Μελέτη των επαγόμενων από ιό προγραμμάτων γονιδιακής έκφρασης σε κύτταρα θηλαστικών μέσω γονιδιωματικής τεχνολογίας

Διπλωματική Εργασία uoadl:2928994 235 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Κλινική Βιοχημεία - Μοριακή Διαγνωστική
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2020-11-23
Έτος εκπόνησης:
2020
Συγγραφέας:
Κούτση Μαριάννα
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ανδρέας Σκορίλας, Καθηγητής Κλινικής Βιοχημείας, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Μελέτη των επαγόμενων από ιό προγραμμάτων γονιδιακής έκφρασης σε κύτταρα θηλαστικών μέσω γονιδιωματικής τεχνολογίας
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Μελέτη των Επαγόμενων από Ιό Προγραμμάτων Γονιδιακής Έκφρασης σε Κύτταρα Θηλαστικών μέσω Γονιδιωματικής Τεχνολογίας
Περίληψη:
Οι ιϊκές μολύνσεις έχουν ως χαρακτηριστικό τα υψηλά επίπεδα νοσηρότητας και θνησιμότητας, αποτελώντας παγκόσμια απειλή για την ανθρώπινη υγεία, και κατ’ επέκταση για την εύρυθμη λειτουργία των σύγχρονων κοινωνιών. Η εισαγωγή της γενετικής πληροφορίας των ιών στα κύτταρα του ξενιστή προκαλεί επαναπρογραμματισμό του μεταγραφικού προφίλ του γονιδιώματος, γεγονός που οδηγεί συχνά στην εδραίωση παθολογικού φαινοτύπου και συνεπώς στην εμφάνιση ασθενειών, όπως ο Σακχαρώδης Διαβήτης τύπου 1 (Type 1 Diabetes Mellitus), το Σύνδρομο Επίκτητης Ανοσοβιολογικής Ανεπάρκειας (AIDS), η Ιογενής ηπατίτιδα B και C και άλλα αυτοάνοσα νοσήματα, κυρίως ως επακόλουθο της αποδιοργάνωσης της ανοσολογικής απόκρισης. Το γεγονός αυτό καθιστά αναγκαία την ολιστική μελέτη του φαινομένου των ιϊκών μολύνσεων στη διάρκεια της αντι-ιϊκής απόκρισης. Ο Σακχαρώδης Διαβήτης τύπου 1 έχει θεωρηθεί ως μία ασθένεια, η οποία πυροδοτείται μετά από ιϊκή μόλυνση ανθρώπων που φέρουν συγκεκριμένο γενετικό υπόβαθρο. Ωστόσο, ο μοριακός μηχανισμός που διέπει την εμφάνιση και την εξέλιξη της νόσου παραμένει άγνωστος σε σημαντικό βαθμό.
Η λειτουργία όλων των οργανισμών στηρίζεται στην αξιόπιστη χωροχρονική και ποσοτική έκφραση των γονιδίων. Είναι ευρέως αποδεκτό, ότι τα ρυθμιστικά στοιχεία του DNA σε συνδυασμό με τους μεταγραφικούς παράγοντες και την τοπική αρχιτεκτονική των χρωματινικών επιφανειών συγκροτούν ρυθμιστικούς κώδικες, οι οποίοι καθορίζουν τη γονιδιακή έκφραση καθώς και το βαθμό επαγωγής παρακείμενων ή απομακρυσμένων γονιδίων. Ωστόσο, η μηχανιστική λογική τους δεν έχει διευκρινιστεί πλήρως και αποτελεί πρόκληση. Η ανάπτυξη των νέων τεχνολογιών με επίκεντρο την αλληλούχηση νέας γενιάς (Next Generation Sequencing, NGS) επιτρέπει πλέον τον ολιστικό χαρακτηρισμό των ρυθμιστικών στοιχείων και την απάντηση σε σημαντικά ερωτήματα, τα οποία παραμένουν νεφελώδη για πολλά χρόνια, όπως: α) πώς είναι δυνατόν ρυθμιστικά στοιχεία που εδράζουν γειτονικά ή χιλιάδες βάσεις μακριά από τα γονίδια στόχους να αλληλεπιδρούν με αυτά, β) οι κυτταρικές αποκρίσεις σχετίζονται με συγκεκριμένες περιοχές του γονιδιώματος και γ) υπάρχει αλληλεπίδραση μεταξύ της επιγενετικής κατάστασης που ισχύει στον πυρήνα συγκεκριμένων κυτταρικών τύπων και της πιθανότητας εμφάνισης/ανάπτυξης συγκεκριμένης νόσου;
Σκοπός της παρούσας διπλωματικής εργασίας με τίτλο «Μελέτη των Επαγόμενων από Ιό Προγραμμάτων Γονιδιακής Έκφρασης σε Κύτταρα Θηλαστικών μέσω Γονιδιωματικής Τεχνολογίας» είναι η αποκωδικοποίηση των μοριακών μηχανισμών που συνδέουν την ιϊκή μόλυνση των β παγκρεατικών κυττάρων με την ανάπτυξη του Σακχαρώδους Διαβήτη τύπου 1 σε ασθενείς με συγκεκριμένο γενετικό υπόβαθρο, μέσω μελέτης σε επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώματος (genomics) και του μεταγραφώματος (transcriptomics). Μέσω της μελέτης των μηχανισμών ρύθμισης της γονιδιακής έκφρασης κατά τη διάρκεια της αντι-ιϊκής απόκρισης, γίνεται αποκάλυψη του συνόλου των ρυθμιστικών στοιχείων, που διαχειρίζονται/συντονίσουν την κυτταρική απάντηση στην εξέλιξη των ιϊκών μολύνσεων. Για την επίτευξη του στόχου αυτού, χρησιμοποιήθηκαν μέθοδοι μοριακής βιολογίας, βιοχημείας, γονιδιωματικής (RNA-seq, DNaseI-seq, ChIP-seq, STARR-seq) και βιοπληροφορικής, οι οποίες στοχεύουν στην απόκτηση μιας ολοκληρωμένης εικόνας των μοριακών φαινομένων που πραγματοποιούνται κατά την ιϊκή μόλυνση των β παγκρεατικών κυττάρων.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λοιπές θεματικές κατηγορίες:
Επιστήμες Υγείας
Λέξεις-κλειδιά:
Σακχαρώδης Διαβήτης τύπου 1, β-παγκρεατικά κύτταρα, Ιϊκή μόλυνση, Γονιδιωματική Τεχνολογία, Πρόγραμμα Γονιδιακής Έκφρασης
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
130
Αριθμός σελίδων:
244
MSc Thesis Marianna Koutsi 2020.pdf (10 MB) Άνοιγμα σε νέο παράθυρο