Literature mining and network analysis in Biology

Διπλωματική Εργασία uoadl:2961690 121 Αναγνώσεις

Μονάδα:
Κατεύθυνση Μοριακή Βιοϊατρική - Μηχανισμοί Ασθενειών, Μοριακές και Κυτταρικές θεραπείες και Βιοκαινοτομία
Βιβλιοθήκη Επιστημών Υγείας
Ημερομηνία κατάθεσης:
2021-10-05
Έτος εκπόνησης:
2021
Συγγραφέας:
Ζαφειροπούλου Σοφία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Γεώργιος Α. Παυλόπουλος, Ερευνητής Β΄, Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμινγκ»
Χριστόφορος Νικολάου, Ερευνητής Β΄, Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμινγκ»
Γεώργιος Κόλλιας, Καθηγητής, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Πρωτότυπος Τίτλος:
Literature mining and network analysis in Biology
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Εξόρυξη πληροφορίας από τη βιβλιογραφία και ανάλυση δικτύων στη Βιολογία
Περίληψη:
Η παρούσα διπλωματική παρουσιάζει το OnTheFly2.0, ένα διαδικτυακό εργαλείο που επικεντρώνεται στην εξαγωγή και επακόλουθη ανάλυση βιοϊατρικών όρων από μεμονωμένα αρχεία. Συγκεκριμένα, το OnTheFly2.0 υποστηρίζει πολλούς διαφορετικούς επιτρέποντας τον παράλληλο χειρισμό τους. Μέσω της ενσωμάτωσης της υπηρεσίας EXTRACT υλοποιείται η Αναγνώριση Ονοματικών Οντοτήτων (Named Entity Recognition) για γονίδια/πρωτεΐνες, χημικές ουσίες, οργανισμούς, ιστούς, περιβάλλοντα, ασθένειες, φαινοτύπους και όρους οντολογίας γονιδίων (Gene Ontology terms), καθώς και η δημιουργία αναδυόμενων παραθύρων που παρέχουν πληροφορίες για τον αναγνωρισμένο όρο, συνοδευόμενες από σύνδεσμο για διάφορες βάσεις δεδομένων. Οι αναγνωρισμένες πρωτεΐνες, τα γονίδια και οι χημικές ουσίες μπορούν να επεξεργαστούν περαιτέρω μέσω αναλύσεων εμπλουτισμού για τη λειτουργικότητα και τη βιβλιογραφία ή να συσχετιστούν με ασθένειες και πρωτεϊνικές δομές. Τέλος, είναι δυνατή η απεικόνιση αλληλεπιδράσεων μεταξύ πρωτεϊνών ή μεταξύ πρωτεϊνών και χημικών ουσιών μέσω της δημιουργίας διαδραστικών δικτύων από τις βάσεις STRING και STITCH αντίστοιχα. Το OnTheFly2.0 υποστηρίζει 197 διαφορετικά είδη οργανισμών και είναι διαθέσιμο στον παρακάτω σύνδεσμο: http://onthefly.pavlopouloslab.info.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Επιστήμες Υγείας
Λέξεις-κλειδιά:
Αυτόματη εξαγωγή γνώσης, Αναγνώριση Ονοματικών Οντοτήτων, Ανάλυση εμπλουτισμού, Ανάλυση δικτύων
Ευρετήριο:
Όχι
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Εικονογραφημένη:
Ναι
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
260
Αριθμός σελίδων:
95
Literature mining and network analysis in Biology.pdf (6 MB) Άνοιγμα σε νέο παράθυρο