Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Δημήτριος Παρασκευής, Καθηγητής, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Ευαγγελία Γεωργία Κωστάκη, Βιοστατιστικός PhD, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Μαγδαληνή Μπλέτσα, Ιολόγος-Μοριακή Επιδημιολόγος PhD, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Περίληψη:
Σκοπός: Ο SARS-CoV-2 είναι ένας RNA ιός επιρρεπής σε μεταλλάξεις, οι οποίες μπορεί να οδηγήσουν στην εμφάνιση παραλλαγών. Μέχρι τον Ιανουάριο του 2024, έχουν αναφερθεί πέντε παραλλαγές ειδικού ενδιαφέροντος (VOCs): Άλφα, Βήτα, Γάμμα, Δέλτα και Όμικρον. Η παραλλαγή Όμικρον ανιχνεύτηκε για πρώτη φορά τον Νοέμβριο του 2021 και έκτοτε έχει καταστεί η κυρίαρχη παραλλαγή παγκοσμίως. Η Όμικρον έχει ήδη πολλές υποπαραλλαγές, ενώ νέες συνεχίζουν να εμφανίζονται και να διαδίδονται. Αυτή η μεταπτυχιακή εργασία διερευνά τη διάδοση και τα χαρακτηριστικά τεσσάρων σημαντικών υποπαραλλαγών της παραλλαγής Όμικρον του SARS-CoV-2: BA.2.75*, XBB.1.5*, EG.5* και BA.2.86*, που επιλέχθηκαν λόγω της σημαντικής επίδρασής τους στα ποσοστά μετάδοσης, στη δυνατότητα διαφυγής έναντι των εμβολίων και στην κλινική βαρύτητα, με στόχο την ολοκληρωμένη κατανόηση του επιδημιολογικού τους αντίκτυπου.
Μέθοδοι: Αναλύσαμε τον επιπολασμό, τη δυναμική μετάδοσης και τα πρότυπα διασποράς των επιλεγμένων υποπαραλλαγών χρησιμοποιώντας δεδομένα ανοιχτής πρόσβασης για τον SARS-CoV-2 από τη βάση δεδομένων GISAID. Μέσω της πλατφόρμας CoV-Spectrum και του εργαλείου outbreak.info αντλήθηκαν πληροφορίες σχετικά με το ποσοστό των κρουσμάτων, την εξάπλωση και τα χαρακτηριστικά των υποπαραλλαγών.
Αποτελέσματα: Η ανάλυση υποδεικνύει διαφορετικά πρότυπα διασποράς των υποπαραλλαγών, με μια αντίστροφη σχέση να παρατηρείται μεταξύ των BA.2.75* και XBB.1.5*, καθώς και μεταξύ των XBB.1.5* και EG.5*, υποδηλώνοντας δυναμικές ανταγωνιστικής μετατόπισης. Τα αντιφατικά ποσοστά επικράτησης των EG.5* και BA.2.86* ανά ήπειρο, ειδικά στην Αφρική, και η διατήρηση της κυριαρχίας της XBB.1.5* στη Νότια Αμερική, υποδηλώνουν περιφερειακές διακυμάνσεις στην κυριαρχία των υποπαραλλαγών. Η παρατεταμένη κυκλοφορία της BA.2.75* πιθανώς αποδίδεται σε επιλεκτικά πλεονεκτήματα των υποπαραλλαγών της. Επιπλέον, η ταχεία άνοδος της XBB.1.5* μετά την έναρξη της κυκλοφορίας της κατά την περίοδο των Χριστουγέννων και της Πρωτοχρονιάς, ακολουθούμενη από μια πτώση μετά την έναρξη των εμβολιαστικών προγραμμάτων, σηματοδοτεί την αποτελεσματικότητα των εμβολιαστικών μέτρων. Εν τω μεταξύ, η EG.5* παρουσίασε αξιοσημείωτη άνοδο στο βόρειο ημισφαίριο κατά το καλοκαίρι του 2023, πιθανώς λόγω αυξημένης κινητικότητας, ενώ η BA.2.86* παρουσίασε εκθετική αύξηση προς το τέλος του 2023, εγείροντας ανησυχίες λόγω των μεταλλάξεων και των ικανοτήτων ανοσοδιαφυγής της. Στην Ευρώπη, η δυναμική μετάδοσης των υποπαραλλαγών προσομοιάζει την παγκόσμια τάση, με αξιοσημείωτες διακυμάνσεις επηρεασμένες από τις ταξιδιωτικές ροές, ειδικά σε περιοχές με υψηλό τουρισμό όπως η Πορτογαλία ή η Ελλάδα κατά τους καλοκαιρινούς μήνες.
Συμπεράσματα: Τα ευρήματα αναδεικνύουν τις χρονικές και γεωγραφικές τάσεις στην εμφάνιση και διάδοση των επιλεγμένων υποπαραλλαγών, τονίζοντας τη σημασία της συνεχούς γονιδιωματικής επιτήρησης και των προσαρμοστικών στρατηγικών δημόσιας υγείας για τη διαχείριση της εξέλιξης των παραλλαγών του SARS-CoV-2. Η μελέτη υπογραμμίζει επίσης τις προκλήσεις σε αυτόν τον τομέα, συμπεριλαμβανομένων των σφαλμάτων δειγματοληψίας, των καθυστερήσεων στην αλληλούχιση και των ανισοτήτων στις υποδομές, ιδιαίτερα στην Αφρική.
Λέξεις-κλειδιά:
SARS-CoV-2, Όμικρον, VOC, Υποπαραλλαγές, Επιδημιολογία
