Analysis of the effects of non-coding variants in carcinogenesis

Διπλωματική Εργασία uoadl:2957597 8 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Μοριακή Βιοϊατρική - Μηχανισμοί Ασθενειών, Μοριακές και Κυτταρικές θεραπείες και Βιοκαινοτομία
Βιβλιοθήκη Επιστημών Υγείας
Ημερομηνία κατάθεσης:
2021-07-21
Έτος εκπόνησης:
2021
Συγγραφέας:
Βασιλογιάννη Μαρία-Ευαγγελία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Παντελής Χατζής, Ερευνητής B’, Ίδρυμα βασικής βιοϊατρικής έρευνας, Ε.ΚΕ.Β.Ε. «ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΣ ΦΛΕΜΙΓΚ»
Αντιγόνη Δήμα, Ερευνήτρια Γ’, Ίδρυμα βασικής βιοϊατρικής έρευνας, Ε.ΚΕ.Β.Ε. «ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΣ ΦΛΕΜΙΓΚ»
Αριστείδης Ηλιόπουλος, Καθηγητής, Τμήμα Ιατρικής, ΕΚΠΑ
Πρωτότυπος Τίτλος:
Analysis of the effects of non-coding variants in carcinogenesis
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Ανάλυση της δράσης των μη-κωδικών παραλλαγών στην καρκινογένεση
Περίληψη:
Το εντερικό επιθήλιο είναι ο πιο ταχύτατα ανανεώσιμος ιστός του ανθρώπινου σώματος. Η εξαιρετική ικανότητα ανανέωσης αυτού του ιστού αποδίδεται στα εντερικά επιθηλιακά βλαστικά κύτταρα που βρίσκονται στον πυθμένα των εντερικών κρύπτων. Αυτά τα κύτταρα ελέγχονται από τα σήματα που λαμβάνουν από το περιβάλλον τους. Ένας από τους σημαντικότερους συντελεστές στη διατήρηση, τη διαφοροποίηση και τον πολλαπλασιασμό των εντερικών επιθηλιακών βλαστικών κυττάρων είναι το σηματοδοτικό μονοπάτι Wnt / β-cat. Αρκετές μελέτες έχουν δείξει ότι οι μεταλλάξεις στα συστατικά του Wnt / β-cat που οδηγούν στην υπερ-ενεργοποίησή του, συνδέονται με τον εκτροπή του κυτταρικού πολλαπλασιασμού στο εντερικό επιθήλιο και τον καρκίνο του παχέος εντέρου.
Παρόλο που το μονοπάτι Wnt / β-cat έχει μελετηθεί εκτενώς, υπάρχουν πτυχές της ρύθμισής του που δεν έχουν ακόμη διευκρινιστεί. Έχει αποδειχθεί ότι ο TCF4 και η β-κατενίνη, οι μεταγραφικοί τελεστές της κανονικής οδού Wnt, στρατολογούνται σε μη κωδικοποιητικές περιοχές του γονιδιώματος, οι οποίες περιλαμβάνουν διάφορα lncRNAs. Αυτή η ετερογενής κατηγορία μορίων, τα οποία ορίζονται ως έχοντα μήκος> 200 νουκλεοτίδια και γενικά δεν κωδικοποιούν πρωτεΐνες, μπορεί να λειτουργεί με διάφορους τρόπους. Μια μεθοδολογία που χρησιμοποιείται για την κατανόηση του ρόλου ενός lncRNA στην κυτταρική ομοιόσταση και ασθένεια περιλαμβάνει την εφαρμογή προσεγγίσεων απώλειας λειτουργίας. Ως εκ τούτου, σε αυτήν τη μελέτη, εκμεταλλευόμαστε το σύστημα CRISPR / Cas9 για να αποσιωπήσουμε το WiNTRLINC2 σε κύτταρα Ls174. Το WiNTRLINC2 είναι ένα lncRNA του οποίου η έκφραση ρυθμίζεται από το μονοπάτι Wnt / β-cat, και το οποίο υπερεκφράζεται σε δείγματα ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου. Πιο συγκεκριμένα, δημιουργήσαμε σταθερές κυτταρικές σειρές WiNTRLINC2 KO που δεν διαθέτουν ούτε τον υποκινητή ούτε το πρώτο εξόνιο του WiNTRLINC2, προσπαθώντας να κατανοήσουν τη συμβολή της πράξης μεταγραφής του WiNTRLINC2 και του ίδιου του WiNTRLINC2 στην κυτταρική ομοιόσταση και καρκινογένεση. Μεταγενέστερες αναλύσεις έκφρασης των παραγόμενων κυτταρικών σειρών ΚΟ έδειξαν έναν κατάλογο 418 κοινών απορυθμισμένων γονιδίων μεταξύ των δύο στρατηγικών ΚΟ. Αυτά τα γονίδια εμπλέκονται σε διάφορες βιολογικές διεργασίες και κυρίως στον κυτταρικό κύκλο, υποδηλώνοντας ότι το WiNTRLINC2 μπορεί να συμβάλει στην εκδήλωση του καρκίνου μέσω της ρύθμισης αυτού.
Επιπλέον, επιδιώξαμε να διερευνήσουμε και να εντοπίσουμε τις ρυθμιστικές περιοχές WiNTRLINC2, καθώς και τις ρυθμιστικές περιοχές άλλων lncRNAs και γονιδίων που είναι σημαντικά στην καρκινογένεση, χρησιμοποιώντας μια (BAC-STARR) -seq προσέγγιση. Μέσα σε αυτό το πλαίσιο, επιμολύνουμε μια πληθώρα καρκινικών κυτταρικών σειρών, που αντιπροσωπεύουν διαφορετικά υπόβαθρα καρκίνου, με μια βιβλιοθήκη STARR που περιέχει γονιδιωματικές περιοχές προκειμένου να εντοπίσουμε πιθανά ρυθμιστικά στοιχεία που ρυθμίζουν την έκφραση αυτών των γονιδίων. Τα αποτελέσματα που παράγονται αναμένεται να δώσουν απαντήσεις σε πολλές ερωτήσεις σχετικά με τη διαφορική ρύθμιση του WiNTRLINC2 και άλλων lncRNAs και σχετιζόμενων με τον καρκίνο γονιδίων που ενδιαφέρουν στο πλαίσιο διαφόρων τύπων καρκίνου, καθώς και να επισημάνουν γενετικές παραλλαγές στο μη κωδικοποιητικό γονιδίωμα με ρυθμιστικούς και σχετικότητα με βιοδείκτες.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Επιστήμες Υγείας
Λέξεις-κλειδιά:
LncRNAs, Mακρά μη-κωδικά RNAs, Wnt/b-cat σηματοδοτικό μονοπάτι, Wnt μονοπάτι, Kαρκινογένεση, KO, Loss of function, WiNTRLINC2, Eνισχυτές γονιδίων, STARR-seq
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
189
Αριθμός σελίδων:
67

Maria Evangelia Vasilogianni_MScThesis.pdf
2 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.