Μελέτη πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων γονιδίων που εμπλέκονται στην ανάπτυξη και διαφοροποίηση του Arabidopsis thaliana

Διπλωματική Εργασία uoadl:1318503 163 Αναγνώσεις

Μονάδα:
ΠΜΣ Μικροβιακή Βιοτεχνολογία
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2014-01-15
Έτος εκπόνησης:
2014
Συγγραφέας:
Πίκουλα Λαμπρινή
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Επικ. Καθηγητής Κ. Χαραλαμπίδης (επιβλέπων), Επικ. Καθηγητής Α. Ρούσσης, Επικ. Καθηγητής Δ. Χατζηνικολάου
Πρωτότυπος Τίτλος:
Μελέτη πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων γονιδίων που εμπλέκονται στην ανάπτυξη και διαφοροποίηση του Arabidopsis thaliana
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Interaction analysis between proteins encoded by genes involved in growth and differentiation in Arabidopsis thaliana
Περίληψη:
Στην παρούσα εργασία επιλέχθηκαν τα γονίδια γνωστής λειτουργίας VIP3, DDB1a,
DDB1b, ASK1 και ELP3 με σκοπό να μελετηθούν οι αλληλεπιδράσεις των πρωτεϊνών
τους με τις πρωτεΐνες των γονιδίων At5g14540 (UBA-like), At5g14520 (AtPES),
At5g14510 (Arm), At5g14530 (WD1) και At5g66240 (WD2), των οποίων οι λειτουργίες
είναι μέχρι στιγμής άγνωστες και συνεπώς η συμμετοχή τους σε αλληλεπιδράσεις
μπορεί να προσφέρει χρήσιμες πληροφορίες για το λειτουργικό χαρακτηρισμό τους.
Η επιλογή των γονιδίων της μελέτης έγινε βάσει στοιχείων της υπάρχουσας
βιβλιογραφίας, σύμφωνα με τα οποία τα μοτίβα που περιλαμβάνονται στις
αλληλουχίες τους αποτελούν τον πυρήνα πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων συμμετέχοντας
ενεργά στην κατασκευή δυναμικών συμπλόκων και παράλληλα λαμβάνοντας υπόψη τις
προβλέψεις που υπάρχουν στις βάσεις δεδομένων και αφορούν τους πιθανούς
λειτουργικούς ρόλους των υπό μελέτη γονιδίων. Από τον έλεγχο συνολικά 33
πιθανών πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων προέκυψαν 5 θετικά αποτελέσματα, σύμφωνα με
τα οποία η πρωτεΐνη UBA-like αλληλεπιδρά με τις πρωτεΐνες ARM, WD2, DDB1A και
ASK1. Επίσης επαληθεύτηκε η ήδη γνωστή αλληλεπίδραση μεταξύ των πρωτεϊνών VIP3
και DDB1A, γεγονός που επιβεβαιώνει τη λειτουργία της μεθόδου των δύο υβριδίων
που χρησιμοποιήθηκε στην παρούσα εργασία. Οι αλληλεπιδράσεις της υπό μελέτη
UBA-like πρωτεΐνης με τις γνωστές πρωτεΐνες DDB1A και ASK1 πιθανόν εμπλέκουν τη
UBA-like σε διαδικασίες πρωτεϊνικής αποικοδόμησης, μέσω της δράσης του
πρωτεασώματος, ωστόσο εξίσου πιθανή είναι και η συμμετοχή των παραπάνω δύο
αλληλεπιδράσεων στην κατασκευή συμπλόκων με μη-πρωτεολυτική δράση. Παράλληλα, η
αλληλεπίδραση της UBA-like με την πρωτεΐνη ARM ίσως υποδεικνύει έμμεση σύνδεση
της ΑRM με τις DDB1A και ASK1 στα πλαίσια συμπλόκων ουβικουιτίνωσης, ενώ ο
έλεγχος για άμεσες αλληλεπιδράσεις μεταξύ αυτών των πρωτεϊνών κατέληξε σε
αρνητικά αποτελέσματα. Τέλος, η αλληλεπίδραση της UBA-like με την πρωτεΐνη WD2
οδηγεί στην υπόθεση συμμετοχής της WD2 σε CUL4-DDB1-DCAF σύμπλοκο λιγάσης
ουβικουιτίνης και επιπλέον στην κατανόηση του πλειοτροπικού φαινοτύπου των wd2
μεταλλαγμένων σειρών που δημιουργήθηκαν στα πλαίσια ευρύτερης μελέτης για το
χαρακτηρισμό του γονιδίου WD2. Περαιτέρω πειραματικές προσεγγίσεις, όπως για
παράδειγμα πειράματα συν-ανοσοκατακρήμνισης (co-immunoprecipitation) είναι
απαραίτητες για την επιβεβαίωση όλων των παραπάνω πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων,
καθώς και για την πληρέστερη κατανόηση των λειτουργικών τους ρόλων.
Λέξεις-κλειδιά:
Arabidopsis thaliana, Πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις, Σύστημα δύο υβριδίων, Γονίδια, Σύμπλοκο λιγάσης ουβικουτίνης
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
266
Αριθμός σελίδων:
129

document.pdf
3 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.