Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Κωνσταντίνος Βοργίας, Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Περίληψη:
Το δερματικό μελάνωμα είναι μία ιδιαίτερα επιθετική μορφή καρκίνου και σίγουρα ο πιο επικίνδυνος τύπος καρκίνου του δέρματος. Το 2012 καταγράφηκαν 232.000 νέες περιπτώσεις ανθρώπων με μελάνωμα, ενώ το 2015 υπήρχαν 3,1 εκατομμύρια ασθενών, οι οποίες περιπτώσεις κατέληξαν σε 59.800 θανάτους. Ως εκ τούτου, το μελάνωμα έχει 2 βασικά χαρακτηριστικά που το κάνουν κατάλληλο μοντέλο μελέτης, υπάρχει πληθώρα δεδομένων σχετικά με τη νόσο, τα οποία συχνά είναι ευρέως διαθέσιμα και είναι μια ασθένεια που σχετίζεται με τη σύγχρονη εποχή. Το μελάνωμα επιλέχθηκε ως μοντέλο για τη μελέτη διαφορικής έκφρασης γονιδίων μεταξύ δύο καταστάσεων. Χρησιμοποιήθηκε ένας αρχικός πληθυσμός 472 ασθενών / δειγμάτων, οι οποίοι διαιρέθηκαν σε ομάδες, με βάση δημογραφικά κριτήρια, φύλο και ηλικία και γενετικά κριτήρια, παρουσία ή όχι μεταλλαγής των γονιδίων της οικογένειας RAS, BRAF, NF1, ενώ δημιουργήθηκε και μια τρίτη ομάδα Triple-WT, για να υποδηλώσει ασθενείς που δε φέρουν καμιά από τις προηγούμενες μεταλλαγές. Η ανάλυση που οδήγησε στην εύρεση διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων μετά από διμερείς συγκρίσεις, πραγματοποιήθηκε με χρήση της γλώσσας προγραμματισμού R και συγκεκριμένα του πακέτου edgeR. Τα δεδομένα που προέκυψαν εισήχθησαν στο εργαλείο BioInfoMiner, για εμπλουτισμό και λειτουργική ανάλυση, από το οποίο προέκυψαν συμπεράσματα σχετικά με τις 3 από τις 9 συνολικά συγκρίσεις. Μια από αυτές τελικά έδωσε τα πιο ενδιαφέροντα συμπεράσματα. Η ανάλυση διαφορικής έκφρασης μεταξύ των ασθενών που φέρουν και των ασθενών που δεν φέρουν μεταλλαγή στο γονίδιο BRAF, οδήγησε σε συμπεράσματα σχετικά με την υπερ- ή -υπό έκφραση γονιδίων μεταξύ των δύο καταστάσεων και έδωσε ενδείξεις για την εμπλοκή των μηχανισμών ανοσολογικής απόκρισης και φλεγμονής, αγγειογένεσης, λειτουργίας του κυτταροσκελετού, βιολογικής και κυτταρικής προσκόλλησης. Η διεύρυνση των συγκρίσεων, η διεξοδική ανάλυση όλων των εμπλουτισμένων κυτταρικών διεργασιών και η δοκιμή επιπλέον υπολογιστικών εργαλείων, αποτελούν τους στόχους για μελλοντική έρευνα και γενίκευση των αποτελεσμάτων.
Λέξεις-κλειδιά:
μελάνωμα, στατιστική, διαφορική έκφραση, γονίδιο, λειτουργική ανάλυση, RNA
