Μονάδα:
Κατεύθυνση Κλινική ΧημείαΒιβλιοθήκη Σχολής Θετικών Επιστημών
Ημερομηνία κατάθεσης:
2012-11-08
Συγγραφέας:
Ευσταθίου Αντωνία
Στοιχεία επιβλεπόντων καθηγητών:
Ευρύκλεια Λιανίδου Καθηγ. (Επιβλέπουσα), Κουππάρης Μιχαήλ Καθηγ., Σωτηροπούλου Γεωργία Αναπλ. Καθηγ. Πανεπιστήμιο Πατρών
Πρωτότυπος Τίτλος:
Ανάπτυξη και κλινική εφαρμογή μεθόδων ανίχνευσης μεταλλάξεων των γονιδίων BRAF και PIK3CA με συνδυασμό ARMS PCR και υψηλής διακριτικότητας ανάλυση καμπύλων τήξης DNA
Γλώσσες εργασίας:
Ελληνικά
Περίληψη:
Σε διάφορους τύπους καρκίνου στον άνθρωπο έχουν βρεθεί σωματικές μεταλλάξεις
στο γονίδιο που κωδικοποιεί την καταλυτική υπομονάδα της κινάσης της 3-
φωσφατιδυλοϊνοσιτόλης (phosphatidylinositol 3- kinase, PI3K) και στο γονίδιο το
οποίο κωδικοποεί την πρωτεΐνη BRAF.
Σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν η αξιολόγηση μιας μεθόδου από την
βιβλιογραφία[187] για την παρουσία της μετάλλαξης V600E του γονιδίου BRAF σε
δείγματα ιστών σε παραφίνη (FFPEs, Formalin-fixed, paraffin-embedded) από
ασθενείς με μελάνωμα και καρκίνο του παχέος εντέρου, τα οποία έιχαν ήδη
επαληθευτεί με DNA sequencing. Όλα τα δείγματα αναλύθηκαν με real-time PCR στο
όργανο LightCycler (Roche), παρουσία χρωστικής LC-Green Plus (Idaho Technology
Inc.) και με υψηλής διακριτικότητας ανάλυση καμπυλών με τη βοήθεια της
τεχνολογίας HR-1 High Resolution Melter (Idaho Technology Inc.). Βρέθηκε ότι
9/11 δείγματα FFPEs από αυτούς τους ασθενείς με μελάνωμα και καρκίνο του παχέος
εντέρου είχαν τη μετάλλαξη V600E στο εξώνιο 15 του γονιδίου BRAF.
Δεύτερος στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η ανάπτυξη μιας ευαίσθητης μεθόδου,
της τάξεως 0,04%, ARMS- PCR σε συνδυασμό με τη μέθοδο υψηλής διακριτικότητας
ανάλυσης καμπυλών (High-Resolution Melting Curve Analysis, HRMA) για την
ανίχνευση της μετάλλαξης 1633 G>A στο εξώνιο 9 του γονιδίου PIK3CA και την
αξιολόγηση αυτής της μεθοδολογίας για την παρουσία της μετάλλαξης σε
κυκλοφορούντα καρκινικά κύτταρα (CTCs) και cell-free DNA (cfDNA) στο πλάσμα
ασθενών με καρκίνο του μαστού καθώς και σε υγιείς αιμοδότες. DNA από CTCs
απομονώθηκε από το πλάσμα 88 ασθενών με εγχειρήσιμο καρκίνο του μαστού προ
χημειοθεραπείας, 69 ασθενών με μεταστατικό καρκίνο του μαστού και RNA από CTCs
49 ασθενών με καρκίνο του μαστού έπειτα από καθαρισμό του mRNA και ακολούθως
σύνθεση του συμπληρωματικού DNA (cDNA). Επίσης χρησιμοποιήθηκαν δείγματα από 25
υγιείς αιμοδότες. Το cfDNA απομονώθηκε από το πλάσμα 62 ασθενών με μεταστατικό
καρκίνο του μαστού. Μετά την απομόνωση DNA στα παραπάνω δείγματα, αναλύθηκαν με
ποσοτική PCR, σε συνδυασμό με υψηλής διακριτικότητας ανάλυση καμπυλών στο
όργανο LightScanner32 (Idaho USA), παρουσία της χρωστικής LC-Green Plus (Idaho
Technology Inc. USA). Βρέθηκε ότι 6/69 (8,7%) δείγματα DNA από ασθενείς με
μεταστατικό καρκίνο του μαστού, 4/87 (4,6%) από ασθενείς με εγχειρήσιμο καρκίνο
του μαστού προ χημειοθεραπείας και 1/62 (2%) δείγματα cfDNA από ασθενείς με
μεταστατικό καρκίνο του μαστού είχαν τη μετάλλαξη 1633 G>A στο εξώνιο 9.
Μεταλλάξεις στο PIK3CA δεν ανιχνεύτηκαν σε κανένα δείγμα cDNA ούτε στα 25
δείγματα υγειών αιμοδοτών, τα οποία χρησιμοποιήθηκαν ως αρνητικά δείγματα
ελέγχου.
Δείγματα Μετάλλαξη 1633 G>A στο εξώνιο9 %
Υγιείς Αιμοδότες 0/25 0%
CTCs (πρώιμος καρκίνος μαστού) 4/87 4,6%
CTCs(μεταστατικός καρκίνος μαστού) 6/69 8,7%
cDNAαπό CTCs(μεταστατικός καρκίνος μαστού) 0/49 0%
Cell free DNA(μεταστατικός καρκίνος μαστού) 1/62 2%
Λέξεις-κλειδιά:
PIK3CA, BRAF, ARMS-PCR, HRMA, CTCs
Αρ. σελίδων ευρετηρίου:
9
Αρ. βιβλιογραφικών αναφορών:
173
Αρχείο:
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο.
document.pdf
2 MB
Δεν επιτρέπεται η πρόσβαση στο αρχείο.
