Ανάλυση γεγονότων συγχώνευσης πρωτεϊνών σε παθογόνα βακτήρια υπεύθυνα για σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα στον άνθρωπο

Διπλωματική Εργασία uoadl:1315736 222 Αναγνώσεις

Μονάδα:
ΠΜΣ Μικροβιακή Βιοτεχνολογία
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2015-04-02
Έτος εκπόνησης:
2015
Συγγραφέας:
Βλαχοπάνου Δήμητρα
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Αμαλία Δ. Καραγκούνη-Κύρτσου Καθηγήτρια
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ανάλυση γεγονότων συγχώνευσης πρωτεϊνών σε παθογόνα βακτήρια υπεύθυνα για σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα στον άνθρωπο
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Protein domain fusion analysis in sexually transmitted human pathogenic bacteria
Περίληψη:
Οι πρωτεΐνες εξυπηρετούν βασικές λειτουργίες σε όλες σχεδόν τις βιολογικές
διεργασίες και οι πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις πραγματοποιούνται σε κάθε επίπεδο
της κυτταρικής λειτουργίας. Για τους λόγους αυτούς αποτελούν αντικείμενο
λεπτομερούς έρευνας εδώ και πολλά χρόνια. Η λειτουργία κάποιας πρωτεΐνης που
δεν έχει χαρακτηρισθεί ως προς τον ρόλο της, μπορεί να προβλεφθεί μέσω της
αποκάλυψης της αλληλεπίδρασής της με μια άλλη πρωτεΐνη γνωστής λειτουργίας. Οι
υπολογιστικές μέθοδοι που χρησιμοποιούνται παραδοσιακά για τη διερεύνηση των
λειτουργιών και των αλληλεπιδράσεων των πρωτεϊνών, στηρίζονται στη σύγκριση των
αλληλουχιών των προς εξέταση πρωτεϊνών με άλλες αλληλουχίες γνωστών και
χαρακτηρισμένων πολυπεπτιδίων. Βέβαια, έχουν αναπτυχθεί και καινούριες μέθοδοι,
οι οποίες ομαδοποιούν πρωτεΐνες που παίρνουν μέρος στο ίδιο βιοχημικό μονοπάτι
ή στην ίδια πρωτεϊνική μηχανή και κατ’ αυτό τον τρόπο τις χαρακτηρίζουν ως
λειτουργικά συνδεδεμένες. Στις μεθόδους αυτές ανήκει και η ανάλυση συγχώνευσης
πρωτεϊνικών δομικών περιοχών. Η ανάλυση αυτή βασίζεται στο γεγονός ότι όταν δύο
ξεχωριστές πρωτεΐνες ενός οργανισμού εντοπιστούν συγχωνευμένες σε μία πρωτεΐνη
ενός άλλου, είναι πολύ πιθανό να αλληλεπιδρούν και να παρουσιάζουν συγγενείς
λειτουργίες. Αντικείμενο της παρούσας εργασίας είναι η αναζήτηση γεγονότων
συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών περιοχών μεταξύ δέκα παθογόνων βακτηρίων,
υπεύθυνων για σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα και ενός μύκητα. Τα σεξουαλικώς
μεταδιδόμενα νοσήματα αποτελούν μια αναδυόμενη απειλή στον σύγχρονο κόσμο. Το
γεγονός αυτό εντείνει την ανάγκη να μελετηθούν σε μοριακό επίπεδο τα υπεύθυνα
βακτήρια, προκειμένου να εντοπιστούν νέοι στόχοι έναντι των οποίων θα
στρέφονται τα αντιβιοτικά. Η ανάλυση συγχώνευσης πρωτεϊνικών δομικών περιοχών
πραγματοποιείται με τη βοήθεια του προγραμματιστικού πακέτου Matlab R2009b και
ενός ειδικού αυτοματοποιημένου αλγορίθμου, που βασίζεται στο πρόγραμμα BLASTp.
Στη συνέχεια, χρησιμοποιώντας τις κατάλληλες βάσεις δεδομένων (SMART),
αναλύονται τα γεγονότα συγχώνευσης και αναζητάται η πιθανή λειτουργική
συσχέτιση των πρωτεϊνών.
Λέξεις-κλειδιά:
Πρόβλεψη λειτουργίας πρωτεΐνών, Πρόβλεψη πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, Συγχώνευση πρωτεΐνών, Συγχώνευση πρωτεϊνικών δομικών περιοχών, Σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
133
Αριθμός σελίδων:
145

document.pdf
1 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο.