Μονάδα:
Κατεύθυνση ΒιοπληροφορικήΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2017-07-27
Συγγραφέας:
Καραταράκη Ελευθερία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Οικονομίδου Βασιλική, Επίκουρη Καθηγήτρια, Τομέας Βιολογίας Κυττάρου και Βιοφυσικής, Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Βελτιστοποίηση διαλυτότητας θεραπευτικών μονοκλωνικών αντισωμάτων με υπολογιστικές μεθόδους
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Βελτιστοποίηση διαλυτότητας θεραπευτικών μονοκλωνικών αντισωμάτων με υπολογιστικές μεθόδους
Περίληψη:
Τα μονοκλωνικά αντισώματα είναι πιθανότατα, η πιο ραγδαία αναπτυσσόμενη και πολλά υποσχόμενη κατηγορία φαρμάκων. Χρησιμοποιούνται θεραπευτικά σε αυτοάνοσα νοσήματα, καρδιαγγειακές και μολυσματικές ασθένειες, στη μεταμόσχευση οργάνων, στη μείωση φλεγμονών και σε διάφορα είδη καρκίνου. Παρά τα αδιαμφισβήτητα πλεονεκτήματα τους, τα εξανθρωπισμένα αντισώματα έχουν και σημαντικά μειονεκτήματα όπως μικρή διάρκεια ζωής και μικρή πρωτεϊνική σταθερότητα. Το πιο σημαντικό όμως μειονέκτημα είναι η τάση τους να δημιουργούν σταθερές και συχνά αδιάλυτες πρωτεϊνικές δομές. Τα συσσωματώματα αυτά μπορούν να μειώσουν την δραστικότητα των αντισωμάτων, καθώς επίσης να προκαλέσουν ανοσολογικές αποκρίσεις σε ασθενείς όταν βρίσκονται σε μεγάλες ποσότητες. Στην παρούσα έρευνα, ο στόχος μας ήταν να σχεδιάσουμε και να αναπτύξουμε μια αυτοματοποιημένη υπολογιστική μέθοδο που να μειώνει τις περιοχές με τάση προς συσσωμάτωση στα θεραπευτικά μονοκλωνικά αντισώματα. Για την πρόγνωση των περιοχών με τάση προς συσσωμάτωση χρησιμοποιήθηκε η μέθοδος AMYLPRED2. Έχοντας ως κριτήριο τον βαθμό έκθεσης του κάθε αμινοξικού καταλοίπου στην πρωτεΐνη και την θέση τους στην τρισδιάστατη δομή των αντισωμάτων, έγιναν αντικαταστάσεις αμινοξικών καταλοίπων με εκτεθειμένες πλευρικές αλυσίδες, ώστε να μην επηρεαστεί η συνολική δομή της πρωτεΐνης. Μετά από αυτές τις αντικαταστάσεις δίνεται ως αποτέλεσμα η καλύτερη δυνατή ελαχιστοποίηση των επιφανειών με τάση για συσσωμάτωση. Στη συνέχεια υπολογίζεται το εμβαδόν αυτών των περιοχών πριν και μετά τις αντικαταστάσεις. Κατά την αξιολόγηση του υπολογιστικού εργαλείου που σχεδιάστηκε και αναπτύχθηκε, σε 5 μονοκλωνικά αντισώματα, βρέθηκε ότι οι περιοχές με τάση προς συσσωμάτωση μετά τις αντικαταστάσεις μειώθηκαν και σε μερικές περιπτώσεις εξαφανίστηκαν. Τα θετικά αποτελέσματα της μελέτης αυτής θα πρέπει να ελεγχθούν πειραματικά προκειμένου να εξακριβωθεί η εγκυρότητα τους έτσι ώστε να χρησιμοποιηθούν στην παραγωγή νέων φαρμάκων και στη βελτιστοποίηση των ήδη υπαρχόντων.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
μονοκλωνικά αντισώματα, συσσωματώματα, αυτοματοποιημένη υπολογιστική μέθοδος, μείωση των περιοχών με τάση προς συσσωμάτωση, αντικαταστάσεις αμινοξικών καταλοίπων,
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
93
