A computational approach to identify long non-coding RNAs acting as microRNA sponges

Διπλωματική Εργασία uoadl:2876135 25 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική
Πληροφορική
Ημερομηνία κατάθεσης:
2019-06-18
Έτος εκπόνησης:
2019
Συγγραφέας:
Καραβαγγέλη Άννα
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Άρτεμις Χατζηγεωργίου, Καθηγήτρια Βιοπληροφορικής,
Τμήμα Μηχανικών Η/Υ, Τηλεπικοινωνιών και Δικτύων του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας
Πρωτότυπος Τίτλος:
A computational approach to identify long non-coding RNAs acting as microRNA sponges
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Υπολογιστική μέθοδος για την αναγνώριση μακρών μη κωδικών RNA που δρουν σαν «σφουγγάρια» των microRNA
Περίληψη:
Τα μακρά μη κωδικά RNAs (lncRNAs) είναι μεταγραφόμενα μη κωδικά RNAs (ncRNAs) με μήκος πάνω από 200 νουκλεοτίδια. Μεταξύ των αναγνωρισμένων λειτουργιών τους, η ικανότητά τους να δρουν σαν μοριακά “σφουγγάρια” για τα microRNAs (miRNAs) σε διάφορες φυσιολογικές διεργασίες και παθολογικές καταστάσεις έχει κερδίσει προσοχή τα τελευταία χρόνια. Σύμφωνα με την υπόθεση του ceRNA, με την πρόσδεση των miRNAs, τα lncRNAs μπορούν να μειώσουν τον αριθμό των διαθέσιμων miRNAs που στοχεύουν mRNAs και να αποτρέψουν έμμεσα τη καταστολή του γονιδίου στόχου.
Για να διερευνηθεί σε ποιο βαθμό τα lncRNAs μειώνουν την ποσότητα των miRNAs που είναι διαθέσιμα σε άλλους στόχους και αν μεμονωμένα lncRNAs μπορούν να χαρακτηριστούν ως "σφουγγάρια", χρησιμοποιήθηκε ένα μαθηματικό ποσοτικό μοντέλο για τον ανταγωνισμό των θέσεων πρόσδεσης. Argonaute Photoactivatable Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation (AGO-PAR-CLIP), RNA-Seq και small RNA-Seq (sRNA-Seq) πειράματα χρησιμοποιήθηκαν για τον προσδιορισμό των στόχων και την ποσοτικοποίηση της αφθονίας τόσο των ίδιων όσο και των miRNA για 2 διαφορετικούς ιστούς. Το ποσοστό των θέσεων που δεσμεύονται από τα miRNA για πρωτεϊνικούς στόχους προβλέφθηκε παρουσία και απουσία των lncRNA. Αυξημένα ποσοστά πρόσδεσης των mRNA στόχων, που παρατηρούνται απουσία των lncRNA, οδηγούν σε πιθανά lncRNA «σφουγγάρια».
Η ανάλυση αυτή είχε σαν αποτέλεσμα την ταυτοποίηση 8 lncRNAs με πιθανή λειτουργία σφουγγαριού για 38 miRNAs. Η αφθονία των περισσότερων επιμέρους στόχων ήταν ανεπαρκής για να μεταβάλει τα επίπεδα του miRNA και τα αναφερθέντα σφουγγάρια εκφράζονταν σε μεγάλο βαθμό. Δύο καλά μελετημένα πυρηνικά lncRNAs, το XIST και το MALAT1, αναγνωρίστηκαν μεταξύ των άλλων, υποδεικνύοντας επιπλέον λειτουργίες των lncRNA σε συγκεκριμένα περιβάλλοντα, αλλά και υπογραμμίζοντας την ανάγκη ξεχωριστής ανάλυσης πυρηνικών και κυτταροπλασματικών RNAs.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
microRNA, lncRNA, μοριακά σφουγγάρια, ανταγωνισμός, μαθηματική μοντελοποίηση
Ευρετήριο:
Ναι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
8
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
109
Αριθμός σελίδων:
66
Master_thesis_Karavangeli_Anna.pdf (2 MB) Άνοιγμα σε νέο παράθυρο