Μονάδα:
Κατεύθυνση Κλινική Βιοχημεία - Μοριακή ΔιαγνωστικήΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2018-07-30
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Σκορίλας Ανδρέας, Καθηγητής Κλινικής Βιοχημείας, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ανάλυση δεδομένων αλληλούχησης νέας γενιάς καθώς και μελέτη της έκφρασης και κλινική αξιολόγηση εναλλακτικών μεταγράφων γονιδίων στο γενετικό τόπο 19q13.2-13.4 σε καρκινικά κύτταρα και ιστούς
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Ανάλυση δεδομένων αλληλούχησης νέας γενιάς καθώς και μελέτη της έκφρασης και κλινική αξιολόγηση εναλλακτικών μεταγράφων γονιδίων στο γενετικό τόπο 19q13.2-13.4 σε καρκινικά κύτταρα και ιστούς
Περίληψη:
Το γονίδιο CEACAM19 (CarcinoEmbryonic Antigen-related Cell Adhesion Molecule 19) αποτελεί μέλος της της οικογένειας των CEACAM γονιδίων που ανακαλύφθηκε σχετικά πρόσφατα και η οποία με τη σειρά της ανήκει στην υπεροικογένεια γονιδίων των ανοσοσφαιρινών (immunoglobulin superfamily, IgSF) που κωδικοποιούν για ένα σύνολο διαμεμβρανικών γλυκοπρωτεϊνών με υψηλό βαθμό γλυκοζυλίωσης.. Το γονίδιο CEACAM19 βρίσκεται στο χρωμόσωμα 19 κωδικοποιεί για ένα πολυπεπτίδιο 300 αμινοξέων. Η πρωτεΐνη του γονιδίου περιέχει μία υψηλά συντηρημένη περιοχή ενός ευκαρυωτικού παράγοντα έναρξης της μεταγραφής (translation initiation factor, eIF-5A), το μεταβολικό μονοπάτι του οποίου έχει βρεθεί ότι συσχετίζεται με την έκφραση και τη δραστηριότητα της τρανσγλουταμινάσης και έχει προταθεί ότι παίζει ρόλο στην κυτταρική ανάπτυξη και τη διαφοροποίηση. Μελέτες της έκφρασης του γονιδίου σε φυσιολογικούς ιστούς ανέδειξαν ένα διευρυμένο προφίλ έκφρασης.
Έρευνες για τον προσδιορισμό της έκφρασης του CEACAM19 σε καρκινικούς ιστούς οδήγησαν στην παρατήρηση ότι αυτό υπερεκφράζεται σε ένα ευρύ φάσμα καρκινικών τύπων ενώ σε ορισμένους τύπους όπως του μαστού και των ωοθηκών βρέθηκε επίσης συνδεδεμένο με αρνητική πρόγνωση εξέλιξης της νόσου. Τα στοιχεία αυτά υποδεικνύουν την πιθανή χρησιμότητα του γονιδίου ως καρκινικού βιοδείκτη για την πρόγνωση και την παρακολούθηση της εξέλιξης της ασθένειας.
Στην παρούσα εργασία, έγινε αναγνώριση και μοριακή κλωνοποίηση δεκαέξι νέα μετάγραφα του γονιδίου CEACAM19 στο άνθρωπο με χρήση εσωτερικής αντίδρασης πολυμεράσης (nested PCR) και της τεχνολογίας αλληλούχησης νέας γενιάς (Next Generation Sequencing, NGS). Έπειτα από εκτενή βιοπληροφορική ανάλυση βρέθηκε ότι τα δεκαέξι αυτά νέα μετάγραφα αποτελούν προϊόντα του μηχανισμού του εναλλακτικού ματίσματος κατά την ωρίμανση του pre-mRNA και συγκεκριμένα παρατηρήθηκαν τέσσερα γεγονότα εναλλακτικής συρραφής. Ακόμα, η ανάλυση των δεδομένων που προέκυψαν από την μέθοδο της NGS αποκάλυψε την ύπαρξη δύο νέων εξωνίων καθώς και τη διατήρηση σε ορισμένα μετάγραφα του πρώτου ιντρονίου του γονιδίου. Τα αποτελέσματα αυτά επιβεβαιώθηκαν και αναλύθηκε το πρότυπο έκφρασης των ευρημάτων με τη διεξαγωγή nested PCR με ειδικούς εκκινητές για κάθε μετάγραφο.
Τέλος, η ευρεία έκφραση του CEACAM19 σε καρκινικούς ιστούς και η σύνδεσή του με αρνητική πρόγνωση για τους ασθενείς στους οποίους υπερεκφράζεται, καθιστούν αναγκαία την μελέτη και την ποσοτικοποίηση των νέων μεταγράφων σε ανθρώπινα δείγματα ώστε να διερευνηθεί η κλινική εφαρμογή που θα μπορούσαν να έχουν ως καρκινικοί βιοδείκτες.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
αλληλούχηση νέας γενιάς, εναλλακτικά μετάγραφα, βιοδείκτες, καρκίνος
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
3
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
105
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.
Διπλωματική Ζήση Ζαφείρω.pdf
3 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.
