Μονάδα:
Κατεύθυνση ΒιοστατιστικήΒιβλιοθήκη Επιστημών Υγείας
Ημερομηνία κατάθεσης:
2011-06-08
Συγγραφέας:
Στύλλου Αικατερίνη
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Άρτεμις Χατζηγεωργίου Ερευνήτρια Β΄,ΕΚΕΒΕ-Φλέμινγκ
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ανάπτυξη υπολογιστικών μεθόδων για τον χαρακτηρισμό κωδικών περιοχών και UTR’s
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Περίληψη:
Πρόσφατες μελέτες έδειξαν ότι το μεγαλύτερο μέρος του γονιδιώματος που
εκφράζεται δεν ανήκει στο 2% των περιοχών που κωδικοποιούν πρωτεΐνες ( coding
RNA’s) αλλά κυρίως σε περιοχές που δεν έχουν αυτή την πληροφορία ( noncoding
RNA’s). Τα non-coding RNAs παρουσιάζουν μεγάλο ενδιαφέρον λόγο της λειτουργίας
τους σαν ρυθμιστές σημαντικών βιολογικών λειτουργιών όπως η ρύθμιση της
μεταγραφής και της μετάφρασης. Το γεγονός αυτό, σε συνδυασμό με τον τεράστιο
αριθμό RNAs που προκύπτει με τις νέες τεχνολογίες ανάγνωσης του γονιδιώματος
καθιστά απαραίτητη την ανάπτυξη εφαρμογών που αυτοματοποιούν τον διαχωρισμό των
RNAs που κωδικοποιούν από αυτά που δεν κωδικοποιούν πρωτεΐνες. Στην παρούσα
διπλωματική εργασία, εξετάζουμε την απόδοση τεσσάρων τέτοιων εφαρμογών, των
Coding Potential Calculator (CPC), ESTExplorer, OrfPredictor και OrfFinder.
Σκοπός μας είναι να βρούμε την εφαρμογή ή το συνδυασμό εφαρμογών που
επιτυγχάνει την καλύτερη πρόβλεψη coding και παράλληλα non-coding RNAs του
ανθρώπινου γονιδιώματος. Η πρόβλεψη των coding RNAs περιλαμβάνει και τον
εντοπισμό των σωστών ορίων των αντίστοιχων κωδικών περιοχών και κατ’ επέκταση
των σωστών ορίων των 3’ και 5’ αμετάφραστων περιοχών.
Λέξεις-κλειδιά:
Βιοπληροφορική, Συμπληρωματικό DNA, Ανθρώπινο γονιδίωμα, Πρόβλεψη κωδικής περιοχής, Πρόβλεψη 3’ και 5’ αμετάφραστων περιοχών
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
6-12
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
23
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο.
document.pdf
2 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο.
