Κατεύθυνση Βιοπληροφορική
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

2017-09-28

2017

Φλέσσια Σοφία

Ηλίας Ηλιόπουλος,Καθηγητής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας,
Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών

Εντοπισμός και συσχέτιση μικρών RNA (microRNA) σε ζωικό και ανθρώπινο γονιδίωμα με την απορρύθμιση βιολογικών διεργασιών (ασθένειες)

Ελληνικά

Εντοπισμός και συσχέτιση μικρών RNA (microRNA) σε ζωικό και ανθρώπινο γονιδίωμα με την απορρύθμιση βιολογικών διεργασιών (ασθένειες)

Η ανακάλυψη των microRNAs (miRNAs) έχει επιφέρει δραστικές αλλαγές στα όσα ήταν μέχρι τώρα γνωστά για τη σύνθεση των πρωτεϊνών και για τη ρύθμιση της πρωτεϊνικής έκφρασης. Οι ακολουθίες των miRNAs δεν κωδικοποιούν πρωτεΐνες, αλλά παράγουν μικρά μόρια, μεγέθους περίπου 22 νουκλεοτιδίων, που αλληλεπιδρούν με διάφορα mRNAs και αυτό έχει ως αποτέλεσμα την καταστολή της πρωτεϊνικής έκφρασης του γονιδίου – στόχου, είτε μέσα από την αναστολή της μετάφρασης, είτε μέσα από την υποβάθμιση του μεταφορικού RNA. Η ανακάλυψη αυτών των μορίων, που λέγονται miRNAs, δημιούργησε την ανάγκη στους επιστήμονες να εντοπίσουν και να ερευνήσουν αυτά τα μόρια έτσι ώστε να επισημανθεί η λειτουργία και ο ρόλος τους.
Οι ερευνητές, τα τελευταία χρόνια, θεωρώντας ότι τα microRNAs αποτελούν πολύ σημαντικά μόρια, έχουν στρέψει το ενδιαφέρον τους προς αυτά. Έρευνες που έχουν διεξαχθεί για διάφορους οργανισμούς έχουν επιφέρει πολύ ικανοποιητικά αποτελέσματα. Η μελέτη αυτών των μορίων έγκειται τόσο στον εντοπισμό τους όσο και στην ανακάλυψη της λειτουργία τους, ενώ μέχρι στιγμής, έχουν βρεθεί και αναλυθεί χιλιάδες miRNAs σ’ ένα μεγάλο αριθμό διαφορετικών ειδών. Στον άνθρωπο έχει βρεθεί ένας σημαντικός αριθμός miRNAs ενώ το ίδιο συμβαίνει και με το ποντικό, του οποίου το γονιδίωμα είναι υπερβολικά κοντά σ’ αυτό του ανθρώπου.
Η Βιοπληροφορική είναι ένας γρήγορα αναπτυσσόμενος τομέας που αποτελεί ένα πολύ σημαντικό εργαλείο για την έρευνα. Για την ανάλυση και τον εντοπισμό των miRNAs έχουν χρησιμοποιηθεί πάρα πολλά προγράμματα, εφαρμογές και εργαλεία. Παράλληλα, έχουν αναπτυχθεί διάφορες βάσεις δεδομένων για miRNAs οι οποίες έχουν βοηθήσει στη δημιουργία και στην ενίσχυση πολλών και διαφορετικών αλγορίθμων που αφορούν την ανακάλυψη και την ανάλυση διαφόρων miRNAs σε διαφορετικούς οργανισμούς.
Μελέτες και έρευνες για τα miRNAs έχουν αποδείξει ότι είναι άμεσα συνδεδεμένα με ασθένειες, μέσα στις οποίες συγκαταλέγεται και ο καρκίνος. Έχει βρεθεί ότι ένας μεγάλος αριθμός miRNAs παίζει καθοριστικό ρόλο στην εμφάνιση και στην εξέλιξη διαφόρων μορφών καρκίνου. Έτσι, λοιπόν, γεννιέται η ανάγκη για δημιουργία αποτελεσματικών αλγορίθμων που αφορούν τη λειτουργία αυτών των μικρών μορίων και που θα βοηθήσουν ολόκληρη την επιστημονική κοινότητα να κατανοήσει και να αντιμετωπίσει τα διάφορα είδη ασθενειών με τα οποία σχετίζονται.
Στην παρούσα μελέτη, δημιουργήθηκε μια διαδικτυακή εφαρμογή της οποίας σκοπός είναι να αναζητήσει και να ταυτοποιήσει στο γονιδίωμα δύο ειδών και συγκεκριμένα του ανθρώπου και του ποντικού, την ύπαρξη miRNAs που έχουν ήδη ανακαλυφθεί και σχολιαστεί και να τα συσχετίσει στην συνέχεια με ασθένειες. Για τις ανάγκες της μελέτης αυτής χρησιμοποιήθηκαν αρχεία που περιλαμβάνουν τα γονιδιώματα του ανθρώπου και ποντικού και αρχεία με πληροφορίες σχετικές με ασθένειες για κάθε περιοχή του γονιδιώματος των δύο αυτών ειδών. Η διαδικτυακή εφαρμογή που δημιουργήθηκε, ελέγχθηκε με μια σειρά από γνωστά miRNAs για κάθε έναν από τους δύο οργανισμούς αλλά και με τη χρήση miRNAs διαφόρων άλλων οργανισμών. Τέλος, ακολούθησαν τα συμπεράσματα και ο σχολιασμός για τη λειτουργικότητα και τη χρηστικότητα της διαδικτυακής αυτής εφαρμογής.

Θετικές Επιστήμες

Τεχνολογία – Πληροφορική

διαδικτυακή εφαρμογή, miRNAs, ασθένειες

Όχι

0

Ναι

32

179

Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.

https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/1936021