Μονάδα:
Κατεύθυνση ΒιοπληροφορικήΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2020-07-15
Συγγραφέας:
Τσιπίδου Ολυμπία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Επίκουρη Καθηγήτρια Βασιλική Οικονομίδου, Τομέας Βιοφυσικής, Τμήμα Βιολογίας ΕΚΠΑ
Πρωτότυπος Τίτλος:
Μεταγονιδιωματική ανάλυση του οικοσυστήματος Ελληνικού παραδοσιακού τυριού
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Μεταγονιδιωματική ανάλυση του οικοσυστήματος Ελληνικού παραδοσιακού τυριού
Περίληψη:
Η παρούσα διπλωματική εργασία πραγματοποιήθηκε στα πλαίσια του μεταπτυχιακού προγράμματος «Βιοπληροφορικής», με τίτλο «Μεταγονιδιωματική ανάλυση του οικοσυστήματος Ελληνικού παραδοσιακού τυριού». Η διαδικασία παρασκευής τροφίμων και συγκεκριμένα προϊόντων που έχουν υποστεί ζύμωση, περιλαμβάνει μια πολύπλοκη μικροχλωρίδα η οποία αποτελείται από βακτήρια, ζύμες και μύκητες. Η εκτενής ανάλυση της μικροβιακής σύστασης των περισσότερων τυροκομικών προϊόντων δεν έχει διερευνηθεί ως τώρα με τις τεχνικές που προϋπήρχαν. Μέσω της τεχνολογίας NGS μπορούν να παραχθούν χιλιάδες έως και εκατομμύρια αντίγραφα των ακολουθιών του εκάστοτε δείγματος την ίδια στιγμή, με υψηλή απόδοση. Το είδος αυτής της ανάλυσης ανήκει στον τομέα της μεταγονιδιωματικής καθώς αναλύει περιβαλλοντικά δείγματα που αποτελούνται από πλήθος μικροοργανισμών. Οι αλληλουχίες που εμπεριέχονται στα περιβαλλοντικά δείγματα μας επιτρέπουν την ακριβή αναγνώριση του μικροβιώματος και την ταξινόμησή του, ακόμα και σε περιπτώσεις πληθυσμών με μικρές συγκεντρώσεις.
Στη συγκεκριμένη μελέτη έγινε ταυτοποίηση της μικροχλωρίδας του Ελληνικού ΠΟΠ τυριού Σφέλα και του Κυπριακού τυριού Χαλίτζι. Πραγματοποιήθηκε η απομόνωση του DNA των δειγμάτων και η ανάλυση των δεδομένων αλληλούχισης NGS, αποδίδουν την μικροβιακή ποικιλότητα και τη δομή των πληθυσμών που εμπεριέχονται. Χρησιμοποιήθηκαν τρεις διαφορετικές μεταγονιδιωματικές προσεγγίσεις. Αρχικά εφαρμόστηκαν δύο τεχνικές Amplicon based των περιοχών 16s rDNA και ITS (Internal Transcribed Spacer) που επιτρέπουν την ταυτοποίηση βακτηρίων και ζυμών μέχρι την ταξινομική βαθμίδα του γένους. Επιπλέον, εφαρμόστηκε η τεχνική Shotgun (τυχαίας προσπέλασης) η οποία επιτρέπει την μερική συναρμολόγηση μεγάλων αλληλουχιών. Η τυφλή γονιδιωματική μπορεί να οδηγήσει σε ταυτοποίηση των μικροοργανισμών σε επίπεδο είδους. Χρησιμοποιήθηκαν για την ανάλυση των αρχικών δεδομένων οι πλατφόρμες βιοπληροφορικής CLC Microbial Genomic Module, KBase και MG-RAST Platform.
Ο σκοπός της έρευνας είναι ο καλύτερος χαρακτηρισμός της μικροχλωρίδας των δειγμάτων και η ακριβής ταξινόμηση των ειδών που περιέχονται. Τα αποτελέσματα της ανάλυσης έχουν ζωτική σημασία για την παρακολούθηση και τον χειρισμό των τυροκομικών προϊόντων όπως επίσης και για τη δημιουργία των προϋποθέσεων μελλοντικής έρευνας.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
Μεταγονιδιωματικη, Τυροκομία, Αλληλούχιση Επόμενης Γενιάς, Βιοπληροφορική, Ταξινομική Ανάλυση, Λειτουργική Ανάλυση, Τεχνική Τυχαίας Προσπέλασης, Τεχνική Στοχευμένης Μεταγονιδιωματικής
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
7
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
131
