Μονάδα:
Κατεύθυνση Οργανική Σύνθεση και Εφαρμογές της στη Χημική ΒιομηχανίαΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2020-10-20
Συγγραφέας:
Συριοπούλου Αγγελική
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Θωμάς Μαυρομούστακος, Καθηγητής, Τμήμα Χημείας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Υπολογιστική μελέτη των αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης/προσδέτη και DNA/συμπλόκων παρεμβολέων-DNA με στόχο το σχεδιασμό νέων φαρμάκων.
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Υπολογιστική μελέτη των αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης/προσδέτη και DNA/συμπλόκων παρεμβολέων-DNA με στόχο το σχεδιασμό νέων φαρμάκων.
Περίληψη:
Ο υπολογιστικός ορθολογικός σχεδιασμός αποτελεί έναν βασικό πυλώνα στον σχεδιασμό νέων φαρμάκων. Συνήθως, τα φάρμακα δρουν σε συγκεκριμένες ενώσεις-στόχους, όπως για παράδειγμα πρωτεΐνες, DNA ή λιπιδικές διπλοστιβάδες. Ως απόρροια αυτού, η μοριακή πρόσδεση αποτελεί ένα σημαντικό τμήμα του ορθολογικού σχεδιασμού φαρμάκων. Στη διάρκεια του πειράματος της μοριακής πρόσδεσης γίνεται χρήση συγκεκριμένων αλγορίθμων και συναρτήσεων αξιολόγησης προκειμένου να μελετηθεί η ισχύς της αλληλεπίδρασης του προσδέτη με τον υποδοχέα. Όπως αναφέρθηκε και πιο πάνω, το AutoDock είναι ένα πρόγραμμα το οποίο χρησιμοποιεί ένα σύνολο αλγορίθμων για την επίλυση συγκεκριμένων προβλημάτων. Τέτοιοι αλγόριθμοι είναι οι Monte Carlo Simulated Annealing (SA), Genetic Algorithm (GA) και ο υβριδικός αλγόριθμος local search GA, γνωστός και ως Lamarckian Genetic Algorithm (LGA). Διεξήχθησαν πειράματα μοριακής πρόσδεσης παραγώγων του καφεϊκού, σαλβιανικού και ροσμαρινικού οξέος σε πρωτεϊνικό υποδοχέα (Bcl-xL), με τη χρήση του AutoDock, με σκοπό την πληρέστερη κατανόηση του μηχανισμού δράσης των φυσικών προϊόντων. Επιπλέον, έγινε σύγκριση των ιδιοτήτων πρόσδεσης των δύο πρώτων σε σχέση με τις ιδιότητες του ροσμαρινικού οξέος, το οποίο αποτελεί σύζευξη τους. Στόχος ήταν να κατανοηθεί εάν η δημιουργία από τη φύση υβριδικών συνθέτων μορφών οδηγεί σε μόρια με ευνοϊκότερη πρόσδεση. Αυτό πραγματικά αποδείχθηκε για τον πρωτεϊνικό υποδοχέα Bcl-xL. Επίσης, έλαβαν χώρα insilico υπολογισμοί προκειμένου να ελεγχθεί η πρόσδεση (παρεμβολή) συμπλόκων μετάλλου, ως μέταλλο-θεραπευτικές ενώσεις, σε μόριο DNA και πιο συγκεκριμένα σε DNA θύμου αδένα μοσχαριού.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
Μοριακή μοντελοποίηση, Σχεδιασμός Φαρμάκων, Αντικαρκινικά, Μοριακή Πρόσδεση, Μοριακή Δυναμική, AutoDock, Αλγόριθμος, Πρωτεΐνη, DNA, Σύμπλοκα μετάλλων
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
7
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
67
