Μονάδα:
Κατεύθυνση Μοριακή Βιοϊατρική - Μηχανισμοί Ασθενειών, Μοριακές και Κυτταρικές θεραπείες και ΒιοκαινοτομίαΒιβλιοθήκη Επιστημών Υγείας
Ημερομηνία κατάθεσης:
2019-07-15
Συγγραφέας:
Φανίδης Διονύσιος
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Παντελής Χατζής, Ερευνητής Β΄, Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών "Αλέξανδρος Φλέμινγκ"
Δέσποινα Σανούδου, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Αριστοτέλης Χατζηιωάννου, Ερευνητής Β΄, Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Development of integrative statistical algorithms for the analysis of gene expression data.
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Ανάπτυξη συνδυαστικών στατιστικών αλγορίθμων για την ανάλυση δεδομένων γονιδιακής έκφρασης.
Περίληψη:
Τα τελευταία χρόνια το RNA-sequencing έχει γίνει η κύρια τεχνολογία για την καταγραφή της γονιδιακής έκφρασης σε μαζική κλίμακα. Παρότι τα πλεονεκτήματα του ξεπερνούν τα πιθανά μειονεκτήματα, το RNA-sequencing επιδεικνύει συγκεκριμένες τεχνικές και στατιστικές πολώσεις, όπως άλλωστε και κάθε τεχνολογία μαζικής κλίμακας. Τέτοιες πολώσεις γίνονται περισσότερο εμφανείς σε πραγματικές πειραματικές συνθήκες, όπως κατά την εξερεύνηση της υπογραφής που διαφοροποιεί υγιείς από ασθενείς ιστούς και κατά την εξεύρεση ομάδvn γονιδίων των οποίων η έκφραση ποικίλει σημαντικά μεταξύ διαδοχικών χρονικών στιγμών ή μετά την χορήγηση διαφορετικών ποσοτήτων ενός φαρμάκου. Στην προσπάθεια να αντιμετωπιστούν οι ενδογενείς πολώσεις των RNA-sequencing δεδομένων έχουν προταθεί πολλές διαφορετικές προσεγγίσεις στατιστικής ανάλυσης, κάθε μία με τα δικά της πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα. Λαμβάνοντας υπόψιν την περιορισμένη έρευνα που είναι αφιερωμένη στην ανάπτυξη συνδυαστικών πρωτοκόλων ικανών να βελτιώσουν τα αποτελέσματα που εσοδεύονται από μεμονωμένες μεθόδους, παρουσιάζουμε το metaseqR2, μια αναβαθμισμένη έκδοση του προηγουμένως εκδεδομένου Bioconductor πακέτου, metaseqR. Συμπεριλαμβάνοντας κάποια από τα αποδοτικότερα και δημοφιλέστερα εργαλεία στατιστικής ανάλυσης διαφορικής έκφρασης, όπως και έναν νεο-υποστηριζόμενο οργανισμό, το metaseqR2 είναι ένα περιεκτικό και ισχυρό εργαλείο για την ανάλυση RNA-sequencing δεδομένων. Eπισπρόσθετα, αποδεικνύουμε πως η PANDORA, η κύρια μέθοδος του εργαλείου metaseqR2 για τον συνδυασμού τιμών p, όχι μόνο συνεχίζει να αποδίδει ιδιαίτερα καλά στο στατιστικό περιβάλλον του metaseqR2, αλλά χαρακτηρίζεται επίσης και από μία πολύ φερέγγυα συμπεριφορά κάτω από διαφορετικά πρωτόκολλα ανάλυσης. Εν κατακλείδει, υπο την παρουσία RNA-sequencing πολώσεων, όπως αυτή του γονιδιακού μήκους και της προσφάτως αναφερθείσας πόλωσης κατά τον εντοπισμό διαφορικά εκφρασμένων lncRNAs, η PANDORA αποτελεί ενδεχομένως την πιο αξιόπιστη λύση για την ανάλυση των RNA-sequencing δεδομένων.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Επιστήμες Υγείας
Λέξεις-κλειδιά:
RNA-sequencing, Διαφορική γονιδιακή έκφραση, Συνδυασμός p-value
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
2
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
58
