας ανάπτυξης (GOT) των οργανισμών, επαληθεύοντας ή όχι την υπόθεση της θερμικής προσαρμογής. Στην περίπτωση που βρεθεί κάποια τέτοια συσχέτιση μεταξύ των δύο αυτών παραμέτρων, θα μπορούσαμε να ισχυριστούμε πως η περιεκτικότητα σε G+C είναι σημαντικός παράγοντας για την ανάπτυξη των βακτηρίων σε συγκεκριμένη θερμοκρασία. Αν πάλι δεν βρεθεί κάποια συσχέτιση μεταξύ των δύο μεταβλητών, τότε ερχόμαστε στην επικρατούσα άποψη πως δεν υπάρχει συσχέτιση μεταξύ της περιεκτικότητας του γονιδιώματος σε G+C και της βέλτιστης θερμοκρασίας ανάπτυξης των βακτηρίων, κι ενδεχομένως, οι παράγοντες οι οποίοι σχετίζονται με την προσαρμογή των προκαρυωτικών οργανισμών στα διάφορα περιβάλλοντα, είναι διαφορετικοί.

Θετικές Επιστήμες

Γονιδίωμα, Συσχέτιση, Ποσοστό GC, Βέλτιστη Θερμοκρασία Ανάπτυξης, Προκαρυωτικοί Οργανισμοί, Βακτήρια

Όχι

0

Ναι

38

148

Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.

https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/2817001