Understanding the viral phylogenetic distribution and biodiversity at a protein family level.

Διπλωματική Εργασία uoadl:2964113 157 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Επιστήμη Βιοϊατρικών Δεδομένων
Πληροφορική
Ημερομηνία κατάθεσης:
2021-10-29
Έτος εκπόνησης:
2021
Συγγραφέας:
Βουτσαδάκη Κλεάνθη
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Γεώργιος Α. Παυλόπουλος, Ερευνητής Β’ ,BSRC Alexander Fleming
Ιωάννης Ζ. Εμίρης, Καθηγητής, ΕΚΠΑ
Martin Rezcko, Staff Scientist, Level A’, ΕΚΠΑ/BSRC Alexander Fleming
Πρωτότυπος Τίτλος:
Understanding the viral phylogenetic distribution and biodiversity at a protein family level.
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Κατανόηση της κατανομής της ιικής φυλογένεσης και ποικιλομορφίας σε επίπεδο πρωτεϊνικών οικογενειών.
Περίληψη:
Οι ιοί είναι βασικό κομμάτι ενός οικοσυστήματος, αφού αλληλεπιδρούν με πολλούς
ζωντανούς οργανισμούς, όπως είναι τα βακτήρια και τα ευκαρυωτικά είδη. Επομένως, η
κατανόηση της ποικιλομορφίας των ιών μπορεί να συμβάλει στον προσδιορισμό του
ρόλου τους σε ένα βιολογικό σύστημα, όπως είναι οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ
ιού-ξενιστή. Ο σκοπός αυτής της έρευνας είναι να μελετήσει και να συγκρίνει τη
φυλογένεση, τις λειτουργικές ιδιότητες και την κατανομή σε ενδιαιτήματα των
οικογενειών που περιέχουν ιικές πρωτεΐνες, πριν και μετά από τον εμπλουτισμό τους με
αλληλουχίες μεταγονιδιωμάτων. Η μεθοδολογία που ακολουθήσαμε ήταν αρχικά να
κατεβάσουμε όλες τις αλληλουχίες ιικών πρωτεϊνών από τη βάση δεδομένων NCBI και
να τις ταξινομήσουμε σε οικογένειες με τη χρήση τεχνικών ομοιότητας αλληλουχιών,
όπως το εργαλείο LAST και ομαδοποίηση με MCL. Μετά την ομαδοποίηση, οι
οικογένειες πρωτεϊνών εμπλουτίστηκαν με αλληλουχίες από μεταγωνιδιώματα και
μετα-μεταγραφώματα χρησιμοποιώντας τεχνικές ομοιότητας αλληλουχιών. Οι
πληροφορίες από τα μεταγονιδιώματα επέτρεψαν να ερευνήσουμε την κατανομή των
ενδιαιτημάτων των εμπλουτισμένων οικογενειών, καθώς και την πιθανή προέλευση και
την τρέχουσα τοποθεσία τους. Επίσης, οι οικογένειες συνδέθηκαν με λειτουργίες και
βιολογικές διεργασίες με πληροφορίες που βρέθηκαν στις βάσεις δεδομένων Pfam και
Gene Ontology, έτσι ώστε να γίνει σύγκριση λειτουργιών πριν και μετά τον εμπλουτισμό.
Ακόμη, έγινε σύγκριση της ταξινομίας σε όλα τα επίπεδα, χρησιμοποιώντας δίκτυα.
Μετά την ταξινομική ανάλυση βρέθηκε ότι ο εμπλουτισμός με μεταγωνιδιώματα δεν
επηρέασε σημαντικά την αρχική ταξινομία. Παρ 'όλα αυτά, αρχικές ταξινομικές βαθμίδες
χάθηκαν και νέες ταξινομικές βαθμίδες εμφανίστηκαν μετά τον εμπλουτισμό. Επιπλέον,
οι περισσότερες πρωτεϊνικές μονάδες που συσχετίστηκαν με τις οικογένειες δεν είχαν
καταχώρηση στη βάση Gene Ontology. Όσον αφορά την κατανομή ενδιαιτημάτων,
κάποιες οικογένειες βρέθηκαν να ανήκουν μόνο σε ένα ενδιαίτημα, ενώ κάποιες άλλες
βρέθηκαν να ανήκουν σε πολλά διαφορετικά ενδιαιτήματα.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
μεταγωνιδιώματα, φυλογενετική, δίκτυα, στοίχιση αλληλουχιών, ενδιαιτήματα, λειτουργίες πρωτεϊνών
Ευρετήριο:
Ναι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
5
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
143
Αριθμός σελίδων:
94
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.

Thesis_Manuscript_Voutsadaki_Pergamos_.pdf
12 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο. H πρόσβαση επιτρέπεται μόνο εντός του δικτύου του ΕΚΠΑ.