Διατμηματικό / Διϊδρυτικό ΠΜΣ Μοριακή Ιατρική
Βιβλιοθήκη Επιστημών Υγείας

2017-07-05

2017

Αγιουτάντης Παναγιώτης

Δημήτρης Χατζηνικολάου, Επικ. Καθηγητής, Βιολογικό, ΕΚΠΑ
Φραγκίσκος Κολίσης, Ομότιμος Καθηγητής, Σχολή Χημικών Μηχανικών, ΕΜΠ
Αριστοτέλης Χατζηιωάννου, Ερευνητής Β, Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών

Μετα-αναλυτική προσέγγιση για τον μεταγραφωμικό και πρωτεωμικό χαρακτηρισμό κυτταρικών σειρών ηπατοκυτταρικού καρκινώματος

Ελληνικά

Μετα-αναλυτική προσέγγιση για τον μεταγραφωμικό και πρωτεωμικό χαρακτηρισμό κυτταρικών σειρών ηπατοκυτταρικού καρκινώματος

Το ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα αποτελεί μια από τις πιο συχνές περιπτώσεις εμφάνισης καρκίνου σε παγκόσμια κλίμακα. Αναπτύσσεται κατά βάση σε συνθήκες χρόνιας φλεγμονής και κίρρωσης, αποτελεί ένα τύπο νεοπλασίας που χαρακτηρίζεται από ιδιαίτερα υψηλή αγγειογένεση και η εμφάνιση του μπορεί να συσχετιστεί με ένα σημαντικό αριθμό αιτιολογικών παραγόντων, οι σημαντικότεροι από τους οποίους είναι οι ιογενείς ηπατίτιδες Β και C, η υπερβολική κατανάλωση αλκοόλ καθώς και η διατροφική έκθεση στην αφλατοξίνη Β1. Στις περισσότερες περιπτώσεις εμφάνισης του ηπατοκυτταρικού καρκινώματος, η νόσος εντοπίζεται σε προχωρημένα στάδια με αποτέλεσμα να μην υπάρχουν ουσιαστικά αποτελεσματικές προσεγγίσεις θεραπείας. Για τον λόγο αυτό είναι απαραίτητο να μελετηθούν οι μοριακοί μηχανισμοί οι οποίοι σχετίζονται με την εμφάνιση αλλά και την εξέλιξη της νόσου. Στα πλαίσια αυτής της ερευνητικής προσπάθειας, χρησιμοποιούνται κατά κόρον καθιερωμένες καρκινικές κυτταρικές σειρές ηπατοκυτταρικού καρκινώματος ως in vitro μοντέλα μελέτης της εν λόγω νόσου. Ενα βασικό ερώτημα που τίθεται είναι να μπορέσουν να περιγραφούν τα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά των κυτταρικών αυτών σειρών HCC. Σκοπός λοιπόν της διπλωματικής αυτής εργασίας είναι τόσο ο μεταγραφωμικός όσο και ο πρωτεωμικός χαρακτηρισμός 15 διαφορετικών καρκινικών κυτταρικών σειρών ΗCC που έχουν κατά καιρούς χρησιμοποιηθεί σε ερευνητικές προσπάθειες, με βάση μια προσέγγιση μετα - αναλυτικής μελέτης. Δημοσίως διαθέσιμα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης από μικροσυστοιχίες Affymetrix και πρωτεϊνικής έκφρασης από πρωτεϊνικές συστοιχίες αντίστροφης φάσης (RPPA) χρησιμοποιήθηκαν για την μελέτη του μεταγραφωμικού και του πρωτεωμικού προφίλ των επιλεγμένων κυτταρικών σειρών. Η διερευνητική ανάλυση των δεδομένων μέσω ιεραρχικής ομαδοποίησης και απεικόνισης στον χώρο με βάση τις κύριες συνιστώσες που χαρακτηρίζουν τα πακέτα δεδομένων, ξεκάθαρα υποδεικνύει την σαφή διάκριση δύο συγκεκριμένων υπο-ομάδων (Clusters) ΗCC κυτταρικών σειρών. Η εν λόγω ομαδοποίηση επιβεβαιώνεται πλήρως τόσο από τα μεταγραφωμικά όσο και από τα πρωτεωμικά δεδομένα. Η υπο-ομάδα 1 (Cluster 1) περιλαμβάνει τις - με βάση την βιβλιογραφική έρευνα - AFP θετικές και καλώς διαφοροποιημένες σειρές HEP3B, HEPG2, HUH1, HUH7, JHH-7, PLC/PRF/5 ενώ η υπο-ομάδα 2 (Cluster 2) περιλαμβάνει αντίστοιχα τις AFP αρνητικές και λιγότερο διαφοροποιημένες σειρές HLE, HLF, JHH-2, JHH-4, JHH-6, SNU-387, SNU-423, SNU-449 και SNU-475. Με βάση την ανωτέρω ομαδοποίηση, επιχειρήθηκε λογικά ο εντοπισμός διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων μεταξύ των δύο υπο-ομάδων ώστε να προσδιοριστούν, μέσω και της λειτουργικής ανάλυσης, κυτταρικές διεργασίες που χαρακτηρίζουν κάθε Cluster και τονίζουν τις μεταξύ τους διαφορές. Εντοπίστηκαν μέσω διαφορετικών προσεγγίσεων λειτουργικής ανάλυσης μοτίβα από ενδιαφέρουσες κυτταρικές διεργασίες, οι οποίες και σχετίζονται άμεσα με την εξέλιξη της εν λόγω νόσου. Αυτές αφορούν την διαδικασία της πήξης του αίματος και την ινωδόλυση, την αγγειογένεση και την υποξία, την φλεγμονώδη αντίδραση, την αλληλεπίδραση της εξωκυττάριας μήτρας (ECM) με τα κύτταρα, την διαδικασία του μετασχηματισμού των επιθηλιακών σε μεσεγχυματικά κύτταρα (ΕΜΤ) και τέλος τον μεταβολισμό.

Επιστήμες Υγείας

Μεταγραφωμική, Πρωτεωμική, Ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα, Κυτταρικές σειρές, Μετα-αναλυτική προσέγγιση

Όχι

0

Ναι

96

75

Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.

https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/1702422