Μονάδα:
Διατμηματικό / Διϊδρυτικό ΠΜΣ Μοριακή ΙατρικήΒιβλιοθήκη Επιστημών Υγείας
Ημερομηνία κατάθεσης:
2014-07-07
Συγγραφέας:
Αυγέρης Ευθύμιος Γεώργιος
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Επίκουρος Καθηγητής Βιολογίας κυττάρου και Ανάπτυξης ΕΚΠΑ, Στραβοπόδης Δημήτριος
Πρωτότυπος Τίτλος:
Δίκτυα μεταγραφικών παραγόντων και επαναπρογραμματισμός του ανθρώπινου γονιδιώματος μετά από ιική μόλυνση
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Transcription factors networks and human genome reprogramming after virus infection
Περίληψη:
Οι αποκρίσεις των κυττάρων σε παθογόνους μικροοργανισμούς, ιδιαίτερα σε ιούς,
αποτελούν τις περισσότερο μελετημένες περιπτώσεις κυτταρικών αποκρίσεων σε
εξωτερικά ερεθίσματα. Οι φαινοτυπικές αλλαγές των κυττάρων-ξενιστών
συνοδεύονται με χαρακτηριστικές αλλαγές στη γονιδιακή τους έκφραση. Τεχνικές
που χρησιμοποιούν DNA μικροσυστοιχίες αλλά και ακόμη πιο σύγχρονες τεχνικές
αλληλούχησης των μεταγράφων (RNA-seq) παρέχουν τη δυνατότητα εντοπισμού με
ακρίβεια των γονιδίων που εκφράζονται αλλά και του βαθμού στον οποίο αλλάζει η
έκφρασή τους κατόπιν μόλυνσης με κάποιο ιό ή βακτήριο. Η ανάλυση τέτοιων
πειραμάτων προσφέρει σημαντικές πληροφορίες για τα γονίδια που εμπλέκονται
στους μηχανισμούς με τους οποίους αποκρίνονται τα κύτταρα-ξενιστές στη μόλυνση
και καθορίζουν την επιβίωσή τους.
Η ρύθμιση αυτών των γονιδίων πραγματοποιείται από τη συντονισμένη αλληλεπίδραση
των μεταγραφικών παραγόντων αλλά και των τοπικών επιλεκτικών τροποποιήσεων των
ιστονών με το DNA. Με την τεχνική της ανοσοκατακρήμνισης και της ακόλουθης
αλληλούχησης των DNA τμημάτων που απομονώνονται (ChIP-seq) μπορούν να
εντοπιστούν οι θέσεις πρόσδεσής των μεταγραφικών παραγόντων και οι
τροποποιήσεις των ιστονών σε διάφορα γονίδια. Ο συνδυασμός πληροφοριών από τις
παραπάνω τεχνικές μπορεί να αποκαλύψει τους περίπλοκους μηχανισμούς που
ενεργοποιούνται στα κύτταρα μετά από ιικές μολύνσεις. Μπορεί επίσης να
εντοπιστούν κάποια γονίδια που υπερεκφράζονται στην πλειοψηφία των κυτταρικών
σειρών κατόπιν μόλυνσης με παθογόνους μικροοργανισμούς. Στην παρούσα εργασία
συλλέχθηκαν δεδομένα πειραμάτων DNA μικροσυστοιχιών και RNA-seq από τις βάσεις
δεδομένων GeoDatasets, Array Express και SRA όπου είχαν προηγηθεί μολύνσεις
ανθρώπινων κυττάρων με ιούς και βακτήρια. Επιπλέον χρησιμοποιήθηκαν δεδομένα
από ChIP-seq πειράματα από τη βάση δεδομένων του ENCODE. Από την ανάλυση αυτών
των δεδομένων εντοπίστηκε μία ομάδα 348 γονιδίων των οποίων η έκφραση
εμφανίζεται να αυξάνεται κατόπιν μόλυνσης σε διάφορες ανθρώπινες κυτταρικές
σειρές. Χαρακτηρίστηκαν επίσης οι μεταγραφικοί παράγοντες αλλά και οι ιστονικές
τροποποιήσεις που πιθανώς ρυθμίζουν την έκφραση αυτών των γονιδίων σε τρείς
κυτταρικές σειρές.
Λέξεις-κλειδιά:
Ιός, Ρύθμιση γονιδίων, Μεταγραφικοί παράγοντες, Μικροσυστοιχίες, Αλγόριθμος
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
69
