Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική ΒιολογίαΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2024-04-03
Συγγραφέας:
ΠΑΠΑΔΟΠΟΥΛΟΣ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΟΣ
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Βασιλική Οικονομίδου Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ (Επιβλέπουσα),
Ιωάννης Τρουγκάκος Καθηγητής Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ,
Ιωάννης Μιχαλόπουλος Ειδικός Λειτουργικός Επιστήμων Β΄Κέντρο Βιολογίας Συστημάτων, ΙΙΒΕΑΑ
Πρωτότυπος Τίτλος:
Construction of a weighted gene co-expression network from transcriptomic data
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Κατασκευή βεβαρημένου δικτύου γονιδιακής συνέκφρασης από μεταγραφωμικά δεδομένα
Περίληψη:
Στη διπλωματική εργασία εξετάζονται 3,500 δείγματα τεχνολογίας μικροσυστοιχιών
Affymetrix (GeneChip™ Arabidopsis Genome ATH1 Array) διαφόρων ιστών του φυτικού
είδους Arabidopsis thaliana. Κάθε ένα από αυτά εμφανίζει τιμές έκφρασης για 21,274
γονίδια του φυτού. Πρώτο βήμα της ανάλυσης είναι η κατηγοριοποίηση των δειγμάτων
μέσω του WGCNA (weighted gene co-expression network analysis), τo οποίο είναι πακέτο
της γλώσσας προγραμματισμού R. Τα γονίδια ομαδοποιούνται σε 27 ενότητες
συνέκφρασης διαφορετικού μεγέθους. Κάθε ενότητα περιέχει γονίδια που είναι
διασυνδεδεμένα μεταξύ τους και εμφανίζει διαφορετικά επίπεδα έκφρασης στους
διάφορους ιστούς. Το σύνολο των γονιδίων κάθε ενότητας εξετάζεται για τυχόν υπέρεκπροσώπηση σε βιολογικές διεργασίες. Οι διάφορες ενότητες οριοθετούνται,
διευκρινίζοντας το ρόλο τους σε διαφορετικά στάδια της ανάπτυξης του φυτού. Τέλος, το δίκτυο συγκρίνεται με άλλα δίκτυα συν-έκφρασης γονιδίων, που προήλθαν από τα ίδια δεδομένα αλλά με άλλες υπολογιστικές μεθόδους.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
Μικροσυστοιχίες, αραβίδοψη, δίκτυο συνέκφρασης
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
89
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2025-04-04.
DissertationKP.pdf
3 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2025-04-04.
