Τομέας Βοτανικής
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

2016-01-15

2016

Ντάνος Βασίλειος

Α. Καραγκούνη Καθηγήτρια

Εντοπισμός πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων σε μικροβιακές αλληλουχίες, μέσω της ανάλυσης συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών ενοτήτων

Ελληνικά

Detection of protein-protein interactions in microbial sequences based on domain fusion analysis

Στη συγκεκριμένη έρευνα έγινε προσπάθεια να επιτευχθούν τρεις στόχοι: η
ανάπτυξη αλγοριθμικής μεθοδολογίας για τον εντοπισμό πρωτεϊνικών
αλληλεπιδράσεων, μέσω γεγονότων συγχώνευσης σε πρωτεωμικές αλληλουχίες, η
υλοποίηση φιλικής προς τον ερευνητή εφαρμογής για την αυτοματοποίηση αυτής της
διαδικασίας και τέλος, η ανάλυση των πρωτεωμάτων 24 βακτηρίων με σκοπό τη
μελέτη γεγονότων συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών ενοτήτων σε αυτά. Η μέθοδος
που κατασκευάστηκε είχε σαν αποτέλεσμα των εντοπισμό 175 αρχικά γεγονότων
συγχώνευσης στα 24 βακτηριακά πρωτεώματα, από τα οποία τα 104 (59%)
επιβεβαιώθηκαν ως αληθώς θετικά στη βάση δεδομένων STRING. Η ακρίβεια της
μεθόδου έγινε ακόμα μεγαλύτερη, φτάνοντας το ποσοστό επιτυχημένων προβλέψεων
στο 70%, όταν από τα αποτελέσματα αφαιρέθηκαν οι δομικές ενότητες που τείνουν
να αλληλεπιδρούν με μεγάλο αριθμό άλλων δομικών ενοτήτων στα κύτταρα
(promiscuous domains).
Η διατριβή αυτή προτείνει μια αυτοματοποιημένη μέθοδο εντοπισμού γεγονότων
συγχώνευσης σε πρωτεωμικές αλληλουχίες, η οποία μπορεί να εφαρμοστεί σε
οποιοδήποτε πρωτέωμα, είτε Αρχαίων είτε Βακτηρίων είτε φυσικά και Ευκαρυωτών αν
και η οριστική επιβεβαίωση πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων γίνεται πάντοτε
πειραματικά.

Υπολογιστική, Βιολογία, Δομικών περιοχών, Συγχώνευση, Ανάλυση

Όχι

0

Ναι

53

186

Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.

https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/1308868