Μονάδα:
Τμήμα ΧημείαςΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2024-12-12
Συγγραφέας:
Σμίλκου Σταυρούλα
Στοιχεία επταμελούς επιτροπής:
Evi Lianidou, Professor, Analytical Chemistry-Clinical Chemistry, Department of Chemistry, N.K.U.A.
Christos Papadimitriou, Professor, School of Medicine, N.K.U.A.
Athina Markou, Assistant Professor, Analytical Chemistry, Department of Chemistry, N.K.U.A.
Nikolaos Thomaidis, Professor, Analytical Chemistry, Department of Chemistry, N.K.U.A.
Alexandros Stratigos, Professor, Department of Dermatology-Venereology, Medical School, Andreas Syggros Hospital, N.K.U.A.
Galatea Kallergi, Associate Professor, Biochemistry, Department of Biology, University of Patras
Mike Makrigiorgos, PhD, Professor and Director, Medical Physics and Biophysics, Dana-Farber Cancer Institute, Harvard Medical School
Πρωτότυπος Τίτλος:
Development and validation of molecular assays for gene expression and DNA mutations in liquid biopsy samples
Γλώσσες διατριβής:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Ανάπτυξη και επικύρωση μοριακών δοκιμασιών γονιδιακής έκφρασης και ανάλυσης μεταλλάξεων DNA σε δείγματα υγρής βιοψίας
Περίληψη:
Η μοριακή ανάλυση σε δείγματα υγρής βιοψίας απαιτεί την ανάπτυξη μεθοδολογιών με υψηλή ειδικότητα και ευαισθησία προκειμένου να ξεπεραστούν οι περιορισμοί και οι προκλήσεις. Στην παρούσα διδακτορική διατριβή, αναπτύχθηκαν νέες μεθοδολογίες με εξαιρετικά ευαίσθητες τεχνολογίες και επικυρώθηκαν σε δείγματα υγρής βιοψίας. 1) Αξιολογήθηκε η απόδοση μιας τεχνολογίας για την ανίχνευση πολλαπλών μεταλλάξεων ESR1 και της AKT1 E17K σε ελεύθερο κυκλοφορούν DNA (cfDNA) με βάση την Crystal Digital PCR®. Προς αυτή την κατεύθυνση, αναλύθηκαν παράλληλα πανομοιότυπα δείγματα πλάσματος για τις μεταλλάξεις ESR1 με την Crystal Digital PCR® και το πρωτόκολλο ESR1-NAPA και συγκρίθηκαν τα αποτελέσματα. 2) Διερευνήθηκε εάν η ανάλυση των μεταλλάξεων ESR1 σε κυκλοφορούντα καρκινικά κύτταρα (CTCs) και κυκλοφορούν καρκινικό DNA (ctDNA) παρέχει συμπληρωματικές πληροφορίες σχετικά με την αντοχή στην ενδοκρινική θεραπεία. Χρησιμοποιώντας την ddPCR, εντοπίσαμε υψηλότερο ποσοστό μεταλλάξεων σε γενωμικό DNA (gDNA) που προέρχεται από τα CTC από ό,τι στο ctDNA σε ασθενείς με μεταστατικό καρκίνο μαστού. 3) Πραγματοποιήθηκε μια μελέτη για να συγκρίνουμε την υπερευαίσθητη PCR σε πραγματικό χρόνο με συνδυασμό ειδικών εκκινητών, ασύμμετρης PCR (ARMS-PCR) για την ανίχνευση των PIK3CA p.E545K, p.E542K, p.H1047R μεταλλάξεων με ddPCR σε πρώιμους όγκους και cfDNA και συγκρίναμε τις δύο τεχνικές. 4) Αξιολογήθηκε μια νέα μέθοδος (PD-UVME) που χρησιμοποιεί το υπεριώδες φως για την εξάλειψη των αλληλόμορφων wt-DNA και επιτρέπει τη βελτιωμένη ανίχνευση γενετικών ή επιγενετικών αλλαγών. Το PD-UVME χρησιμοποιώντας ολιγονουκλεοτιδικούς ανιχνευτές ενσωματωμένους με ένα φωτοευαίσθητο νουκλεοτίδιο 3-κυανοβινυλοκαρβαζόλης (CNVK), τοποθετημένο ακριβώς απέναντι από τις επιθυμητές πυριμιδίνες, όπως θυμίνη ή κυτοσίνη στο wt-DNA. Το PD-UVME συνδυάστηκε με ddPCR για την ανίχνευση μεταλλάξεων BRAF V600E σε συστήματα μοντέλων, δείγματα ιστού ασθενών με καρκίνο του θυρεοειδούς και ctDNA από ασθενείς με μελάνωμα. 5) Πραγματοποιήθηκε μια μελέτη για την ανάπτυξη και την επικύρωση μιας νέας μεθόδου RT-qPCR για ανίχνευση μεταγράφων CTLA-4 και μελετήθηκε η έκφραση του CTLA-4 σε CTCs ασθενών με μεταστατικό καρκίνο πνεύμονα, κεφαλής και τραχήλου και μελανώματος υπό ανοσοθεραπεία.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λοιπές θεματικές κατηγορίες:
Επιστήμες Υγείας
Λέξεις-κλειδιά:
Υγρή βιοψία, κυκλοφορούντα καρκινικά κύτταρα, κυκλοφορούν καρκινικό DNA, μεταλλάξεις DNA, γονιδιακή έκφραση
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
5
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
353
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2029-12-13.
PhD Thesis Smilkou Stavroula.pdf
19 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2029-12-13.
