Μονάδα:
Κατεύθυνση Κλινική Βιοχημεία - Μοριακή ΔιαγνωστικήΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2021-01-19
Συγγραφέας:
Ψυλλάκη Βασιλεία-Μαρία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ανδρέας Σκορίλας, Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Μελέτη και κλινική αξιολόγηση μη κωδικών μορίων RNA (ncRNAs), με χρήση δεδομένων αλληλούχησης επόμενης γενιάς, ως νέοι μοριακοί βιοδείκτες καρκίνου
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Μελέτη και κλινική αξιολόγηση μη κωδικών μορίων RNA (ncRNAs), με χρήση δεδομένων αλληλούχησης επόμενης γενιάς, ως νέοι μοριακοί βιοδείκτες καρκίνου
Περίληψη:
Η αλληλούχηση επόμενης γενιάς είναι μία πρόσφατη μέθοδος ανάλυσης του γονιδιώματος που συμβάλλει στην ανακάλυψη άγνωστων μέχρι τώρα περιοχών του. Η μέθοδος είναι χρήσιμη στην πρόγνωση, διάγνωση και στην θεραπεία ανθρώπινων ασθενειών όπως ο καρκίνος. Είναι ανάγκη η εύρεση μοριακών βιοδεικτών πρόγνωσης για τον καρκίνο του παχέος εντέρου, καθώς αποτελεί την τέταρτη πιο συχνή αιτία θανάτου από καρκίνο. Αιτίες εμφάνισης του είναι οι διατροφικές συνήθειες, το κάπνισμα και η μειωμένη σωματική άσκηση. Τα μικρά, μη κωδικά θραύσματα μεταφορικού RNA, tRFs είναι μέρος της άγνωστης μέχρι πρόσφατα πληροφορίας που βρέθηκε και συνεχίζεται να ερευνάται με την βοήθεια του NGS. Τα tRFs ρυθμίζουν γονίδια σχετικά με την εμφάνιση σοβαρών ασθενειών, όπως και ο καρκίνος. Μετά από την βιοπληροφορική ανάλυση που έγινε σε πειράματα NGS που είναι καταχωρημένα στην βάση δεδομένων SRA, επιλέχθηκε προς περαιτέρω μελέτη το μικρό μη κωδικό μόριο 3’tRF-GluTTC, καθώς η έκφρασή του στους καρκινικούς ιστούς παρουσιάστηκε ικανοποιητική αλλά και καθολική σε όλα τα πειράματα. Στην παρούσα μελέτη περιλαμβάνονται 113 καρκινικά και 50 παρακείμενα μη-καρκινικά δείγματα ιστοτεμάχια παχέος εντέρου. Τα δείγματα ομογενοποιήθηκαν, απομονώθηκε το ολικό RNA, μετρήθηκε η συγκέντρωσή του μέσω φασματοφωτομετρίας και ακολούθησε η πολυαδενυλίωση και αντίστροφη μεταγραφή του σε cDNA. Τέλος, πραγματοποιήθηκε η ποσοτική ανάλυση μέσω qPCR και αναλύθηκαν τα αποτελέσματα με βιοστατιστική ανάλυση. Στην qPCR χρησιμοποιήθηκε η μη ειδική χρωστική SYBR Green I, ως γονίδιο αναφοράς το SNORD48 και ως βαθμονομητής μεταξύ των πειραμάτων qPCR ήταν η καρκινική σειρά παχέος εντέρου SW-620. Η επιβεβαίωση της ύπαρξης μοναδικού προϊόντος έγινε με την ηλεκτροφόρηση σε πήκτωμα αγαρόζης. Η έκφραση του υπό μελέτη 3’tRF-GluTTC είναι μικρότερη στα καρκινικά δείγματα σε σχέση με τον μη-καρκινικό παρακείμενο ιστό. Τα αυξημένα επίπεδα έκφρασης 3’tRF-GluTTC σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο εμφάνισης καταληκτικού γεγονότος και μικρότερη ολική επιβίωση. Παρόμοιο μοτίβο παρουσιάζεται και για τους ασθενείς σταδίου Ι/ΙΙ καθώς και για εκείνους με ενδιάμεσης διαφοροποίησης αδενοκαρκινώματα. Συμπερασματικά, το μόριο 3’tRF-GluTTC μπορεί να αποτελέσει ένα πολλά υποσχόμενο δυσμενή προγνωστικό βιοδείκτη στο αδενοκαρκίνωμα του παχέος εντέρου και του ορθού.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
μη κωδικά μόρια RNA, βιοδείκτης, Αλληλούχηση Επόμενης Γενιάς, καρκίνος παχέος εντέρου
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
297
