Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική ΒιολογίαΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2023-01-25
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Εμμανουήλ Μικρός, Καθηγητής, Φαρμακευτική, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Πρωτότυπος Τίτλος:
ΜΟΡΙΑΚΕΣ ΠΡΟΣΟΜΟΙΩΣΕΙΣ, ΜΕΛΕΤΗ ΔΙΑΜΕΜΒΡΑΝΙΚΩΝ ΥΠΟΔΟΧΕΩΝ
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Μοριακές προσομοιώσεις, μελέτη διαμεμβρανικών υποδοχέων
Περίληψη:
Τα μέλη της ευρέως διαδεδομένης οικογένειας μεταφορέων νουκλεοτιδικών βάσεων – ασκορβικού (NAT) είναι συμμεταφορείς H+ ή Na+ ειδικοί για την κυτταρική πρόσληψη είτε πουρινών και πυριμιδινών, είτε L-ασκορβικού οξέος. Ο μεταφορέας ουρικού οξέος - ξανθίνης UapA είναι ένα αρχέτυπο, που έχει μελετηθεί εκτενώς σε γενετικό και λειτουργικό επίπεδο, μυκιατικός μεταφορέας NAT, ο οποίος παρουσιάζει υψηλή συγγένεια για την ξανθίνη και το ουρικό οξύ. Επιπλέον, η κρυσταλλική δομή του UapA σε σύμπλοκο με ξανθίνη έχει λυθεί πρόσφατα, επιτρέποντας μελέτες σχετικά με τον μοριακό μηχανισμό που καθορίζει την επιλεκτικότητα του υποστρώματος in silico βάσει της δομής στην πρόβλεψη συγγένειας δέσμευσης. Εδώ, επιλέχθηκαν έξι ανάλογα ξανθίνης για τη δημιουργία ακριβών προγνωστικών μοντέλων των αλληλεπιδράσεων υποστρώματος με τον UapA. Δημιουργήθηκαν μοντέλα συσχέτισης για πειραματικά προσδιορισμένα Km και θεωρητικοί υπολογισμοί ελεύθερης ενέργειας ΔGo αναλόγων ξανθίνης. In silico θεωρητικοί υπολογισμοί και μοριακές προσομοιώσεις έγιναν για την πρόβλεψη συγγένειας δέσμευσης χρησιμοποιώντας υπολογισμούς σύνδεσης και μοριακής δυναμικής (FEP, MMPBSA). Καθώς η ξανθίνη μπορεί να αποκτήσει δύο ταυτομερείς μορφές, με βάση την πρωτονίωση των Ν7 ή Ν9, και τα δύο ταυτομερή χρησιμοποιήθηκαν για όλα τα ανάλογα. O UapA αντιμετωπίστηκε ως μονομερές ή διμερές. Εξετάστηκε η παρουσία ή η απουσία διπλής στιβάδας λιπιδίων στους υπολογισμούς, προκειμένου να παραχθεί το πιο ακριβές μοντέλο πρόβλεψης και να διερευνηθεί πώς η λιπιδική διπλή στιβάδα μπορεί να επηρεάσει τη συγγένεια σύνδεσης. Τέλος, τα αποτελέσματα έδειξαν ότι πιο αξιόπιστα αποτελέσματα μπορούμε να εξαγάγουμε από τη μελέτη ενός μοντέλου στη μονομερή του μορφή με τη μέθοδο του MM-PBSA, μέθοδος πιο γρήγορη υπολογιστικά από τις υπόλοιπες που μελετήθηκαν.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
προσομοιώσεις, δυναμική, βιοπληροφορική, ξανθίνη
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
4
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
98
