ΠΜΣ Βιοπληροφορική
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

2012-02-02

2012

Σαββάκης Ιωάννης

Παππά Κ.Μ. Επικ. Καθηγ.(Επιβλέπουσα), Χαμόδρακας Σ. Καθηγ., Μπάγκος Π. Επικ. Καθηγ.

Μελέτη της επιδιόρθωσης του DNA στο αιθανολοπαραγωγό βακτήριο Zymomonas mobilis

Ελληνικά

Το Zymomonas mobilis είναι α-πρωτεοβακτήριο με μεγάλες δυνατότητες για
βιομηχανική
παραγωγή αιθανόλης. Η ανθεκτικότητά του σε συνθήκες στρες προσελκύει το
ενδιαφέρον,
καθώς άπτεται της προσαρμογής του σε συχνά αντίξοα βιοκαταλυτικά περιβάλλοντα.
Γονίδια
που επάγονται σε συνθήκες στρες σε οργανισμούς όπως το E. coli περιλαμβάνουν
γονίδια
επιδιόρθωσης του DNA και ρυθμίζονται συντονισμένα. Χαρακτηριστικό παράδειγμα
αποτελεί το SOS σύστημα, που ελέγχεται από τις πρωτεΐνες RecA/LexA και αριθμεί
δεκάδες
συμμεταγραφόμενων γονιδίων.
Στην παρούσα εργασία, έγινε in silico αναζήτηση SOS γονιδίων, ορθόλογων ως προς
αυτά
των εντεροβακτηρίων και μελετημένων α-πρωτεοβακτηρίων, στα αλληλουχημένα
γονιδιώματα δύο στελεχών του Z. mobilis (ΑΤCC31821/ZM4 και NCIMB11163 - κωδικοί
GenBank AE008692 και CP001722, αντίστοιχα). Τα υποψήφια SOS γονίδια του Z.
mobilis
εντοπίστηκαν μέσω της τρέχουσας επισημείωσής τους και μέσω στοιχίσεων BLAST. Επί
πλέον, διερευνήθηκε η συντονισμένη ρύθμιση των γονιδίων με βάση τη συντήρηση της
αλληλουχίας πρόσδεσης της LexA ανοδικά αυτών (SOS-box α-πρωτεοβακτηρίων
G(T/A)(T/A)CN7G(T/A)(T/A)C), με χρήση προγράμματος γλώσσας C που αναπτύχθηκε στο
εργαστήριο και του FITOM (http://compbio.umbc.-edu/9466/), ενώ η αναζήτηση
συναινετικών SOS-box αλληλουχιών επεκτάθηκε σε ολόκληρα τα γονιδιώματα των
στελεχών. Τέλος, εντοπίστηκαν συντηρητικά μοτίβα στις RecA και LexA του Z.
mobilis, με
χρήση στοιχίσεων ClustalW και βιοχημικών δεδομένων που βασίζονται στο E. coli.
Η συντήρηση των Z. mobilis RecA και LexA υποδεικνύει τον ενεργό τους ρόλο στη
ρύθμιση
του SOS συστήματος στον οργανισμό. Στα γονιδιώματα των ΖΜ4 και NCIMB 11163
εντοπίστηκαν περίπου 40 πιθανά επιδιορθωτικά γονίδια, 8 από τα οποία φέρουν
απόλυτα
συντηρημένο, ή με μια νουκλεοτιδική διαφορά, SOS-box (συμπεριλαμβανομένων των
recA
και lexA), και αρκετά με δύο ή περισσότερες νουκλεοτιδικές διαφορές.
Αξιοσημείωτο υπήρξε
ότι SOS μοτίβα με καμία ή μία διαφορά εντοπίστηκαν και ανοδικά περίπου 70 μη
επιδιορθωτικών γονιδίων (μεταβολισμού, σύνθεσης δομών ή πρωτεϊνών,
ανθεκτικότητας σε
οργανικούς παράγοντες και μεταγραφικής ρύθμισης), γεγονός που υποδεικνύει ότι η
SOS-
ρύθμιση στo Z. mobilis είναι πιθανόν ευρύτερη απ’ ότι αναμενόταν.

Zymomonas mobilis, SOS απόκριση, Eπιδιόρθωση του DΝΑ, Μεταγραφική ρύθμιση, Βιοαιθανόλη

Όχι

0

Ναι

180

102

Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.

https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/1318595