Μονάδα:
Κατεύθυνση Κλινική ΧημείαΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2018-10-24
Συγγραφέας:
Ζήρος Βασίλειος
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ευρύκλεια Λιανίδου, Καθηγήτρια, Τμήμα Χημείας, Ε.Κ.Π.Α.
Γεώργιος Παναγιώτου, Ερευνητής Α' , Ε.ΚΕ.Β.Ε. "Αλέξανδρος Φλέμινγκ"
Νικόλαος Θωμαΐδης, Καθηγητής, Τμήμα χημείας, Ε.Κ.Π.Α.
Πρωτότυπος Τίτλος:
Μετα-πρωτεωμική μελέτη μεταβολών του εντερικού μικροβιώματος και του πρωτεώματος ξενιστή σε μοντέλο φλεγμονής επαγόμενης από Citrobacter rodentium
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Μετα-πρωτεωμική μελέτη μεταβολών του εντερικού μικροβιώματος και του πρωτεώματος ξενιστή σε μοντέλο φλεγμονής επαγόμενης από Citrobacter rodentium
Περίληψη:
Η μετα-πρωτεωμική είναι μια αναδυόμενη μεθοδολογία στην έρευνα του μικροβιώματος. Στη συγκεκριμένη εργασία, χρησιμοποιήθηκε το εντερικό μικροβίωμα ποντικού, μολυσμένου από το παθογόνο βακτήριο Citrobacter rodentium, ως μοντέλο συστήματος. Το εξεταζόμενο πρωτόκολλο εξαγωγής επέτρεψε την απομόνωση πρωτεϊνών ξενιστή και μικροβίων ταυτόχρονα. Τα προϊόντα της λύσης πρωτεϊνών υποβλήθηκαν σε επεξεργασία που περιελάμβανε θρυψινική πέψη με δύο διαφορετικά πρωτόκολλα προετοιμασίας δείγματος (FASP ή/και SP3) παράγοντας θρυπτικά πεπτίδια που αναλύθηκαν με nanoUHPLC-MS/MS.
Η πολυπλοκότητα του εντερικού μικροβιώματος απαιτούσε μια ισχυρή βιοπληροφορική ανάλυση χρησιμοποιώντας τόσο την UniprotKB όσο και μια βάση δεδομένων που είχε δημιουργηθεί από την μετα-γονιδιωματική ανάλυση 184 ποντικών. Η στρατηγική που αναπτύχθηκε ήταν μια αναζήτηση πρωτεϊνών δύο σταδίων χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα GalaxyP με το λογισμικό !XTandem, ακολουθούμενο από δύο άξονες ανάλυσης, MaxQuant - Perseus και Proteome Discoverer - Unipept. Το πρώτο βήμα ήταν απαραίτητο για τη δημιουργία μιας βάσης δεδομένων που περιέχει μόνο πρωτεΐνες που υπάρχουν στο δείγμα. Στο δεύτερο βήμα, δημιουργήθηκαν ποσοτικά πρωτεϊνικά δεδομένα είτε με ποσοτικοποίηση χωρίς σήμανση στην περίπτωση του MaxQuant, όπου ακολουθούσε στατιστική επεξεργασία με Perseus, είτε με αναζήτηση με τη χρήση του “target-decoy” αλγορίθμου στην περίπτωση του Proteome Discoverer, όπου ακολουθούσε ταξονομική κατανομή των ταυτοποιημένων μικροβιακών πεπτιδίων με Unipept, το οποίο αναζητούσε τον χαμηλότερο κοινό πρόγονο (LCA). Τα αποτελέσματα θα παρουσιαστούν σε μεταβολές εντερικού μικροβιώματος και πρωτεώματος ξενιστή σε δείγματα κοπράνων ποντικών, σε διαφορετικές χρονικές στιγμές.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
εντερικό μικροβίωμα, πρωτεωμική/μετα-πρωτεωμική ανάλυση, υγρή χρωματογραφία υπερ-υψηλής απόδοσης, φασματομετρία μάζας, βιοπληροφορική
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
13
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
146
