Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Επιστήμη Βιοϊατρικών ΔεδομένωνΠληροφορική
Ημερομηνία κατάθεσης:
2024-06-05
Συγγραφέας:
Αρμέν Οβσεπιάν
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Θεόδωρος Δαλαμάγκας, Δρ., Διευθυντής Ερευνών, Ερευνητικό Κέντρο «ΑΘΗΝΑ»
Γιώργος Γεωργακίλας, Δρ., Επιστημονικός συνεργάτης, Ερευνητικό Κέντρο «ΑΘΗΝΑ»
Άρτεμις Χατζηγεωργίου, Καθηγήτρια, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Πρωτότυπος Τίτλος:
Microbial Signatures in Human Periodontal Disease: a Metatranscriptome Meta-Analysis
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Μικροβιακές υπογραφές στην ανθρώπινη περιοδοντική νόσο: μετα-ανάλυση του μέτα-μεταγραφώματος
Περίληψη:
Οι μελέτες μεταγονιδιωματικής και μεταγραφωματικής έχουν συμβάλει καταλυτικά στην κατανόηση των μικροβιακών κοινοτήτων του στόματος και του λειτουργικού τους δυναμικού. Παρ' όλα αυτά, οι μελέτες αυτές δεν έχουν παράξει σταθερά και ομοιόμορφα αποτελέσματα, γεγονός που υπαγορεύει την ανάγκη για συγκρίσεις μεταξύ μελετών προκειμένου να προκύψουν πιο ισχυρά ευρήματα. Εδώ, διενεργήθηκε μια μετα-ανάλυση τεσσάρων γεωγραφικά και τεχνικά διαφορετικών μελετών μεταγραφωματικής για την ανθρώπινη περιοδοντίτιδα. Συνολικά, συμπεριλήφθηκαν 54 δείγματα υποουλικής πλάκας, 27 υγιή και 27 περιοδοντίτιδας. Αντιμετωπίζοντας τη μελέτη ως μεταβλητή τυχαίας επίδρασης και με κατώφλι ρυθμού ψευδούς ανακάλυψης (False Discovery Rate - FDR 10-3), εντοπίσαμε 26 είδη με διαφορετική αφθονία, τα περισσότερα από τα οποία έχουν συσχετιστεί στο παρελθόν με το στοματικό μικροβίωμα ή την περιοδοντική νόσο. Ο πυρήνας του μικροβιώματος (που ορίζεται από 80% ομαδική εμφάνιση και κορυφαία σχετική αφθονία 25%) της ομάδας των υγιών και της ομάδας της περιοδοντίτιδας περιελάμβανε 40 και 80 είδη, αντίστοιχα. Αξιοσημείωτο είναι ότι 38 είδη του πυρήνα του υγιούς μικροβιώματος ήταν κοινά με τον πυρήνα της ομάδας περιοδοντίτιδας. Η λειτουργική ανάλυση έδειξε ότι 50 οικογένειες γονιδίων (UniRef-90) που εμπλέκονται στη διαμεμβρανική μεταφορά και έκκριση, στο μεταβολισμό των αμινοξέων, στη σύνθεση επιφανειακών πρωτεϊνών και μαστιγίων, στο μεταβολισμό της ενέργειας και στην υπερελίκωση του DNA, μεταγράφηκαν σημαντικά περισσότερο (FDR ≤ 10-2) στα δείγματα περιοδοντίτιδας. Επιπλέον, 4 γονίδια βακτηριακών παραγόντων μολυσματικότητας, από τη Virulence Factor DataBase (VFDB), συμπεριλαμβανομένου του εξαρτώμενου υποδοχέα TonB από το P. gingivalis, του επιφανειακού αντιγόνου BspA από το T. forsynthia, και της αδρεψίνης Α (PsaA) και της γλυκεραλδεΰδη-3-φωσφορικής αφυδρογονάσης τύπου Ι (GAPDH) από το γένος Streptococcus, βρέθηκαν επίσης να μεταγράφονται σημαντικά περισσότερο (FDR ≤ 0,05) στην ομάδα περιοδοντίτιδας. Τα ευρήματα αυτά προωθούν την κατανόηση του στοματικού μικροβιώματος και του μεταγραφώματος στην υγεία και την περιοδοντίτιδα.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
Περιοδοντίτιδα, μεταγραφωματική, μέτα-ανάλυση, δίκτυο μικροβίων, μικροβίωμα-πυρήνας, στοματικό μικροβίωμα, δυσβίωση
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
1
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
96
