Οπτικοποίηση και συγκριτική ανάλυση κοινοτήτων σε βιοϊατρικά δίκτυα

Διπλωματική Εργασία uoadl:2957999 200 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2021-07-21
Έτος εκπόνησης:
2021
Συγγραφέας:
Γκόντα Μαρία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Παντελής Μπάγκος, Καθηγητής, Τμήμα Πληροφορικής µε Εφαρμογές στην Βιοϊατρική, Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας
Γεώργιος Παυλόπουλος, Ερευνητής B’, ΕΚΕΒΕ ‘Αλέξανδρος Φλέμινγκ’’
Βασιλική Οικονομίδου, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Τομέας Βιολογίας Κυττάρου και Βιοφυσικής, Τμήμα Βιολογίας, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Οπτικοποίηση και συγκριτική ανάλυση κοινοτήτων σε βιοϊατρικά δίκτυα
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Οπτικοποίηση και συγκριτική ανάλυση κοινοτήτων σε βιοϊατρικά δίκτυα
Περίληψη:
Ομαδοποίηση είναι η διαδικασία ομαδοποίησης διαφορετικών δεδομένων με βάση τις παρόμοιες ιδιότητες που εμφανίζουν. Η ομαδοποίηση έχει εφαρμογές σε διαφορετικές μελέτες που αφορούν διάφορους τομείς όπως στη θεωρία γραφημάτων, στην ανάλυση εικόνας, στην αναγνώριση προτύπων, στη στατιστική και άλλα. Σήμερα, υπάρχουν πολλοί αλγόριθμοι και εργαλεία ικανά να δημιουργήσουν αποτελέσματα ομαδοποίησης. Ωστόσο, διαφορετικοί αλγόριθμοι ή διαφορετική παραμετροποίηση αυτών μπορεί να οδηγήσει στον σχηματισμό πολύ διαφορετικών ομάδων. Με αυτόν τον τρόπο, ο χρήστης συχνά αναγκάζεται να φιλτράρει και να συγκρίνει χειροκίνητα αυτά τα αποτελέσματα, προκειμένου να αποφασίσει ποια από αυτές παράγει το ιδανικό σύμπλεγμα. Για την αυτοματοποίηση αυτής της διαδικασίας, σε αυτήν την εργασία, παρουσιάζουμε το VICTOR, την πρώτη πλήρως διαδραστική εφαρμογή οπτικής ανάλυσης που επιτρέπει τη σύγκριση και οπτικοποίηση διαφόρων αλγορίθμων ομαδοποίησης. Το VICTOR μπορεί να χειριστεί πολλαπλά αποτελέσματα συμπλέγματος ταυτόχρονα και να τα συγκρίνει χρησιμοποιώντας δέκα διαφορετικές μετρικές. Τα αποτελέσματα ομαδοποίησης μπορούν να φιλτραριστούν και να συγκριθούν μεταξύ τους με τη χρήση διαδραστικών heatmaps, bar plots, δικτύων συσχέτισης, sankey και circos plots. H λειτουργικότητα του VICTOR αναδεικνύεται χρησιμοποιώντας τρία παραδείγματα. Στην πρώτη περίπτωση, συγκρίνουμε πέντε διαφορετικούς αλγόριθμους σε ένα σύνολο δεδομένων αλληλεπίδρασης πρωτεΐνης-πρωτεΐνης, ενώ στο δεύτερο παράδειγμα, δοκιμάζουμε τέσσερις διαφορετικές παραμέτρους του ίδιου αλγορίθμου συμπλέγματος που εφαρμόζονται στο ίδιο σύνολο δεδομένων. Τέλος, ως τρίτο παράδειγμα, συγκρίνουμε τέσσερις διαφορετικές μετα-αναλύσεις με ιεραρχικά ομαδοποιημένα διαφορικά εκφρασμένα γονίδια που βρέθηκαν να εμπλέκονται στο έμφραγμα του μυοκαρδίου. Το VICTOR είναι διαθέσιμο στο http://bib.fleming.gr:3838/VICTOR.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λοιπές θεματικές κατηγορίες:
Επιστήμες Υγείας
Λέξεις-κλειδιά:
Σύγκριση Ομαδοποιήσεων, Καταμέτρηση ζευγών, Οπτικοποίηση, Αμοιβαία πληροφορία, Αλληλοεπικάλυψη των σετ
Ευρετήριο:
Ναι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
4
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
131
Αριθμός σελίδων:
75
MSc_Thesis_Visualization and comparison of communities in biomedical networks.pdf (5 MB) Άνοιγμα σε νέο παράθυρο