Μονάδα:
Κατεύθυνση Κλινική Βιοχημεία - Μοριακή ΔιαγνωστικήΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2024-05-13
Συγγραφέας:
Νιζάμη Αικατερίνη
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ανδρέας Σκορίλας, Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, ΕΚΠΑ,
Χρήστος Κοντός, Επίκουρος Καθηγητής, Τμήμα Βιολογίας, ΕΚΠΑ,
Μαργαρίτης Αυγέρης, Αναπληρωτής Καθηγητής, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ανάλυση και μελέτη της έκφρασης μικρών μη κωδικών μορίων RNA που στοχεύουν γονίδια των καλλικρεϊνών σε καρκινικά κύτταρα
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Ανάλυση και μελέτη της έκφρασης μικρών μη κωδικών μορίων RNA που στοχεύουν γονίδια των καλλικρεϊνών σε καρκινικά κύτταρα
Περίληψη:
Ο καρκίνος αποτελεί μία ασθένεια που έχει απασχολήσει σε μεγάλο βαθμό την επιστημονική κοινότητα τις τελευταίες δεκαετίες δεδομένου του υψηλού επιπολασμού του αλλά και της υψηλής θνησιμότητας των καρκινοπαθών. Υπάρχει μεγάλη ανάγκη τόσο για την εύρεση τρόπων πρόληψης αλλά και θεραπείας. Αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση που σχετίζονται με τον καρκίνο προκαλούνται από δυσλειτουργίες διαφόρων ρυθμιστών του, μεταξύ των οποίων είναι τα μη κωδικά μόρια RNAsτων οποίων ο ρόλος είναι να καταστέλλουν ή να μειώνουν τη γονιδιακή έκφραση σε μεταγραφικό επίπεδο. Τα μη κωδικά μόρια RNAs έχουν συσχετιστεί με πολλές πρωτεΐνες μεταξύ των οποίων είναι οι καλλικρεΐνες. Τα μόρια αυτά είναι πρωτεάσες σερίνης με ειδικότητα trypsin-like ή chymotrypsin-like και είναι ευρέως διαδεδομένο ότι εμπλέκονται σε μονοπάτια που ρυθμίζουν τη λειτουργία των νεφρών, την απολέπιση του δέρματος, τη συναπτική νευρική πλαστικότητα, τη λειτουργία του εγκεφάλου, το σχηματισμό του σμάλτου των δοντιών και τη ρευστοποίηση του σπέρματος. Η καλλικρεΐνη 3 ή αλλιώς PSA εκφράζεται στον προστατικό αδένα και είναι υπεύθυνη για τη ρευστοποίηση του σπέρματος. Το PSA έχει μεγάλη διαγνωστική αξία στον καρκίνο του προστάτη. Στην παρούσα διπλωματική εργασία στόχος ήταν η ταυτοποίηση νέων μη κωδικών μορίωνRNA μέσω βιοπληροφορικής ανάλυσης δεδομένων που προέκυψαν από αλληλούχηση νέας γενιάς, η μελέτη της έκφρασης αυτών σε ανθρώπινες καρκινικές κυτταρικές σειρές καθώς και η μελέτη τους ως πιθανοί στόχοι των γονιδίων των καλλικρεϊνών. Συγκεκριμένα, αρχεία .FASTQ, που προέκυψαν από πειράματα NGS του εργαστηρίου, υποβλήθηκαν στο πρόγραμμα miRDeep* το οποίο μας υπέδειξε 32 νέα μη κωδικά μόρια RNA. Προκειμένου να τα μελετήσουμε περαιτέρω και να επιλέξουμε εκείνα που μας ενδιαφέρουν χρησιμοποιήσαμε τις βάσεις δεδομένων Blast, miRBase και miRDB από τις οποίες επιλέξαμε τα 8 σύμφωνα με συγκεκριμένα κριτήρια. Τέλος, για τη μέλετη των επιπέδων έκφρασης των 8 νέων υποψήφιων αλληλουχιών πραγματοποίηθηκε ποσοτικη PCR πραγματικού χρόνου (RT-qPCR). Από την πειραματική διαδικασία προέκυψε ότι το μόριο BankIt2351829 υπερεκφράζεται στις περισσότερες κυτταρικές σειρές και μέσω της miRDB φαίνεται να έχει συμπληρωματικότητα σε μεγάλο ποσοστό με γονιδιο της καλλικρεϊνης 3 (KLK3). Αυτό το εύρημα είναι ιδιαίτερα σημαντικό, καθώς αποτελεί ένδειξη ότι μπορεί να εμπλέκεται στον καρκίνο του προστάτη.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
μικρά μη κωδικά μόρια RNA, καλλικρεΐνες
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
138
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2024-11-16.
ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ - ΝΙΖΑΜΗ ΑΙΚΑΤΕΡΙΝΗ.pdf
3 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2024-11-16.
