2026-10-09T18:46:35Zhttps://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/frontend/oaipmh

oai:lib.uoa.gr:uoadl:5359787 2026-03-05T14:14:09.405Z born_digital_postgraduate_thesis

uoadl:5359787 https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/5359787 born_digital_postgraduate_thesis Διπλωματική Εργασία Postgraduate Thesis Προσδιορισμός δομής, διαμορφωτικές ιδιότητες και ανακάλυψη πιθανών στόχων του παραγώγου του κινναμωμικού οξέος NGI25 2026 Ελληνικά Greek Σκουφάς Γεώργιος Skoufas Georgios Η ταυτοποίηση και η διαμορφωτική ανάλυση του παραγώγου της κινναμωμικής N βενζυλο-N-(2-(κυκλοεξυλαμινο)-2-οξοαιθυλο) κινναμαμίδης (NGI25) πραγματοποιήθηκε μέσω φασματοσκοπίας πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού (NMR), μοριακής δυναμικής (MD) και κβαντικής μηχανικής (QM), δηλαδή ημιεμπειρικούς υπολογισμούς και υπολογισμούς πυκνότητας λειτουργικής θεωρίας (DFT). Επιπλέον, εφαρμόστηκαν ομοπυρηνικά (COSY, NOESY) και ετεροπυρηνικά (HSQC, HMBC) πειράματα για τον προσδιορισμό των πρωτονίων και των ατόμων άνθρακα. Μετά την ταυτοποίηση της δομής, το NGI25 υποβλήθηκε σε υπολογιστικές μελέτες για να αποκαλυφθούν οι πιο ευνοϊκές διαμορφώσεις του. Συγκεκριμένα, πραγματοποιήθηκαν μελέτες MD σε δύο διαφορετικούς διαλύτες, DMSO μέσης πολικότητας και τον υδρόφοβο διαλύτη του χλωροφορμίου .Τα αποτελέσματα που προέκυψαν υποδηλώνουν ότι το μόριο NGI25 υιοθετεί παρόμοιες διαμορφώσεις και στα δύο περιβάλλοντα. Συγκεκριμένα, οι δύο αρωματικοί δακτύλιοι του μορίου βρίσκονται σε χωρική γειτνίαση, ενώ παραμένουν αρκετά απομακρυσμένοι από το κυκλοεξάνιο. Τα πειράματα 2D NOESY επιβεβαίωσαν τους υπολογισμούς in silico MD και QM. Τέλος, πραγματοποιήθηκαν υπολογισμοί μοριακής πρόσδεσης προκειμένου να αποκαλυφθούν πιθανοί ενζυμικοί στόχοι για το NGI25. Χρησιμοποιήθηκε η πλατφόρμα Swiss target για να καθοδηγήσει την ανακάλυψη νέων στόχων με βάση τη δομή του NGI. Πράγματι, προβλέφθηκε ότι το NGI25 αναστέλλει τη βουτυρυλοχολινεστεράση (BCHE) και τη λιποξυγονάση (LOX). Πειράματα μοριακής πρόσδεσης, ακολουθούμενα από μελέτες μοριακής δυναμικής, επιβεβαίωσαν την ευνοϊκή σύνδεση του NGI25 και με τα δύο ένζυμα. The structure assignment and conformational analysis of cinnamic derivative N-benzyl-N (2-(cyclohexylamino)-2-oxoethyl) cinnamamide (NGI25) was carried out through Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy, Molecular Dynamics (MD) and Quantum Mechanics (QM), i.e. semiempirical and Density Functional Theory (DFT) calculations. Moreover, Homonuclear (COSY, NOESY) and heteronuclear (HSQC, HMBC) experiments were applied to assign its protons and carbons. After structure identification, NGI25 was subjected to computational calculations to reveal its most favorable conformations. In particular, MD studies were performed in two different solvents, DMSO of intermediate polarity and hydrophobic CHCl3. The obtained results suggest that NGI25 adopts similar conformations in both environments. In particular, the two aromatic rings of the molecule reside in spatial vicinity, while they remain quite distant from the cyclohexane. 2D NOESY experiments confirmed the in silico MD and QM calculations. Finally, molecular docking calculations were performed in order to reveal possible enzyme-targets for NGI25. Swiss target module was used to guide the discovery of new targets based on the structure of NGI. Indeed, it was predicted that NGI25 inhibited butyrylcholinesterase (BCHE) and lipoxygenase (LOX). Molecular docking experiments, followed by Molecular Dynamics studies, confirmed the favorable binding of NGI25 to both enzymes. Θετικές Επιστήμες Science