Ανάλυση χαμηλής και υψηλής απόδοσης πειραματικών μεθόδων για συλλογή επιβεβαιωμένων γονιδίων στόχων των miRNAs

Διπλωματική Εργασία uoadl:1326256 344 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική
Πληροφορική
Ημερομηνία κατάθεσης:
2016-12-20
Έτος εκπόνησης:
2016
Συγγραφέας:
Μανιού Σοφία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Άρτεμις Χατζηγεωργίου, Καθηγήτρια, Τμήμα Μηχανικών Υ/Η, Τηλεπικοινωνιών και Δικτύων, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Γεώργιος Σπύρου, Επικεφαλής της ομάδας Βιοπληροφορικής, Κυπριακό Ινστιτούτο Νευρολογίας και Γενετικής
Μαρία Παρασκευοπούλου, Ερευνήτρια/Επιστημονικός Συνεργάτης
Σέργιος Θεοδωρίδης, Καθηγητής, Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών, Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ανάλυση χαμηλής και υψηλής απόδοσης πειραματικών μεθόδων για συλλογή επιβεβαιωμένων γονιδίων στόχων των miRNAs
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Ανάλυση χαμηλής και υψηλής απόδοσης πειραματικών μεθόδων για συλλογή επιβεβαιωμένων γονιδίων στόχων των miRNAs
Περίληψη:
Τα microRNAs είναι μικρά μη κωδικά μόρια RNA που θεωρούνται οι κύριοι μετα-μεταγραφικοί ρυθμιστές της γονιδιακής έκφρασης. Το μεγάλο ενδιαφέρον που υπάρχει τα τελευταία χρόνια για την κατανόηση της λειτουργίας τους, έχει δημιουργήσει μία έντονη δραστηριότητα έρευνας στο συγκεκριμένο πεδίο.
Μία από τις πιο σημαντικές διαδικασίες στην έρευνα των miRNAs, είναι η αναγνώριση των αλληλεπιδράσεων που έχουν με τα γονίδια στόχους τους. Τέτοιες αλληλεπιδράσεις μπορούν να επιβεβαιωθούν από πειραματικές μεθόδους υψηλής και/ή χαμηλής απόδοσης. Η υψηλής απόδοσης μέθοδος των μικροσυστοιχιών χρησιμοποιείται κατά κόρον στο πεδίο έρευνας των miRNAs, με σκοπό να μελετηθεί η επίδραση που έχει η υπερέκφραση ή καταστολή ενός miRNA στην γονιδιακή έκφραση. Από μία λεπτομερειακή επεξεργασία δεδομένων των μικροσυστοιχιών, μπορούν να προκύψουν αλληλεπιδράσεις των miRNAs με τα γονίδια στόχους τους.
Στα πλαίσια αυτής της διπλωματικής εργασίας εφαρμόστηκαν διαφορετικές προσεγγίσεις για την επεξεργασία τέτοιων δεδομένων, και πραγματοποιήθηκε μία σύγκριση μεταξύ τους για την αναζήτηση της πιο αξιόπιστης μεθόδου. Έναν ακόμη στόχο της εργασίας αποτέλεσε η συλλογή miRNA:gene αλληλεπιδράσεων από την χαμηλής απόδοσης μέθοδο των γονιδίων αναφοράς σε διάφορους κυτταρικούς τύπους και διαφορετικές πειραματικές συνθήκες. Δόθηκε ιδιαίτερη έμφαση στα δεδομένα της συγκεκριμένης μεθόδου, η οποία μπορεί να επιβεβαιώσει το ακριβές σημείο πρόσδεσης του miRNA πάνω στο μετάγραφο του γονιδίου στόχου του.
Η συλλογή τέτοιων δεδομένων μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε μεγάλο εύρος εφαρμογών, όπως την αναβάθμιση μίας σχετικής βάσης δεδομένων ή την εκπαίδευση αλγορίθμων πρόβλεψης στόχων των miRNAs.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Τεχνολογία – Πληροφορική
Λέξεις-κλειδιά:
microRNAs, μικροσυστοιχίες, μέθοδος γονιδίων αναφοράς, πειραματικά επιβεβαιωμένοι στόχοι, επεξεργασία δεδομένων μικροσυστοιχιών
Ευρετήριο:
Ναι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
4
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
40
Αριθμός σελίδων:
44
Diplomatiki_Maniou_Sofia_ΠΙΒ0115.pdf (1 MB) Άνοιγμα σε νέο παράθυρο