Μονάδα:
Κατεύθυνση Κλινική Βιοχημεία - Μοριακή ΔιαγνωστικήΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2021-11-24
Συγγραφέας:
Αθανασοπούλου Κωνσταντίνα
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Σκορίλας Ανδρέας, Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, Ε.Κ.Π.Α.
Σίδερης Διαμάντης, Αναπλ. Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, Ε.Κ.Π.Α.
Κοντός Χρήστος, Επίκ. Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, Ε.Κ.Π.Α.
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ταυτοποίηση και μελέτη της έκφρασης νέων εναλλακτικών μεταγράφων του ανθρώπινου γονιδίου της κυκλινοεξαρτώμενης κινάσης 4 (CDK4) σε καρκινικά κύτταρα με χρήση μεθοδολογιών μαζικής παράλληλης αλληλούχησης
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Ταυτοποίηση και μελέτη της έκφρασης νέων εναλλακτικών μεταγράφων του ανθρώπινου γονιδίου της κυκλινοεξαρτώμενης κινάσης 4 (CDK4) σε καρκινικά κύτταρα με χρήση μεθοδολογιών μαζικής παράλληλης αλληλούχησης
Περίληψη:
Το γονίδιο CDK4 είναι μέλος της οικογένειας των κυκλινοεξαρτώμενων κινασών, η
οποία έχει εξαιρετικά σημαντικό ρόλο στα μονοπάτια σηματοδότησης του κυττάρου, τη
ρύθμιση της μεταγραφής και την κυτταρική διαίρεση. Η ελαττωματική δράση του
συμπλόκου που δημιουργεί η κινάση με την κυκλίνη D1, ενδέχεται να οδηγεί σε ενίσχυση
του κυτταρικού πολλαπλασιασμού και επομένως να εμπλέκεται στην καρκινογένεση.
Παρά το γεγονός ότι ο βιολογικός ρόλος του γονιδίου CDK4 έχει μελετηθεί σε μεγάλο
βαθμό, ο μηχανισμός που αφορά την ωρίμανση των πρόδρομων mRNA μορίων, τόσο
σε φυσιολογικές όσο και παθολογικές καταστάσεις, δεν έχει διερευνηθεί. Επομένως, η
ταυτοποίηση πιθανών νέων εναλλακτικών μεταγράφων του γονιδίου CDK4, ειδικά
εκείνων που κωδικοποιούν για πρωτεινες, θα μπορούσε να οδηγήσει στο χαρακτηρισμό
νέων διαγνωστικών ή/και προγνωστικών βιοδεικτών ή νέων θεραπευτικών στόχων.
Στην παρούσα διπλωματική εργασία, σχεδιάστηκε και εφαρμόστηκε μια στοχευμένη
μέθοδος αλληλούχησης με τη χρήση της τεχνολογίας του νανοπόρου, με την οποία
επιτεύχθηκε εξαιρετικά υψηλό βάθος ανάγνωσης και εκτεταμένη διερεύνηση νέων
πιθανών CDK4 mRNA μορίων. Εξαιτίας του αυξημένου ποσοστού λαθών που
συμβαίνουν κατά την αλληλούχηση μέσω νανοπόρων, η πειραματική επιβεβαίωση των
αποτελεσμάτων πραγματοποιήθηκε με αντίδραση αλληλούχησης νέας γενιάς και πιο
συγκεκριμένα με χρήση της τεχνολογίας αλληλούχησης μέσω ημιαγωγού.
Η παρούσα διπλωματική εργασία αποσαφηνίζει για πρώτη φορά το περίπλοκο
μεταγραφικό προφίλ του ανθρώπινου γονιδίου CDK4, αποκαλύπτωντας την παρουσία
άγνωστων εναλλακτικών μεταγράφων που προέρχονται από νέα γεγονότα
εναλλακτικής συρραφής. Παράλληλα, η μελέτη της μεταφραστικής ικανότητας των νέων
μεταγράφων οδήγησε στο συμπέρασμα πως η πλειοψηφία των νέων μορίων mRNAs
διαθέτουν ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης και συνεπώς προβλέπεται να κωδικοποιούν νέες
πρωτεϊνικές ισομορφές. Επιπλέον, πραγματοποιήθηκε μελέτη του προφίλ έκφρασης
των νέων CDK4 μεταγράφων σε ανθρώπινες καρκινικές κυτταρικές σειρές με τη χρήση
ποσοτικής PCR σε πραγματικό χρόνο. Το ευρύ φάσμα των εναλλακτικών μεταγράφων
του γονιδίου CDK4 (CDK4 v.2 – v.42) αποτελεί το πρώτο βήμα για την συναρμολόγηση
των κομματίων που θα αποκαλύψουν την εμπλοκή της κινάσης στην κυτταρική
ομοιόσταση και την παθοφυσιολογία.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
εναλλακτική συρραφή, κυκλινο-εξαρτώμενες κινάσες, αλληλούχηση μέσω νανοπόρων, αλληλούχηση επόμενης γενιάς
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
2
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
139
