Μονάδα:
Τμήμα Πληροφορικής & ΤηλεπικοινωνιώνΠληροφορική
Ημερομηνία κατάθεσης:
2021-10-22
Συγγραφέας:
ΡΟΚΑ ΚΩΝΣΤΑΝΤΙΝΑ
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ιωάννης Εμίρης, Καθηγητής, Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών, Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών
Ευαγγελία Χρυσίνα, Κύρια Ερευνήτρια, IXB-EIE
Πρωτότυπος Τίτλος:
Clustering approaches for extracting structural determinants of enzyme active sites that dictate ligand binding
Γλώσσες εργασίας:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Τεχνικές ομαδοποίησης για την εξαγωγή δομικών στοιχείων που καθορίζουν την πρόσδεση στο ενεργό κέντρο του ενζύμου
Περίληψη:
Η μελέτη των κέντρων πρόσδεσης των ενζύμων είναι μια πολύ σημαντική διαδικασία που
μπορεί να αποδειχτεί επίπονη γιατί απαιτείται πλήθος εργαστηριακών μελετών. Για αυτό
το λόγο και με σκοπό να επιταχύνουμε την έρευνα στο συγκεκριμένο τομέα, χρειάζεται να
καταφύγουμε στην πληροφορική και υπολογιστικές μεθόδους. Στην εργασία αυτή επικε
ντρωνόμαστε στο να αποτυπώσουμε μια διαδικασία μέσω της οποίας θα μπορούμε να
ορίσουμε την δομή του ενεργού κέντρου ενός ενζύμου, χρησιμοποιώντας υπολογιστικές
μεθόδους και εκμεταλλευόμενοι τα γεωμετρικά χαρακτηριστικά του ενζύμου. Το ένζυμο της
φωσφορυλάσης του γλυκογόνου (GP) είναι ένας αναγνωρισμένος μοριακός στόχος για τον
σχεδιασμό θεραπευτικών μέσων για την αντιμετώπιση του σακχαρώδους διαβήτη τύπου
2 και για αυτόν τον λόγο επιλέχθηκε ως παράδειγμα στην παρούσα εργασία. Με στόχο
τη δημιουργία μιας σχηματικής αναπαράστασης του ενεργού κέντρου"γαντιού" της GP,
δημιουργήθηκαν με υπολογιστικές μεθόδους και στη συνέχεια ομαδοποιήθηκαν, όλες οι
πιθανές διαμορφώσεις του ενεργού κέντρου, λαμβάνοντας υπ' όψιν τα διαμορφομερή των
επιμέρους αμινοξέων που συνθέτουν το κέντρο. Τα αποτελέσματα δίνουν νέες χρήσιμες
δομικές πληροφορίες για μια υποπεριοχή του καταλυτικού κέντρου της GP, η οποία μπορεί
να αξιοποιηθεί περαιτέρω για τον κατευθυνόμενοαπό τη δομήσχεδιασμό βελτιωμένων
θεραπευτικών μέσων, επιταχύνοντας την διαδικασία εύρεσης φαρμάκων.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Τεχνολογία – Πληροφορική
Λέξεις-κλειδιά:
Ενεργό κέντρο, Κοιλότητα, Ομαδοποίηση, Διαμορφομερή, Ένζυμο, Φωσφορυλάση του γλυκογόνου, Προσδέτης, Υπέρθεση, Αλληλεπίδραση πρωτεΐνης-προσδέτη
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
4
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
13
