Μονάδα:
Κατεύθυνση ΒιοπληροφορικήΠληροφορική
Ημερομηνία κατάθεσης:
2020-03-04
Συγγραφέας:
Καρδαράς Φίλιππος
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Άρτεμις Χατζηγεωργίου, Καθηγήτρια, Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Πρωτότυπος Τίτλος:
Εκτίμηση της μικροβιακής κατάστασης germ-free ποντικιών με τη χρήση RNA-Seq δεδομένων
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Εκτίμηση της μικροβιακής κατάστασης germ-free ποντικιών με τη χρήση RNA-Seq δεδομένων
Περίληψη:
Στην προσπάθεια διερεύνησης του ρόλου της φυσιολογικής μικροχλωρίδας του ανθρώπου στη φυσιολογία του, αλλά και των συσχετίσεών της με παθολογικές καταστάσεις, έχει βρει ευρεία εφαρμογή η χρήση ποντικών-μοντέλων με γνωστή μικροχλωρίδα (gnotobiotic mice) ή/και χωρίς καθόλου μικροχλωρίδα (germ-free mice), σε αυστηρά ελεγχόμενες συνθήκες.
Σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν η εκτίμηση της μικροβιακής κατάστασης germ-free και gnotobiotic ποντικιών χρησιμοποιώντας δεδομένα από πειράματα RNA Sequencing (RNA-Seq). Με τον τρόπο αυτό, εξετάζεται αν τα RNA-Seq δεδομένα γονιδιακής έκφρασης, από ιστούς των ποντικιών, μπορούν να χρησιμοποιηθούν και για την διαπίστωση κάποιας μόλυνσης των germ-free ή gnotobiotic ποντικιών από μη επιθυμητούς μικροοργανισμούς. Τα RNA-Seq δεδομένα που χρησιμοποιήθηκαν προέρχονται από τη βάση δεδομένων NCBI GEO και αναλύθηκαν με τρία προγράμματα μεταγονιδιωματικής ανάλυσης: Κraken 2, CLARK και AGAMEMNON.
Διαπιστώσαμε την ύπαρξη μικροβιακών αλληλουχιών σε αυτού του είδους τα δεδομένα και επιχειρήσαμε τον χαρακτηρισμό των μικροβίων και των γονιδίων τους που εκφράζονται. Προτείνουμε με αυτόν τον τρόπο, μια επιπλέον μεθοδολογία για τον έλεγχο ή την επιβεβαίωση της στειρότητας germ-free και gnotobiotic ποντικών.
Επιπρόσθετα, συλλέξαμε, από 101 επιστημονικές δημοσιεύσεις, 995 συσχετίσεις μικροβίων με ανθρώπινες ασθένειες, οι οποίες θα φανούν χρήσιμες στη δημιουργία αντίστοιχης βάσης δεδομένων.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
μικροβίωμα, μεταγονιδιωματική
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
2
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
79
