Τμήμα Βιολογίας
Βιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών

2022-09-23

2022

ΤΣΙΛΙΚΑΣ ΝΙΚΟΛΑΟΣ

Χρήστος Κοντός, Επίκουρος Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, Σχολή Θετικών Επιστημών, Ε.Κ.Π.Α.
Νικόλαος Παπανδρέου, Εργαστηριακό Διδακτικό Προσωπικό (ΕΔΙΠ), Τμήμα Βιολογίας, Σχολή Θετικών Επιστημών, Ε.Κ.Π.Α.

Προσδιορισμός της πρωτοταγούς δομής εναλλακτικών μεταγράφων των γονιδίων της αποπτωτικής οικογένειας BCL2, με in silico ανάλυση ετικετών εκφρασμένων αλληλουχιών (ESTs)

Ελληνικά

Προσδιορισμός της πρωτοταγούς δομής εναλλακτικών μεταγράφων των γονιδίων της αποπτωτικής οικογένειας BCL2, με in silico ανάλυση ετικετών εκφρασμένων αλληλουχιών (ESTs)

Οι Ετικέτες Εκφρασμένων Αλληλουχιών (Expressed Sequence Tags – ESTs) αποτελούν αλληλουχίες δεοξυριβονουκλεϊκού οξέος, μήκους περίπου 500 βάσεων, που προκύπτουν από μονή αλληλούχηση τυχαία επιλεγμένων κλώνων μιας cDNA βιβλιοθήκης. Η στοίχιση των αλληλουχιών αυτών στο γονιδίωμα μπορεί να βοηθήσει στον καθορισμό της γονιδιακής δομής και να φανερώσει νέα σημεία συρραφής ή συνδυασμούς αυτών. Η οικογένεια BCL2 είναι μια ομάδα περίπου 20 πρωτεϊνών, γνωστών κυρίως για τον σημαντικό ρυθμιστικό ρόλο που διαδραματίζουν στο ενδογενές μονοπάτι της απόπτωσης. Τα μέλη της οικογένειας χαρακτηρίζονται από την παρουσία ενός μέχρι και τεσσάρων διαφορετικών BH (Bcl-2 homology) μοτίβων και χωρίζονται, τυπικά, σε προ- κι αντι-αποπτωτικά. Η εναλλακτική συρραφή των pre-mRNA μεταγράφων των γονιδίων της οικογένειας κατέχει σημαντικό ρόλο στον καθορισμό της επίδρασης των αντίστοιχων πρωτεϊνικών ισομορφών στην απόπτωση. Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η εξόρυξη από τη βάση δεδομένων GenBank Ετικετών Εκφρασμένων Αλληλουχιών που φανερώνουν νέα γεγονότα συρραφής σε σχέση με τα γνωστά μετάγραφα της οικογένειας. Για το σκοπό αυτό, αναπτύχθηκε ειδικός αλγόριθμος ο οποίος εντοπίζει τα ESTs που χαρτογραφούνται στο γονίδιο ενδιαφέροντος, εξάγει τα σημεία συρραφής τους και τα συγκρίνει με σημεία και συνδυασμούς των γνωστών μεταγράφων. Αφού αφαιρέσει ESTs που πιθανά προέρχονται από επικαλυπτόμενα γονίδια, ψευδογονίδια ή παράλογα γονίδια, επιστρέφει μια λίστα με ESTs τα οποία περιλαμβάνουν νέα γεγονότα συρραφής. Ο αλγόριθμος εφαρμόστηκε σε όλα τα μέλη της οικογένειας και επέστρεψε ESTs για 20 από αυτά. Αρκετά από τα ESTs που επεστράφησαν στερούνται περιοχών που κωδικοποιούν σημαντικά BH μοτίβα, θέσεις μετα μεταφραστικών τροποποιήσεων, σήματα υποκυτταρικού εντοπισμού και στόχων microRNAs. Τα αποτελέσματα αυτά συνιστούν ένα επιπρόσθετο βήμα στην προσπάθεια διερεύνησης του μεταγραφώματος της BCL2 οικογένειας και του ιδιαίτερου ρόλου που διαδραματίζει η εναλλακτική συρραφή στη διαμόρφωσή του.

Θετικές Επιστήμες

Ετικέτες Εκφρασμένων Αλληλουχιών, Οικογένεια BCL2, Εναλλακτική Συρραφή

Όχι

0

Ναι

458

155

Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2024-09-26.

https://pergamos.lib.uoa.gr/uoa/dl/object/3232447