Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική ΒιολογίαΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2025-04-14
Συγγραφέας:
Ντίντας Ορέστης
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ιωάννης Μιχαλόπουλος, Ειδικός Λειτουργικός Επιστήμων Β’, Κέντρο Βιολογίας Συστημάτων, Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών
Αλέξανδρος Γεωργακίλας, Καθηγητής, Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών, Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο
Βασιλική Οικονομίδου, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Τμήμα Βιολογίας, ΕΚΠΑ
Πρωτότυπος Τίτλος:
Μετα-ανάλυση μεταγραφωμικών δεδομένων έκθεσης σε ακτινοβολίες UV
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Μετα-ανάλυση μεταγραφωμικών δεδομένων έκθεσης σε ακτινοβολίες UV
Περίληψη:
Το ηλεκτρομαγνητικό φάσμα εκτείνεται από τα ραδιοκύματα έως τις ακτίνες γ, με την υπεριώδη ακτινοβολία να τοποθετείται μεταξύ του ορατού φωτός και των ακτίνων Χ (100-400 nm). Η UVR, η οποία προέρχεται τόσο από φυσικές όσο και από τεχνητές πηγές, έχει τη δυνατότητα να προκαλέσει σημαντικές βιολογικές επιπτώσεις στα κύτταρα. Η παρούσα διπλωματική εργασία εστιάζει στην ανάλυση διαφορικής γονιδιακής έκφρασης, στοχεύοντας στον εντοπισμό γονιδίων που παρουσιάζουν διαφοροποιημένη έκφραση υπό την επίδραση της ακτινοβολίας UV, με σκοπό την κατανόηση των βιολογικών μηχανισμών και επιδράσεων που προκύπτουν από την έκθεση σε αυτό το είδος ακτινοβολίας.
Τα πρωτογενή δεδομένα της συγκεκριμένης εργασίας αποκτήθηκαν μέσω της βάσης δεδομένων European Nucleotide Archive (ENA). Μετά από έλεγχο ποιότητας και επεξεργασία μέσω ροή ανάλυσης RNA-Seq, πραγματοποιήθηκε ανάλυση διαφορικής γονιδιακής έκφρασης για την κατάρτιση λίστας διαφορικώς εκφραζόμενων γονιδίων ανά μελέτη. Οι λίστες αυτές συνδυάστηκαν μέσω του πρίσματος της μετα-ανάλυσης, κατατάσσοντας τα γονίδια με βάση τη στατιστική τους σημαντικότητα. Η τελική λίστα χρησιμοποιήθηκε για ανάλυση εμπλουτισμού βιολογικών όρων και δημιουργία δικτύων αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών, αποκαλύπτοντας τις κοινές βιολογικές λειτουργίες που σχετίζονται με την απόκριση στην υπεριώδη ακτινοβολία.
Εκ των αποτελεσμάτων, παρατηρήθηκε μεγάλος αριθμός DEGs και βιολογικών διεργασιών με τα πιο σημαντικά να εντάσσονται στις κατηγορίες της ανοσολογικής-φλεγμονώδης απόκρισης, των βλαβών του DNA και τις οδούς DDR, του οξειδωτικού stress, της κυτταρικής γήρανσης και της ριβοσωμικής απόκρισης. Αξιοσημείωτο εύρημα είναι οι επιπτώσεις της UVB στην δομή και λειτουργία των ριβοσωμάτων, ένα αποτέλεσμα μη επαρκώς ερευνημένο. Βασιζόμενοι στα αποτελέσματα αυτής της εργασίας, περαιτέρω αναλύσεις θα μπορούσαν να αξιοποιήσουν δεδομένα με πιο λεπτομερή κατηγοριοποίηση, πειραματική επιβεβαίωση, διαφορετικές τεχνικές (ATAC-Seq, single-cell μεθόδους) καθώς και συγκριτικές αναλύσεις έναντι των επιδράσεων διαφορετικών φασμάτων της υπεριώδους ακτινοβολίας.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
Βιοπληροφορική, γονιδιακή έκφραση, nf-core, ακτινοβολίες, ριβοσώματα, προγραμματισμός
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
2
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
161
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2027-04-15.
Thesis_ON.pdf
6 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2027-04-15.
