Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική ΒιολογίαΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2021-10-21
Συγγραφέας:
Χοτόβα Ιωάννα
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Δρ. Γεώργιος Παυλόπουλος - Κύριος Ερευνητής B’ – Ε.ΚΕ.Β.Ε “Αλέξανδρος Φλέμινγκ”
Δρ. Παντελής Μπάγκος - Επιβλέπων ΠΜΣ - Καθηγητής Τμήματος Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική, Πανεπιστημίου Θεσσαλίας
Δρ. Βασιλική Οικονομίδου - Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Βιοφυσικής – Μοριακής Βιοφυσικής,
Τμήματος Βιολογίας, Ε.Κ.Π.Α
Πρωτότυπος Τίτλος:
Συγκριτική ανάλυση αλγορίθμων ομαδοποίησης σε βιοϊατρικά δίκτυα
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Συγκριτική ανάλυση αλγορίθμων ομαδοποίησης σε βιοϊατρικά δίκτυα
Περίληψη:
Ως ομαδοποίηση/συσταδοποίηση (clustering) βιολογικών δικτύων χαρακτηρίζουμε τη διαδικασία σύμφωνα με την οποία οι κόμβοι ενός δικτύου μπορούν να καταταχθούν σε μια κοινή ομάδα σύμφωνα με κοινά τους χαρακτηριστικά. Για το σκοπό αυτό υπάρχει μια πληθώρα αλγορίθμων ομαδοποίησης οι οποίοι μπορούν να αυτοματοποιούν αυτή τη διαδικασία ακολουθώντας διαφορετικές στρατηγικές και μεθοδολογίες. Αξίζει να σημειωθεί ότι οι περισσότεροι από τους αλγόριθμους αυτούς λαμβάνουν υπόψη την τοπολογία του δικτύου. Ως εκ τούτου, διαφορετικοί αλγόριθμοι ομαδοποίησης, μπορεί συχνά να οδηγήσουν σε διαφορετικά αποτελέσματα ακόμα και για το ίδιο σύνολο δεδομένων.
Στα πλαίσια της διπλωματικής αυτής, αρχικά συγκεντρώθηκαν πολλαπλά βιολογικά δίκτυα διαφορετικού τύπου από διάφορες βάσεις δεδομένων και μελετήθηκαν ως προς την τοπολογία τους. Οι κατηγορίες δικτύων που αναλύθηκαν είναι τα δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών, τα δίκτυα συν-έκφρασης γονιδίων καθώς και τα δίκτυα ομοιότητας αλληλουχιών. Στη συνέχεια, εφαρμόστηκαν διαφορετικοί αλγόριθμοι ομαδοποίησης δεδομένων, τα αποτελέσματα των οποίων συγκρίθηκαν τόσο μεταξύ τους όσο και με ομάδες δεδομένων που προήλθαν ύστερα από εφαρμογή ροών που αφορούν το λειτουργικό εμπλουτισμό των κόμβων του εκάστοτε δικτύου. Επίσης, παρουσιάζεται το μέτρο conductance (αγωγιμότητα), με τη χρήση του οποίου φαίνεται μέσω ιστογραμμάτων, η ποιότητα της κάθε ομάδας (cluster) ενός δικτύου στο υπόλοιπο αρχικό δίκτυο. Τέλος, μέσω της δημιουργίας του εργαλείου VICTOR μπορούν να εφαρμοστούν οι διάφορες μετρικές ώστε να μελετηθούν τα αποτελέσματα των αλγορίθμων ομαδοποίησης μέσω της οπτικής ανάλυσης.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
Δίκτυα, Αλγόριθμοι Ομαδοποίησης Δικτύων, Λειτουργική Ανάλυση, Conductance
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
3
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
93
