Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ηλίας Ηλιόπουλος (Επιβλέπων), Καθηγητής, Τμήμα Βιοτεχνολογίας, Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Κωνσταντίνος Βοργιάς, Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Βασιλική Οικονομίδου, Επίκουρη Καθηγήτρια, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Περίληψη:
Στην παρούσα διπλωματική εργασία, πραγματοποιήθηκε μελέτη των διάφορων αναστολέων της ανθρώπινης γαλακτικής αφυδρογονάσης Α (LDH-A) του καρκινικού κυττάρου, προκειμένου να βρεθούν φαρμακευτικές ενώσεις που θα συμβάλουν στην αναστολή της λειτουργίας του.
Αρχικά, βρέθηκαν από τη βάση δεδομένων Protein Data Bank (PDB), όλες οι δομές της ανθρώπινης γαλακτικής αφυδρογονάσης A (LDH-A) και επιλέχθηκε η δομή με την καλύτερη ατομική διακριτικότητα (resolution), προκειμένου να χρησιμοποιηθεί στη μελέτη.
Στη συνέχεια, πραγματοποιήθηκε χωρική υπέρθεση των αλυσίδων στην επιλεχθείσα δομή και έτσι προέκυψε η πιο αντιπροσωπευτική αλυσίδα - με τα περισσότερα υποστρώματα -. Εκτός από το παραπάνω, αρχικό, μέρος η διπλωματική μελέτη περιλαμβάνει άλλα τρία μέρη.
Στο πρώτο μέρος, μελετήθηκαν όλα τα υποστρώματα που υπήρχαν στις δομές της ανθρώπινης LDH-A. Πιο συγκεκριμένα, πραγματοποιήθηκε, με το Autodock Vina, ελλιμενισμός των υποστρωμάτων στο κέντρο πρόσδεσης της επιλεχθείσας δομής της γαλακτικής αφυδρογονάσης A, ώστε να εντοπιστούν οι περιοχές αλληλεπίδρασης υποστρώματος και πρωτεΐνης.
Στο δεύτερο μέρος, χρησιμοποιήθηκε ένα σύνολο χημικών ενώσεων-αναστολέων της ανθρώπινης LDH-A που ήταν καταχωρημένες στη βάση δεδομένων BindingDB. Η διαδικασία που ακολουθήθηκε, ήταν η ίδια μ’ αυτήν του πρώτου μέρους, ώστε να επιβεβαιωθεί η αξιοπιστία, τόσο της μεθοδολογίας, όσο και του λογισμικού που χρησιμοποιήθηκε.
Στο τρίτο μέρος, χρησιμοποιήθηκαν τρεις διαφορετικές ομάδες υποψήφιων αναστολέων, οι οποίες περιελάμβαναν αντικαρκινικές ενώσεις, καρκινικές ενώσεις και φυσικά προϊόντα αντίστοιχα. Η διαδικασία που ακολουθήθηκε ώστε να βρεθούν νέα υποστρώματα που λειτουργούν κατασταλτικά, ήταν η ίδια που ακολουθήθηκε στα δύο πρώτα μέρη.
Όλες οι ενώσεις, που έδωσαν λύση, από τους ελλιμενισμούς του τρίτου μέρους, θα αποτελέσουν πιθανούς στόχους κατά των καρκινικών κυττάρων. Αξίζει να αναφερθεί ότι για τις ενώσεις που έδωσαν λύση στο κέντρο πρόσδεσης της LDH-A και στα τρία μέρη, πραγματοποιήθηκαν διαγράμματα απεικόνισης της προβολής του κέντρου πρόσδεσης με το πρόγραμμα LIGPLOT και εντοπίστηκαν τα κρίσιμα αμινοξικά κατάλοιπα, της LDH-A, που συμμετέχουν στις αλληλεπιδράσεις ενζύμου ( LDH-A) – υποστρώματος (ενώσεις / αναστολείς).
Τέλος, να σημειωθεί ότι για τις ενώσεις που χρησιμοποιήθηκαν στο τρίτο μέρος των ελλιμενισμών, βρέθηκαν από τη βάση δεδομένων PUBCHEM τα απαραίτητα βιβλιογραφικά δεδομένα που αφορούν στη θεραπευτική τους δράση έναντι των διάφορων μορφών καρκίνου.
Λέξεις-κλειδιά:
γαλακτική αφυδρογονάση Α, αναστολείς, ελλιμενισμός, σχεδιασμός φαρμάκων,καρκινικά κύτταρα
