Μονάδα:
Κατεύθυνση Βιοπληροφορική-Υπολογιστική ΒιολογίαΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2024-11-05
Συγγραφέας:
Θεοχάρης Ιορδάνης
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ιωάννης Τρουγκάκος Καθηγητής Τμήμα Βιολογίας, ΕΚΠΑ, (Επιβλέπων),
Βασιλική Οικονομίδου, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια, Τμήμα Βιολογίας, ΕΚΠΑ,
Τιμοκράτης Καραμήτρος, Κύριος Ερευνητής Μονάδα Βιοπληροφορικής & Εφαρμοσμένης Γενομικής Τομέας Μικροβιολογίας, Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ
Πρωτότυπος Τίτλος:
Βιοπληροφορικές ροές για τη μεταγονιδιωματική ανάλυση του μικροβιώματος στο πεπτικό σύστημα ασθενών με Ηπατίτιδα Β
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Μεταφρασμένος τίτλος:
Βιοπληροφορικές ροές για τη μεταγονιδιωματική ανάλυση του μικροβιώματος στο πεπτικό σύστημα ασθενών με Ηπατίτιδα Β
Περίληψη:
Ο άξονας έντερο-ήπαρ είναι υπεύθυνος για την επικοινωνία των δύο οργάνων. Το μικροβίωμα του εντερικού συστήματος έχει άμεση σχέση με την ηπατική νόσο που προκαλείται από τον ιό της ηπατίτιδας Β (HBV), ξεκινώντας από την οξεία ηπατίτιδα, που στην συνέχεια πιθανώς να εξελιχθεί σε χρόνια ηπατίτιδα, σε ηπατική κίρρωση και, τελικά, σε ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα. Πρότυπες έρευνες και μετα-αναλύσεις έχουν αναφέρει διαφορετικές υπογραφές μικροβιώματος στα διάφορα στάδια της νόσου, ωστόσο τα αποτελέσματα παραμένουν μερικώς σύμφωνα. Πραγματοποιήσαμε μία συστηματική μετα-ανάλυση σε 622 δείγματα κοπράνων από εφτά δημόσια διαθέσιμα σύνολα δεδομένων γονιδίων 16s rRNA σε όλα τα στάδια της νόσου. Κατόπιν της ανάλυσης δεδομένων μέσω εξειδικευμένων βιοπληροφορικών ροών βασισμένων στο qiime2, χρησιμοποιήσαμε το καινοτόμο εργαλείο MMUPHin το οποίο χρησιμοποιεί την μέθοδο διόρθωσης παρτίδας που μειώνει τις τεχνικες έναντι βιολογικές διαφορές μεταξύ των συνόλων δεδομένων και δεν έχει χρησιμοποιηθεί σε μετα-ανάλυση δειγμάτων της ηπατίτιδας β. Εντοπίσαμε μικροβιακές υπογραφές στα διαφορετικά στάδια της ηπατικής νόσου που σχετίζονται με την ηπατίτιδα β και δυνητικά θα μπορέσουν να χρησιμοποιηθούν ως πιθανοί βιοδείκτες.
Κύρια θεματική κατηγορία:
Θετικές Επιστήμες
Λέξεις-κλειδιά:
Ανθρώπινο Έντερο, Μικροβίωμα, Ηπατίτιδα Β, Μετα-Ανάλυση, Μεταγονιδιωματική
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
0
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
279
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2025-11-06.
Διπλωματική-Ιορδάνης-Θεοχάρης.pdf
7 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο έως 2025-11-06.
