Μονάδα:
Τμήμα ΙατρικήςΒιβλιοθήκη Επιστημών Υγείας
Ημερομηνία κατάθεσης:
2024-08-25
Συγγραφέας:
Τζαφέρης Χρήστος
Στοιχεία επταμελούς επιτροπής:
Κόλλιας Γεώργιος, Καθηγητής, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Χατζηγεωργίου Αντώνιος, Αναπληρωτής Καθηγητής, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Παυλόπουλος Γεώργιος, Ερευνητής Α’, Ε.ΚΕ.Β.Ε «Αλέξανδρος Φλέμιγκ»
Σφηκάκης Πέτρος, Καθηγητής, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Παληκαράς Κωνσταντίνος, Επίκουρος Καθηγητής, Ιατρική Σχολή, ΕΚΠΑ
Αθανασιάδης Εμμανουήλ, Επίκουρος Καθηγητής, Πανεπιστήμιο Δυτικής Αττικής
Νικολάου Χριστόφορος, Ερευνητής Β’, Ε.ΚΕ.Β.Ε «Αλέξανδρος Φλέμιγκ»
Πρωτότυπος Τίτλος:
A computational approach towards a more accurate characterization and annotation of a cell population’s transcriptome based on single-cell RNA sequencing technologies
Γλώσσες διατριβής:
Αγγλικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Μια υπολογιστική προσέγγιση στην κατεύθυνση μιας βελτιωμένης διαδικασίας χαρακτηρισμού και περιγραφής του μεταγραφώματος ενός κυτταρικού πληθυσμού, βασισμένη σε τεχνολογίες αλληλούχισης RNA σε επίπεδο μοναδιαίου κυττάρου
Περίληψη:
Οι τεχνολογίες αλληλούχισης σε επίπεδο μοναδιαίου κυττάρου, συμπεριλαμβανομένων των scRNA-seq και scATAC-seq, έχουν φέρει επαναστατικές αλλαγές στον τομέα της βιοϊατρικής έρευνας, παρέχοντας πρωτοποριακές γνώσεις για το γονιδίωμα, το μεταγράφωμα, το πρωτέωμα και το επιγονιδίωμα σε κυτταρικό επίπεδο, τόσο σε συνθήκες ομοιόστασης όσο και σε συνθήκες ασθένειας. Η ταχεία ανάπτυξη αυτών των πειραματικών τεχνικών έχει οδηγήσει στη δημιουργία πολυάριθμων πακέτων λογισμικού με σκοπό την ανάλυση και οπτικοποίηση των δεδομένων. Τα πακέτα αυτά υποστηρίζουν λειτουργίες ανάλυσης όπως ο ποιοτικός έλεγχος, η μείωση των αρχικών διαστάσεων ενός πειράματος, η ομαδοποίηση κυττάρων και η συνδυαστική ανάλυση δεδομένων τύπου RNA και ATAC. Για να διευκολύνουμε τη χρήση πολλών διαφορετικών υπολογιστικών εργαλείων, αναπτύξαμε το SCALA, μια ολοκληρωμένη και φιλική προς τον χρήστη πλατφόρμα, διαθέσιμη τόσο διαδικτυακά όσο και ως αυτόνομη εφαρμογή. Το SCALA εφαρμόστηκε για την ανάλυση δεδομένων scRNA-seq και scATAC-seq από αρθρικούς ινοβλάστες στο μοντέλο αρθρίτιδας του ποντικού hTNFtg, αποκαλύπτοντας τα επίπεδα της κυτταρικής ετερογένειας, τις δυναμικές αλλαγές στο πλήθος των κυτταρικών πληθυσμών, ενεργά ρυθμιστικά δίκτυα γονιδιακής έκφρασης, καθώς και ομοιότητες και διαφορές μεταξύ του μοντέλου του ποντικού και ανθρώπων που πάσχουν από ρευματοειδή αρθρίτιδα. Το πακέτο λογισμικού που αναπτύξαμε και βασίζεται σε πρότυπα ανοιχτού κώδικα, προσφέρει ένα εξελιγμένο σύνολο λειτουργιών για την ανάλυση και εξερεύνηση δεδομένων, ενώ ταυτόχρονα μπορεί να βοηθήσει τους ερευνητές να αποκτήσουν σημαντικές βιολογικές πληροφορίες, οι οποίες θα μπορούσαν στο μέλλον να συνεισφέρουν σε νέες διαγνωστικές και θεραπευτικές προσεγγίσεις.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Επιστήμες Υγείας
Λέξεις-κλειδιά:
Αλληλούχιση RNA σε επίπεδο μοναδιαίου κυττάρου, Αλληλούχιση ATAC σε επίπεδο μοναδιαίου κυττάρου, Βιοπληροφορική ανάλυση, Ινοβλάστες, Ρευματοειδής αρθρίτιδα
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
140
